logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: CZAPLEWSKI CEZARY
Liczba odnalezionych rekordów: 132



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/132
AUTORZY: Inta Liepina, Gunars Duburs, Cezary Czaplewski.
TYTUŁ: 1,4-DHP-lipid forms a tubular micellae
ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2008, Vol. 14, iss. S1, s. 193
p-ISSN: 1075-2617

UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
UWAGI: Meeting abstracts of the 30th European Peptide Symposium, 31 August - 5 September 2008, Helsinki, Finland
Typ publikacji: ZSZ
Język publikacji: ENG
Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    2/132
    AUTORZY: Sylwia Łuczak, Jerzy Ciarkowski, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Cezary Czaplewski, Jacek Wójcik, Michał Nowakowski, Maria Kwasiborska, Jan Izdebski, Marta Oleszczuk, Peter W. Schiller, Nga N. Chung.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Cyclic enkephalin analogs containing two alkylurea units
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2008 : Chemistry of peptides in life science, technology and medicine : proceedings of the Thirtieth European Peptide Symposium / ed. Hilkka Lankinen [et al.]
    ADRES WYDAWNICZY: [Helsinki] ; [Patras] : The Finnish Peptide Society : The European Peptide Society, 2008
    OPIS FIZYCZNY: S. 302-303
    ISBN: 978-952-92-7697-4 (paperback)
    ISBN: 978-952-92-7698-1 (PDF)
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • cyclic opioid peptide
  • conformation
  • EDMC
  • NMR
  • side chain to side chain cyclization
  • SAR
  • synthesis

    Adres url:
    3/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Paulina Czaplewska, Justyna Romankiewicz, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: The binding of peptides containing tyrosine residue to β-cyclodextrin
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2008, Vol. 14, iss. S1, s. 164
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Meeting abstracts of the 30th European Peptide Symposium, 31 August - 5 September 2008, Helsinki, Finland
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    4/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Sebastian Kalinowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Application of multiplexed replica exchange molecular dynamics to the UNRES force field: tests with α and α + β proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2009, Vol. 5, iss. 3, s. 627-640
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.804
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.852
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    5/132
    AUTORZY: Jerzy Ciarkowski, Cezary Czaplewski, Sylwia Łuczak, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Irena Berezowska, Peter W. Schiller.
    TYTUŁ: Conformation-activity relationships of cyclo-constrained mu/delta opioid agonists derived from the N-terminal tetrapeptide segment of dermorphin/deltorphin
    ŹRÓDŁO: Advances in Experimental Medicine and Biology. - 2009, Vol. 611, s. 489-490
    p-ISSN: 0065-2598

    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    UWAGI: Tyt. tomu: Peptides for youth
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.020
    Punktacja MNiSW: 10.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.376
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    6/132
    AUTORZY: Jerzy Ciarkowski, A. Zieleniak, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Ł. Rusak, N. N. Chung, Cezary Czaplewski, E. Witkowska, P. W. Schiller, J. Izdebski.
    TYTUŁ: Deltorphin analogs restricted via a urea bridge: structure and opioid activity
    ŹRÓDŁO: Advances in Experimental Medicine and Biology. - 2009, Vol. 611, s. 491-492
    p-ISSN: 0065-2598

    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    UWAGI: Tyt. tomu: Peptides for youth
    Typ publikacji: ZAC
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.020
    Punktacja MNiSW: 10.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.376
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    DOI:
    7/132
    AUTORZY: Inta Liepina, Salvador Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Dynamics study on single and multiple β-sheets
    ŹRÓDŁO: Advances in Experimental Medicine and Biology. - 2009, Vol. 611, s. 293-294
    p-ISSN: 0065-2598

    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    UWAGI: Tyt. tomu: Peptides for youth.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.020
    Punktacja MNiSW: 10.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.376
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    DOI:
    8/132
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Potential of mean force of association of large hydrophobic particles : towards the nanoscale limit
    ŹRÓDŁO: W: IV Russian-Ukrainian-Polish Conference on Molecular Interactions, Jastarnia, October 4-9, 2009 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 117-118
    ISBN: 978-83-7531-048-1
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    9/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Sebastian Kalinowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Simulations of protein folding thermodynamics using UNRES physics-based coarse-grained force field with replica exchange molecular dynamics
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 52
    UWAGI: Bibliogr. 4 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    10/132
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. : I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: Protein Engineering Design & Selection. - 2009, Vol. 22, no. 9, s. 547-552
    p-ISSN: 1741-0126

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.596
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.008
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • hydrophobic interactions
  • molecular dynamics
  • potential of mean force
  • temperature dependence

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science



    DOI:
    11/132
    AUTORZY: Katarzyna Guzow, Magda Milewska, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: A DFT/TD DFT study of the structure and spectroscopic properties of 5-methyl-2-(8-quinolinyl)benzoxazole and its complexes with Zn(II) ion
    ŹRÓDŁO: Spectrochimica Acta. Part A, Molecular and Biomolecular Spectroscopy. - 2010, Vol. 75, iss. 2, s. 773-781
    p-ISSN: 1386-1425

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.770
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.723
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • DFT
  • quantum chemistry
  • benzoxazole
  • zn complexes
  • UV spectra

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    12/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Hydrophobic interactions and protein folding
    ŹRÓDŁO: W: Thermodynamics of amino acid and protein solutions / eds. Jelena Tsurko, Werner Kunz
    ADRES WYDAWNICZY: Kerala : Transworld Research Network, 2010
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-18
    ISBN: 978-81-7895-473-8
    UWAGI: Bibliogr. 117 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    13/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Dana S. Kleinerman, Philip Blood, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Implementation of molecular dynamics and its extensions with the coarse-grained UNRES force field on massively parallel systems : toward millisecond-scale simulations of protein structure, dynamics, and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2010, Vol. 6, iss. 3, s. 890-909
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 66 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.138
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.945
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    14/132
    AUTORZY: Anna Łęgowska, Dawid Dębowski, Rafał Łukajtis, Magdalena Wysocka, Cezary Czaplewski, Adam Lesner, Krzysztof Rolka.
    TYTUŁ: Implication of the disulfide bridge in trypsin inhibitor SFTI-1 in its interaction with serine proteinases
    ŹRÓDŁO: Bioorganic & Medicinal Chemistry. - 2010, Vol. 18, iss. 23, s. 8188-8193
    p-ISSN: 0968-0896

    UWAGI: Bibliogr. 31 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.978
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.108
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • cystein bridge
  • proteinase inhibitor
  • serine proteinase
  • SFTI-1

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    15/132
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Investigation of protein folding by coarse-grained molecular dynamics with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. A. - 2010, Vol. 114, no. 13, s. 4471-4485
    p-ISSN: 1089-5639

    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.732
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.844
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • coarse-grained
  • molecular dynamics
  • UNRES

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    16/132
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Salvador Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Inta Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics of amylin amyloid single and multiple beta sheets.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2010 : tales of peptides : proceedings of thirty-first European Peptide Symposium, September 5-9, 2010, Copenhagen, Denmark / ed. by Michal Lebl [et al.].
    ADRES WYDAWNICZY: San Diego : European Peptide Society, 2010.
    OPIS FIZYCZNY: S. 570-571.
    ISBN: 0-9715560-5-9
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    17/132
    AUTORZY: D. Lapidus, S. Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, I. Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics of amylin amyloid single β-sheets
    ŹRÓDŁO: W: 12th Naples Workshop on Bioactive Peptides, 2nd Italy-Korea Symposium on Antimicrobial Peptides : Peptides at work : from structure to applications, Naples, June 4-7, 2010 : abstracts and program
    OPIS FIZYCZNY: S. 143
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    18/132
    AUTORZY: Vita Duka, Isabella Bestel, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Inta Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular modeling of single and multiple beta-sheets of amyloid beta protein 25 - 35.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2010 : tales of peptides : proceedings of thirty-first European Peptide Symposium, September 5-9, 2010, Copenhagen, Denmark / ed. by Michal Lebl [et al.].
    ADRES WYDAWNICZY: San Diego : European Peptide Society, 2010.
    OPIS FIZYCZNY: S. 572-573.
    ISBN: 0-9715560-5-9
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    19/132
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Potential of mean force of association of large hydrophobic particles : toward the nanoscale limit
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2010, Vol. 114, no. 2, s. 993-1003
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 30 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.603
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.425
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    20/132
    AUTORZY: Krzysztof Smalara, Artur Giełdoń, Maciej Bobrowski, Jarosław Rybicki, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Theoretical study of polymerization mechanism of p-xylylene based polymers
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. A. - 2010, Vol. 114, no. 12, s. 4296-4303
    p-ISSN: 1089-5639

    UWAGI: Bibliogr. 39 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.732
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.844
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • polymerization
  • p-xylylene
  • polymers

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    21/132
    AUTORZY: I. Liepina, A. Zemitis, G. Duburs, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Tubomicella of 1,4-dihydropyridine lipid and its binding with DNA
    ŹRÓDŁO: W: 12th Naples Workshop on Bioactive Peptides, 2nd Italy-Korea Symposium on Antimicrobial Peptides : Peptides at work : from structure to applications, Naples, June 4-7, 2010 : abstracts and program
    OPIS FIZYCZNY: S. 139
    UWAGI: Bibliogr. 1 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    22/132
    AUTORZY: I. Liepina, A. Zemitis, G. Duburs, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Tubomicella of gene transfection agent 1,4-dihydropyridine lipid and its binding with DNA
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2010, Vol. 16, iss. S1, s. 205
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of 31st European Peptide Symposium, September 5-9 2010, Copenhagen
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    23/132
    AUTORZY: Inta Liepina, Ainars Zemitis, Gunars Duburs, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Tubomicelle of gene transfection agent 1,4-dihydropyridine lipid and its binding with DNA.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2010 : tales of peptides : proceedings of thirty-first European Peptide Symposium, September 5-9, 2010, Copenhagen, Denmark / ed. by Michal Lebl [et al.].
    ADRES WYDAWNICZY: San Diego : European Peptide Society, 2010.
    OPIS FIZYCZNY: S. 630-631.
    ISBN: 0-9715560-5-9
    UWAGI: Bibliogr. 6 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    24/132
    AUTORZY: Joanna Makowska, Jacek Jasiecki, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Maciej Kozak, Maria Smużyńska, Katarzyna Ruszczyńska-Bartnik, Daria Biernacka, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Calorimetric and conformational studies of the folding of two mutants of the B-domain of staphylococcal protein A differing in stability.
    ŹRÓDŁO: Acta Biochimica Polonica. - 2011, Vol. 58, suppl. 2, s. 194.
    p-ISSN: 0001-527X

    UWAGI: Abstracts of the 2nd Congress of Biochemistry and Cell Biology : 46th Meeting of the Polish Biochemical Society and 11st Conference of the Polish Cell Biology Society : Kraków, Poland September 5th-9th, 2011.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    25/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Coarse-grained models of proteins : theory and applications
    ŹRÓDŁO: W: Multiscale approaches to protein modeling / ed. Andrzej Kolinski
    ADRES WYDAWNICZY: New York [etc.] : Springer, 2011
    OPIS FIZYCZNY: S. 35-83
    ISBN: 978-1-4419-6888-3
    UWAGI: Bibliogr. 278 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Adres url:
    DOI:
    26/132
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Krzysztof Smalara, Maciej Bobrowski.
    TYTUŁ: Molecular dynamics simulations of the growth of poly(chloro-para-xylylene) films.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2011, Vol. 17, no. 11, s. 2725-2733.
    p-ISSN: 1610-2940

    UWAGI: Bibliogr. 43 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.797
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.312
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular dynamics
  • parylene C
  • poly(chloropara-xylylene)
  • polymer structure

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    27/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: A coarse-grained united residue force field and dynamic fragment assembly method using conformationals space annealing algorithm approach to protein structure prediction.
    ŹRÓDŁO: W: "Chemia dla środowiska i cywilizacji" : 55 Zjazd Polskiego Towarzystwa Chemicznego i Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, Białystok, 16-20 września 2012 : materiały zjazdowe.
    ADRES WYDAWNICZY: Warszawa : Polskie Towarzystwo Chemiczne, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 325.
    ISBN: 978-83-60988-12-1
    UWAGI: Bibliogr. 4 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    28/132
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, J. A. Vila, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Computation of structure, dynamics, and thermodynamics of proteins
    ŹRÓDŁO: W: Comprehensive biophysics, 1 / ed. Edward H. Egelman
    ADRES WYDAWNICZY: Oxford : Academic Press, 2012
    OPIS FIZYCZNY: S. 494-513
    ISBN: 978-0-12-374920-8
    UWAGI: Bibliogr. 277 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • computing of structure
  • dynamics
  • thermodynamics

    29/132
    AUTORZY: D. Lapidus, S. Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, I. Liepina.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of amylin 10-29 amyloid formation : parallel, antiparallel and bent structures
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2012, Vol. 18, iss. S1, s. S77
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of the 32nd European Peptide Symposium, 2-7 September 2012, Athens, Greece
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    30/132
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Salvador Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Inta Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics of amylin 10-29 amyloid formation: parallel, antiparallel and bent structures.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2012 : proceedings of the Thirty-Second European Peptide Symposium, September 2-7, 2012, Athens, Greece / ed. by George Kokotos, Violetta Constantinou-Kokotou, John Matsoukas.
    ADRES WYDAWNICZY: Athens : European Peptide Society, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 214-215.
    ISBN: 978-960-466-121-3
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    31/132
    AUTORZY: D. Lapidus, V. Duka, V. Stonkus, S. Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, I. Liepina.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides : parallel and antiparallel beta-sheet structures
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2012, Vol. 18, iss. S1, s. S77
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of the 32nd European Peptide Symposium, 2-7 September 2012, Athens, Greece
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    32/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Krzysztof Smalara, Maciej Bobrowski.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics simulation of polymerization of p-xylylene
    ŹRÓDŁO: W: International Conference on Computational Methods in Science and Engineering 2009 : (ICCMSE 2009), Rhodes, Greece, 29 September - 4 October, 2009 / eds. Theodore E. Simos, George Maroulis
    ADRES WYDAWNICZY: Melville ; New York : American Institute of Physics, 2012
    SERIA: AIP Conference Proceedings, 0094-243X, 1504
    OPIS FIZYCZNY: S. 1142-1145
    ISBN: 978-0-7354-1122-7
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular dynamics
  • Monte Carlo
  • polymerization
  • p-xylylene
  • parylene
  • chemical vapor deposition

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    DOI:
    33/132
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Vita Duka, Vladislavs Stonkus, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Salvador Ventura, Inta Liepina.
    TYTUŁ: Multiple β-sheet molecular dynamics of amyloid formation from two ABI-SH3 domain peptides
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2012, Vol. 98, no. 6, s. 557-566
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.879
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.691
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloid
  • amyloid peptides
  • amyloid formation
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    34/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Opitimization of energy-function parameters for the prediction of protein structure by conformational space annealing with the united residues (UNRES) force field and dynamic fragment assembly.
    ŹRÓDŁO: W: "Chemia dla środowiska i cywilizacji" : 55 Zjazd Polskiego Towarzystwa Chemicznego i Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, Białystok, 16-20 września 2012 : materiały zjazdowe.
    ADRES WYDAWNICZY: Warszawa : Polskie Towarzystwo Chemiczne, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 325.
    ISBN: 978-83-60988-12-1
    UWAGI: Bibliogr. 6 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    35/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Simulation of the opening and closing of Hsp70 chaperones by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 5, s. 1750-1764.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • chaperones
  • Hsp70
  • coarse-grained
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    36/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
    MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    37/132
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Katarzyna Guzow, Dominik Wróblewski, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Acid-base properties of 3-[2-(pyridyl)benzoxazol-5-yl]alanine derivatives in the ground and excited state : experimental and theoretical studies
    ŹRÓDŁO: Journal of Photochemistry and Photobiology. A, Chemistry. - 2013, Vol. 258, s. 10-16
    p-ISSN: 1010-6030
    e-ISSN: 1873-2666

    UWAGI: Bibliogr. 34 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.291
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.475
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • benzoxazole
  • fluorescence
  • prototropic equilibrium
  • DFT calculations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    DOI:
    38/132
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Algorytm Hybrydowego Monte Carlo - od prostych układów do makrocząsteczek
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
    MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    39/132
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Yi He, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Essential role of mean-field electrostatic interactions in free modeling of protein and nucleic acid structures at coarse-grained level
    NAZWA KONFERENCJI: Protein & RNA Structure Prediction Conference 2013
    MIEJSCE: Playa del Carmen, Mexico, 1-5 December 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Zing Conferences
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    40/132
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hybrid Monte Carlo algorithm - from simple system to macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: 31st Annual Chemistry Graduate Student Symposium
    MIEJSCE: Buffalo, NY (USA), 15-17 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University at Buffalo
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    41/132
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hybrydowe Monte Carlo w polu siłowym UNRES
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Wpływ Młodych Naukowców na Osiągnięcia Polskiej Nauki, IV Edycja
    MIEJSCE: Gdańsk, 12 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    42/132
    AUTORZY: Maciej Baranowski, Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of the physic based side-chain sidechain potential in coarse-grained UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    43/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Improvement of the treatment of loop structures in the UNRES force field by inclusion of coupling between backbone- and side-chain-local conformational states
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 10, s. 4620-4632
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 76 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    44/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Insight into the domain dynamics of the Hsp70 and Hsp104 chaperones via molecular dynamic simulation
    NAZWA KONFERENCJI: EMBO Conference The biology of molecular chaperones: from molecules, organelles and cells to misfolding diseases
    MIEJSCE: Santa Margherita di Pula, Italy, 17-22 May 2013
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    45/132
    AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.727
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    46/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Mean field dipole-dipole interactions as essential factors in the formation of biomolecular architectures
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    47/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics and replica exchange simulations of protein folding with dynamic fragment assembly and UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    48/132
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of the Hsp70 chaperone's Nucleotide Binding Domain: understanding nucleotide binding and structure-function relationships
    NAZWA KONFERENCJI: 245th American Chemical Society National Meeting & Exposition Chemistry of Energy & Food
    MIEJSCE: New Orleans, LA (USA), 7-11 April 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: American Chemical Society (ACS)
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    49/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Optimization of dynamic fragment assembly for protein structure prediction with conformational space annealing and UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    50/132
    AUTORZY: Katarzyna Guzow, Marlena Czerwińska, Agnieszka Ceszlak, Marta Kozarzewska, Mariusz Szabelski, Cezary Czaplewski, Anna Łukaszewicz, Aleksander A. Kubicki, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Photophysical properties of 3-[2-(N-phenylcarbazolyl)benzoxazol-5-yl]alanine derivatives - experimental and theoretical studies
    ŹRÓDŁO: Photochemical & Photobiological Sciences. - 2013, Vol. 12, s. 284-297
    p-ISSN: 1474-905X

    UWAGI: Bibliogr. 52 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.939
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.793
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Benzoxazolylalanine
  • N-phenylcarbazole
  • absorption
  • fluorescence
  • solvatochromism
  • dipole moment
  • DFT method

    Adres url:
    DOI:
    51/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction using UNRES force field with Conformational Space Annealing and Dynamic Fragment Assembly
    NAZWA KONFERENCJI: Fifth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    MIEJSCE: High1 Resort, Korea, 24-26 February 2013
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    52/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Symulacje zawężania przestrzeni konformacyjnej (CSA) dla białek zawierających D i L aminokwasy w polu siłowym UNRES
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
    MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    53/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The Hsp70 chaperone's nucleotide-binding domain: protein dynamics by molecular dynamics simulation
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
    MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: ENG
    54/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The protein dynamics of the Hsp70 nucleotide-binding domain: nucleotide binding and structure-function relationships
    NAZWA KONFERENCJI: 27th Annual Symposium of the Protein Society
    MIEJSCE: Boston, MA (USA), 20-23 July 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: The Protein Society
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    55/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Wprowadzenie metody dynamicznego składania fragmentów (DFA) do symulacji dynamiki molekularnej (MD) dla białek z wykorzystaniem pola siłowego UNRES
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Wpływ Młodych Naukowców na Osiągnięcia Polskiej Nauki, IV Edycja
    MIEJSCE: Gdańsk, 12 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    56/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    57/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    58/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of knowledge-based modeling in coarse-grained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    59/132
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Extension of the UNRES force field with the Multiplex Replica Hybrid Monte Carlo algorithm
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    60/132
    AUTORZY: Rui Zhou, Gia G. Maisuradze, David Suñol, Toni Todorovski, Maria J. Macias, Yi Xiao, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Folding kinetics of WW domains with the united residue force field for bridging microscopic motions and experimental measurements
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014, Vol. 111, no. 51, s. 18243-18248
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 41 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.674
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • FBP28 WW domain
  • nonnatural variants
  • folding rates
  • free-energy landscapes
  • millisecond-timescale canonical MD simulations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    61/132
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new physics-based potentials coupling between backbone- and side-chain-local conformational states into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    62/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Bakhtiyor Rasulev, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Nanotoxicity - interaction of gold nanoparticles with proteins and DNA
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    63/132
    AUTORZY: Józef Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Yi He, Paweł Krupa, Cezary R. Czaplewski, Andrey Krokhotin, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Origin of the architecture of biological macromolecules : a mean-field perspective
    NAZWA KONFERENCJI: Biophysical Society 58th Annual Meeting Bridging the sciences to explore biology
    MIEJSCE: San Francisco, CA (USA), 15-19 February 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    64/132
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    65/132
    AUTORZY: Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure by template-based modeling combined with UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    66/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    67/132
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    68/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    69/132
    AUTORZY: Maciej Barycki, Anita Sosnowska, Agnieszka Gajewicz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Tomasz Puzyn.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: QSPR models for predicting viscosity of ionic liquids in various temperatures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th European Conference on Thermoelectrics (ECT 2014)
    MIEJSCE: Madrid, Spain, 24-26 September 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: European Thermoelectric Society
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    70/132
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Rapid communication: Computational simulation and analysis of a candidate for the design of a novel silk-based biopolymer
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2014, Vol. 101, no. 9, s. 915-923
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 16 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.385
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.498
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • sericin
  • biopolymer
  • steered molecular dynamics
  • computational
  • silk

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    71/132
    AUTORZY: Irena Bylińska, Małgorzata Wierzbicka, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Solvatochromic studies of pull-push molecules containing dimethylaniline and aromatic hydrocarbon linked by an acetylene unit
    ŹRÓDŁO: RSC Advances, [dokument elektroniczny]. - 2014, Vol. 4, iss. 90, s. 48783-48795
    TRYB DOSTĘPU: http://pubs.rsc.org/en/content/articlepdf/2014/ra/c4ra06999d [dostęp 27.11.2014]
    e-ISSN: 2046-2069

    UWAGI: Bibliogr. 54 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.840
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.907
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    72/132
    AUTORZY: Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Leslie Glasser, Ewa Gołaś.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Stretching Alpha A-crystallin : mechanical insight by Steered Molecular Dynamics. The effect of L to D isomerization on mechanical strength and stability
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    73/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Leslie Glasser, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structural insight through mechanical stretching : steered molecular dynamics simulations of a small heat shock protein
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    74/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Bakhtiyor Rasulev, Cezary Czaplewski, Jerzy Leszczynski.
    TYTUŁ: Towards mechanisms of nanotoxicity - interaction of gold nanoparticles with proteins and DNA
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 337-341
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • gold nanoparticles
  • proteins
  • DNA
  • molecular dynamics

    75/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of maximum likelihood method for calibration of the coarse-grained UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    76/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Agnieszka Karczyńska, Christian Omieczynski, Tomasz Wirecki, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 9, s. 2050-2070
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 91 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    77/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field training for protein structure prediction and folding simulations
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    78/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary R. Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A novel method for force-field calibration based on maximum-likelihood approach and thermal unfolding data
    NAZWA KONFERENCJI: 59th Annual Meeting of the Biophysical Society Bridging the sciences : computation and experiment
    MIEJSCE: Baltimore, MD (USA), 7-11 February 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    79/132
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Common functionally important motions of the nucleotide-binding domain of Hsp70
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 2, s. 282-299
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular chaperones
  • molecular dynamics
  • principal component analysis

    Adres url:
    DOI:
    80/132
    AUTORZY: Małgorzata Wierzbicka, Irena Bylińska, Artur Sikorski, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Experimental and theoretical studies of spectroscopic properties of simple symmetrically substituted diphenylbuta-1,3-diyne derivatives
    ŹRÓDŁO: Photochemical & Photobiological Sciences. - 2015, Vol. 14, iss. 12, s. 2251-2260
    p-ISSN: 1474-905X
    e-ISSN: 1474-9092

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.235
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.673
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    81/132
    AUTORZY: Małgorzata Wierzbicka, Irena Bylińska, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Experimental and theoretical studies of the spectroscopic properties of simple symmetrically substituted diphenylacetylene derivatives
    ŹRÓDŁO: RSC Advances, [dokument elektroniczny]. - 2015, Vol. 5, iss. 37, s. 29294-29303
    TRYB DOSTĘPU: http://pubs.rsc.org/en/content/articlepdf/2015/ra/c5ra01077b [dostęp 14.01.2016]
    e-ISSN: 2046-2069

    UWAGI: Bibliogr. 64 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.289
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.485
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    82/132
    AUTORZY: Yi He, H. A. Scheraga, Yanping Yin, S. Rackovsky, Adam Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Mariusz Makowski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hidden correlations between the sequences and the folding mechanisms of medium-sized α/β proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    83/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Maximum-likelihood calibration of force fields
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    84/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Maciej Bobrowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics simulations of ionic liquids - static and dynamic properties
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    85/132
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of UNRES aided by knowledge-based information in CASP11
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    86/132
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the United Residue (UNRES) force field for protein simulations
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 2, s. 817-831
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 80 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    87/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure by template-based modeling combined with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 6, s. 1271-1281
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    88/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Preliminary test of physics-based UNRES force field performance in domain packing and protein docking
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    89/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Template-based modeling combined with the coarse-grained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    90/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Jarosław Marszałek.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The ClpB disaggregase : molecular dynamics simulation of a remodelling machine
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    91/132
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The influence of parameters controlling thermostats on the folding of proteins using UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    92/132
    AUTORZY: Dawid Jagieła, Krzysztof Smalara, Adam Sieradzan, Emilia Lubecka, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: UNRESPACK : a package for coarse-grained simulations of proteins : development and implementation
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    93/132
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Agnieszka Karczyńska, Rafał Ślusarz, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: All atom molecular dynamics as a refinement tool
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    94/132
    AUTORZY: Natalia Gruba, Magdalena Wysocka, Magdalena Brzezińska, Dawid Dębowski, M. Sieńczyk, E. Gorodkiewicz, T. Guszcz, Cezary Czaplewski, Krzysztof Rolka, Adam Lesner.
    TYTUŁ: Bladder cancer detection using a peptide substrate of the 20S proteasome
    ŹRÓDŁO: The FEBS Journal. - 2016, Vol. 283, iss. 15, s. 2929-2948
    p-ISSN: 1742-464X

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.902
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.129
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • combinatorial chemistry
  • intramolecularly quenched peptides
  • fluorescent assay
  • human 20S proteasome
  • bladder cancer biomarker

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    95/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Chemoinformatics methods for studying biomolecules
    ŹRÓDŁO: W: Handbook of computational chemistry / Jerzy Leszczyński ed.
    ADRES WYDAWNICZY: Dordrecht : Springer Netherlands, 2016
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-17
    ISBN: 978-94-007-6169-8 (online)
    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    DOI:
    96/132
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Comparison of the performance of Gaussian and Lorentzian restraint functions in molecular dynamic simulations
    NAZWA KONFERENCJI: 24th International Student Scientific Conference
    MIEJSCE: Gdańsk, Poland, 27-29 April 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    97/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    98/132
    AUTORZY: Irena Bylińska, Małgorzata Wierzbicka, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Photophysical properties of symmetrically substituted diarylacetylenes and diarylbuta-1,3-diynes
    ŹRÓDŁO: Photochemical & Photobiological Sciences. - 2016, Vol. 15, iss. 1, s. 45-56
    p-ISSN: 1474-905X
    e-ISSN: 1474-9092

    UWAGI: Bibliogr. 67 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.344
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.474
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    99/132
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    100/132
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Retrieving the kinetic information from MREMD and MREHMC simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    101/132
    AUTORZY: Maciej Barycki, Anita Sosnowska, Agnieszka Gajewicz, Maciej Bobrowski, Dorota Wileńska, Piotr Skurski, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Stefanie Uhl, Edith Laux, Tony Journot, Laure Jeandupeux, Herbert Keppner, Tomasz Puzyn.
    TYTUŁ: Temperature-dependent structure-property modeling of viscosity for ionic liquids
    ŹRÓDŁO: Fluid Phase Equilibria. - 2016, Vol. 427, s. 9-17
    p-ISSN: 0378-3812
    e-ISSN: 1879-0224

    UWAGI: Bibliogr. 53 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.473
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.499
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • ionic liquid
  • viscosity
  • temperature
  • QSPR
  • experimental

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    102/132
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Artur Giełdoń, Paweł Krupa, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The all-atom refinement of protein structures generated with the coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling & Design of Molecular Materials 2016
    MIEJSCE: Trzebnica, Poland, 26-30 June 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    103/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The unified coarse-grained model for large-scale simulations of biological macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: 16th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 22-24 September 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    104/132
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Felipe Pineda, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of Lorentzian and Gaussian restraint functions in molecular dynamics simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    105/132
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of restraints from consensus fragments of multiple server models to enhance protein-structure prediction capability of the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2016, Vol. 56, iss. 11, s. 2263-2279
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.760
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.066
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    106/132
    AUTORZY: P. Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Robert Ganzynkowicz, M. D. Wiśniewska, M. A. Mozolewska, Michał Głuski, Łukasz Golon, Y. He, Adam K. Sieradzan, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    107/132
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Mateusz Pikora, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of the Markov State Model in the studying of the protein folding pathways
    NAZWA KONFERENCJI: Third Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Korea, 5-9 February 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Markov State Model
  • protein folding
  • replica exchange molecular dynamics

    108/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Chemoinformatics methods for studying biomolecules
    ŹRÓDŁO: W: Handbook of computational chemistry / Jerzy Leszczynski, ed. ; Anna Kaczmarek-Kedziera, Tomasz Puzyn, Manthos G. Papadopoulos, Heribert Reis, Manoj K. Shukla, co-eds
    OZNACZENIE WYDANIA: Second edition
    ADRES WYDAWNICZY: Cham : Springer, 2017
    OPIS FIZYCZNY: S. 2183-2199
    ISBN: 978-3-319-27281-8
    ISBN: 978-3-319-27282-5 (eBook)
    ISBN: 978-3-319-28572-6
    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    DOI:
    109/132
    AUTORZY: Krzysztof [chemia] Bojarski, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Effect of restraint type and strength on the quality of protein models obtained with homology-restrained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Conference Coarse graining of biomolecules and beyond: theory and applications
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 7 October 2017
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    110/132
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian Replica Exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2017, Vol. 38, no. 31, s. 2730-2746
    p-ISSN: 0192-8651
    e-ISSN: 1096-987X

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • template-based modeling
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics
  • ergodicity

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    111/132
    AUTORZY: Małgorzata Szyszkowska, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Photophysical and theoretical studies of diphenylacetylene derivatives with restricted rotation
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Structure. - 2017, Vol. 1138, s. 81-89
    p-ISSN: 0022-2860
    e-ISSN: 1872-8014

    UWAGI: Bibliogr. 53 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.011
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.784
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • diphenylacettylene derivatives
  • fluorescence
  • ICT
  • intramolecular hydrogen bond
  • DFT calculations
  • excited state

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    112/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Krzysztof Smalara, Artur Giełdoń, Maciej Bobrowski.
    TYTUŁ: Polymerization of chloro-p-xylylenes, quantum-chemical study
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2017, Vol. 23, no. 2, art. no. 40, s. 1-20
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 53 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.507
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.539
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • parylene
  • chloro-p-xylylene
  • CVD
  • polymerization
  • DFT
  • B3LYP
  • PBE0

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    113/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 4th International Conference on Protein and RNA Structure Prediction
    MIEJSCE: Montego Bay, Jamajka, 4-8 December 2017
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    114/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Artur Giełdoń, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Jooyoung Lee, Keehyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by restraints from consensus fragments of multiple server models
    NAZWA KONFERENCJI: Third Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Korea, 5-9 February 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    115/132
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein-protein docking with the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Conference Coarse graining of biomolecules and beyond: theory and applications
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 7 October 2017
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    116/132
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Paweł Krupa.
    TYTUŁ: Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2017, Vol. 35, iss. 13, s. 2868-2879
    p-ISSN: 0739-1102
    e-ISSN: 1538-0254

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.107
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.443
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermal stability
  • molecular dynamics simulations
  • UNRES force field
  • sactipeptide

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    DOI:
    117/132
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Maciej Bobrowski, Aleksandra Bielicka-Giełdoń, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Theoretical calculation of the physico-chemical properties of 1-butyl-4-methylpyridinium based ionic liquids
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Liquids. - 2017, Vol. 225, s. 467-474
    p-ISSN: 0167-7322
    e-ISSN: 1873-3166

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.513
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.929
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular dynamics
  • ionic liquids
  • 1-butyl-4-methylpyridinium
  • ([b4mpy][BF4])
  • ([b4mpy][Cl])
  • charge distribution
  • density calculation
  • melting point calculation

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    118/132
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Emilia Lubecka, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Łukasz Golon, Bartłomiej Zaborowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: UNRES, NARES, and SUGRES Coarse-Grained Models - an introduction
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 36
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained models
  • UNRES
  • NARES
  • SUGRES

    119/132
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Dominik Wróblewski, Katarzyna Guzow, Magda Milewska, Cezary Czaplewski, Wiesław Wiczk.
    TYTUŁ: Acid-base properties of 3-[2-(n-quinolinyl)benzoxazol-5-yl]alanine derivatives in the ground and excited state. Experimental and theoretical studies
    ŹRÓDŁO: Journal of Photochemistry and Photobiology. A, Chemistry. - 2018, Vol. 353, s. 191-199
    p-ISSN: 1010-6030

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.891
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.680
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    120/132
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    121/132
    AUTORZY: Karolina Zięba, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Computer simulations of hydrophobic effect on an example Xe atoms and water model: SPC/E, TIP3P and TIP4P-2005
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    122/132
    AUTORZY: Emilia Lubecka, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Adam Liwo.
    TYTUŁ: High performance computing with coarse grained model of biological macromolecules
    ŹRÓDŁO: Supercomputing Frontiers and Innovations. - 2018, Vol. 5, iss. 2, s. 63-75
    p-ISSN: 2409-6008
    e-ISSN: 2313-8734

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Unified Coarse Grained Model
  • UNRES force field
  • molecular dynamics simulations
  • fine-grained parallelization
  • coarse-grained parallelization

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    123/132
    AUTORZY: Magdalena Joanna Grzeszczuk, Aleksandra Bąk, Anna Marta Banaś, Paweł Urbanowicz, Stanisław Dunin-Horkawicz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Elżbieta K. Jagusztyn-Krynicka.
    TYTUŁ: Impact of selected amino acids of HP0377 (Helicobacter pylori thiol oxidoreductase) on its functioning as a CcmG (cytochrome c maturation) protein and Dsb (disulfide bond) isomerase
    ŹRÓDŁO: PLoS One, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 13, iss. 4, art. no. e0195358, s. 1-27
    TRYB DOSTĘPU: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0195358 [dostęp 17.12.2018]
    e-ISSN: 1932-6203

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.766
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.352
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    124/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Initial protocol for protein-protein docking by MREMD simulations with the coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    125/132
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioinformatics. - 2018, Vol. 86, spec. iss. S1, s. 228-239
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.274
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.328
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained force fields
  • maximum likelihood principle
  • molecular dynamics
  • protein structure prediction
  • small-angle X-ray scattering

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    126/132
    AUTORZY: Paweł Krupa, Agnieszka Karczyńska, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein-protein docking by MREMD simulations with the coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Integrative Modeling of Biomolecular Interactions: EMBO Practical course
    MIEJSCE: Barcelona, Spain, 2-6 July 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    127/132
    AUTORZY: Karolina Zięba, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Symulacje komputerowe efektów hydrofobowych w wodzie na przykładzie atomów Xe i modeli wody SPC/E, TIP4P-2005
    ŹRÓDŁO: W: Nauka i przemysł : lubelskie spotkania studenckie / praca zbiorowa pod red. Doroty Kołodyńskiej
    ADRES WYDAWNICZY: Lublin : Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej. Wydział Chemii, 2018
    OPIS FIZYCZNY: S. 178-181
    ISBN: 978-83-945225-5-1
    Typ publikacji: PMR
    Język publikacji: POL
    128/132
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ: UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Nucleic Acids Research. - 2018, Vol. 46, no. W1, s. W304-W309
    p-ISSN: 0305-1048
    e-ISSN: 1362-4962

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 11.561
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.235
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • molecular simulations
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    129/132
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Use of coarse-grained and all-atom molecular dynamics to study Hsp70 and Hsp40 chaperone action
    ŹRÓDŁO: W: Role of molecular chaperones in structural folding, biological functions, and drug interactions of client proteins / ed. by Mario D. Galigniana
    ADRES WYDAWNICZY: Sharjah : Bentham Science Publishers, 2018
    SERIA: Frontiers in Structural Biology, 2589-4366, 1
    OPIS FIZYCZNY: S. 23-46
    ISBN: 978-1-68108-616-3
    UWAGI: Bibliogr.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    130/132
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Agnieszka S. Karczyńska, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of improved UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free and data-assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    131/132
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Zięba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of the coarse grained UNRES force field in template assisted and data assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    132/132
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 83, s. 92-99
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein structure prediction
  • UNRES force field
  • knowledge-based methods
  • template-based restraints
  • replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego