logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: ŚLUSARZ MAGDALENA J
Liczba odnalezionych rekordów: 37



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/37
AUTORZY: Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz.
TYTUŁ: An Influence of the Aromatic Side Chains Conformations in Positions 2 and 3 of Vasopressin Analogs on Interactions with Vasopressin and Oxytocin Receptors
ŹRÓDŁO: QSAR & Combinatorial Science. - 2009, Vol. 28, iss. 10, s. 1166-1175
p-ISSN: 1611-020X

UWAGI: Bibliogr. 70 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.027
Punktacja MNiSW: 24.000
5-letni Impact Factor ISI: 2.552
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine vasopressin analogs
  • 2-Aminoindane-2-carboxylic acid
  • constrained simulated annealing
  • receptor-ligand interactions
  • molecular docking
  • conformation analysis
  • bioinformatics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    2/37
    AUTORZY: Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Jerzy Ciarkowski.
    TYTUŁ: Molecular dynamics study of the internal water molecules in vasopressin and oxytocin receptors
    ŹRÓDŁO: Protein and Peptide Letters. - 2009, Vol. 16, no. 4, s. 342-350
    p-ISSN: 0929-8665

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.755
    Punktacja MNiSW: 10.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.438
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • GPCR
  • internal water
  • molecular dynamics
  • vasopressin and oxytocin receptors
  • protein hydration

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline



    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    3/37
    AUTORZY: Szymon Ziętkiewicz, Magdalena J. Ślusarz, Rafał Ślusarz, Krzysztof Liberek, Sylwia Rodziewicz-Motowidło.
    TYTUŁ: Conformational stability of the full-atom hexameric model of the ClpB chaperone from Escherichia coli
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2010, Vol. 93, no. 1, s. 47-60
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.572
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • ClpB chaperone
  • oligomer model
  • molecular dynamics
  • conformational stability
  • M domain flexibility

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus



    DOI:
    4/37
    AUTORZY: Emilia Sikorska, Anna Kwiatkowska, Dariusz Sobolewski, Rafał Ślusarz, Magdalena J. Ślusarz.
    TYTUŁ: Influence of bulky 3,3'-diphenylalanine enantiomers replacing position 2 of AVP analogues on their conformations : NMR and molecular modeling studies
    ŹRÓDŁO: European Journal of Medicinal Chemistry. - 2010, Vol. 45, iss. 9, s. 4065-4073
    p-ISSN: 0223-5234

    UWAGI: Bibliogr. 45 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.193
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.356
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-vasopressin analogues
  • 3,3-Diphenylalanine enantiomers
  • V2 agonists
  • antiuterotonic activity
  • NMR spectroscopy
  • simulated annealing (SA)

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    5/37
    AUTORZY: Bogdan A. Danalache, Jolanta Gutkowska, Magdalena J. Ślusarz, Irena Berezowska, Marek Jankowski.
    TYTUŁ: Oxytocin-Gly-Lys-Arg : a novel cardiomyogenic peptide
    ŹRÓDŁO: PLoS One, [dokument elektroniczny]. - 2010, Vol. 5, iss. 10, e13643
    TRYB DOSTĘPU: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0013643 [dostęp 8.12.2011]
    p-ISSN: 1932-6203

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.411
    5-letni Impact Factor ISI: 4.610
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    6/37
    AUTORZY: Rafał Ślusarz, Magdalena J. Ślusarz, Justyna Samaszko, Janusz Madaj.
    TYTUŁ: Conformational changes of peptidoglycan fragments during their interactions with vancomycin
    ŹRÓDŁO: Central European Journal of Chemistry. - 2011, Vol. 9, no. 3, s. 422-431
    p-ISSN: 1895-1066

    UWAGI: Bibliogr. 43 poz.
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.073
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.035
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • modified peptidoglycan
  • molecular dynamics of sugar
  • RMSd
  • trajectory analysis
  • vancomycin interaction

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    7/37
    AUTORZY: Magdalena J. Ślusarz.
    TYTUŁ: Molecular modeling study of the opioid receptor interactions with series of cyclic deltorphin analogues
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2011, Vol. 17, iss. 8, s. 554-564
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.799
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.714
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • deltorphin
  • dermorphin
  • opioid receptors
  • GPCR
  • receptor-ligand interaction
  • molecular modeling

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    8/37
    AUTORZY: Natalia Lipińska, Szymon Ziętkiewicz, Alicja Sobczak, Agnieszka Jurczyk, Wojciech Potocki, Ewa Morawiec, Aleksandra Wawrzycka, Krzysztof Gumowski, Magdalena Ślusarz, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Elżbieta Chruściel, Krzysztof Liberek.
    TYTUŁ: Disruption of ionic interactions between the nucleotide binding domain 1 (NBD1) and middle (M) domain in Hsp100 disaggregase unleashes toxic hyperactivity and partial independence from Hsp70
    ŹRÓDŁO: Journal of Biological Chemistry. - 2013, Vol. 288, no. 4, s. 2857-2869
    p-ISSN: 0021-9258
    e-ISSN: 1083-351X

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.600
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.863
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Hsp100 chaperone
  • protein disaggregation
  • thermotolerance
  • Hsp70

    Adres url:
    DOI:
    9/37
    AUTORZY: Magdalena J. Ślusarz, Emilia Sikorska, Rafał Ślusarz.
    TYTUŁ: Interactions of vasopressin and oxytocin receptors with vasopressin analogues substituted in position 2 with 3,3'-diphenylalanine - a molecular docking study
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2013, Vol. 19, iss. 2, s. 118-126
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 54 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.862
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.715
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • vasopressin analogues
  • vasopressin and oxytocin receptors
  • receptor-ligand interactions
  • molecular modelling

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    10/37
    AUTORZY: Magdalena Ślusarz.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular modeling of the opioid peptides conjugated with the glucuronic acid and their interactions with opioid receptors
    ŹRÓDŁO: W: 17th European Carbohydrate Symposium, Tel-Aviv, Israel, July 7-11, 2013 : abstracts, Poster Session 2, [dokument elektroniczny]
    OPIS FIZYCZNY: S. 54
    UWAGI: http://eurocarb2013.org/media/abstracts-poster%20session2.pdf [dostęp 23.09.2013]
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    11/37
    AUTORZY: Magdalena Ślusarz.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular modeling of the opioid peptides conjugated with the glucuronic acid and their interactions with opioid receptors
    NAZWA KONFERENCJI: 17th European Carbohydrate Symposium
    MIEJSCE: Tel-Aviv, Israel, 7-11 July 2013
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    12/37
    AUTORZY: Martha C. Contreras-Romo, Marlet Martínez-Archundia, Omar Deeb, Magdalena J. Ślusarz, Gema Ramírez-Salinas, Ramón Garduño-Juárez, Andrés Quintanar-Stephano, Guillermo Ramírez-Galicia, José Correa-Basurto.
    TYTUŁ: Exploring the ligand recognition properties of the human vasopressin V1a receptor using QSAR and molecular modeling studies
    ŹRÓDŁO: Chemical Biology & Drug Design. - 2014, Vol. 83, iss. 2, s. 207-223
    p-ISSN: 1747-0277

    UWAGI: Bibliogr. 67 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.485
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.410
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • docking
  • MD simulations
  • QSAR studies
  • V1aR
  • vaptans

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    13/37
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Ślusarz.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Investigating of interactions between dermorphin analogs and μ-opioid receptor
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    14/37
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Ślusarz.
    TYTUŁ: Investigation of interactions between dermorphin analogs and μ-opioid receptor
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 331-336
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 13 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular modeling
  • opioid receptors
  • defmorphin
  • molecular docking
  • drug design

    15/37
    AUTORZY: Rafał Ślusarz, Monika Szulc, Justyna Samaszko-Fiertek, Magdalena Ślusarz, Janusz Madaj.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics and analysis of interactions between two muramyl pentapeptide derivatives and the vancomycin or vancomycin derivatives
    NAZWA KONFERENCJI: 6th Baltic Meeting on Microbial Carbohydrates
    MIEJSCE: Gdańsk, Poland, 7-10 September 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    16/37
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    17/37
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    18/37
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    19/37
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    20/37
    AUTORZY: M. Citlalli Contreras-Romo, José Correa-Basurto, Itzia Padilla-Martínez, Marlet Martínez-Archundia, Federico Martínez-Ramos, Magdalena J. Ślusarz, Gilberto López-Pérez, Andrés Quintanar-Stephano.
    TYTUŁ: Theoretical studies, synthesis, and biological activity of 1-[(4-methylphenyl)sulfonyl]-5-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1-benzazepine-4-carbonitrile (C9) as a non-peptide antagonist of the arginine vasopressin V1a and V2 receptors
    ŹRÓDŁO: Medicinal Chemistry Research. - 2014, Vol. 23, no. 3, s. 1581-1590
    p-ISSN: 1054-2523

    UWAGI: Bibliogr. 32 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 20.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • vaptans
  • docking
  • molecular dynamic
  • vasopressin
  • vasopressin receptors

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    21/37
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Y. He, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, S. Ovchinnikov, D. Baker, Adam Liwo, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of residue-residue contact prediction with the GREMLIN method and the UNRES force field in protein-structure prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    22/37
    AUTORZY: Natalia Karska, Andrea Lipińska, Franciszek Kasprzykowski, Magdalena Ślusarz, Sylwia Rodziewicz-Motowidło.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Synthesis and conformational studies of analog fragments of UL49.5 viral protein
    NAZWA KONFERENCJI: IV Ogólnopolska Konferencja Studentów i Doktorantów Nauk Ścisłych Człowiek, Nauka, Środowisko
    MIEJSCE: Gdańsk, 25-26 czerwca 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: ENG
    23/37
    AUTORZY: Natalia Karska, Andrea D. Lipińska, Małgorzata Graul, Franciszek Kasprzykowski, Emilia Sikorska, Igor Zhukov, Magdalena J. Ślusarz, Sylwia Rodziewicz-Motowidło.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Synthesis and conformational studies of glycoprotein N homolog of bovine herpesvirus 1 (BHV-1) by using CD, NMR and molecular modeling
    NAZWA KONFERENCJI: 23rd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Spała, Poland, 30 August - 3 September 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Organic Chemistry, Faculty of Chemistry, Lodz University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    24/37
    AUTORZY: Natalia Karska, Andrea D. Lipińska, Małgorzata Graul, Franciszek Kasprzykowski, Emilia Sikorska, Igor Zhukov, Magdalena J. Ślusarz, Sylwia Rodziewicz-Motowidło.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Synthesis and conformational studies of glycoprotein N homolog of bovine herpesvirus 1 (BHV-1) by using CD, NMR and molecular modelling
    NAZWA KONFERENCJI: 29th Annual Symposium of The Protein Society
    MIEJSCE: Barcelona, Spain, 22-25 July 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    25/37
    AUTORZY: Magdalena J. Ślusarz.
    TYTUŁ: Vasopressin V1a and V1b receptor modulators : a patent review (2012-2014)
    ŹRÓDŁO: Expert Opinion on Therapeutic Patents. - 2015, Vol. 25, no. 6, s. 711-722
    p-ISSN: 1354-3776

    UWAGI: Bibliogr. 80 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.626
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.592
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • agonist
  • antagonist
  • vasopressin
  • vasopressin receptor

    DOI:
    26/37
    AUTORZY: Magdalena J. Ślusarz.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Opioid receptors and their interactions with the enkephalins containing sugar residue at the C-terminus - molecular modeling study
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    27/37
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    28/37
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, M. D. Wiśniewska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, S. Ovchinnikov, D. Baker, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by contact- and secondary-structure prediction derived from evolutionarily related proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    29/37
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, P. Krupa, M. A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, C. Kieslich, M. Onel, U. Shah, Y. He, Y. Yin, Łukasz Golon, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, C. A. Floudas, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by secondary-structure and contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    30/37
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    31/37
    AUTORZY: P. Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Robert Ganzynkowicz, M. D. Wiśniewska, M. A. Mozolewska, Michał Głuski, Łukasz Golon, Y. He, Adam K. Sieradzan, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    32/37
    AUTORZY: Natalia Karska, Małgorzata Graul, Emilia Sikorska, Magdalena Ślusarz, Igor Zhukov, Andrea D. Lipińska, Sylwia Rodziewicz-Motowidło.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structural determinants of BHV-1UL49.5-mediated inhibibition of TAP
    NAZWA KONFERENCJI: 24th Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Jastrzębia Góra, Poland, 3-7 September 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Biomedical Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    33/37
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    34/37
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of implicit solvent mimicking lipids into United Residue force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    35/37
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Agnieszka S. Karczyńska, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of improved UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free and data-assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    36/37
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Zięba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of the coarse grained UNRES force field in template assisted and data assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    37/37
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 83, s. 92-99
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein structure prediction
  • UNRES force field
  • knowledge-based methods
  • template-based restraints
  • replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego