logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: HE YI
Liczba odnalezionych rekordów: 17



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/17
AUTORZY: Yi He, Yi Xiao, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Exploring the Parameter Space of the Coarse-Grained UNRES Force Field by Random Search: Selecting a Transferable Medium-Resolution Force Field
ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2009, Vol. 30, no. 13, s. 2127-2135
p-ISSN: 0192-8651

UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.769
Punktacja MNiSW: 24.000
5-letni Impact Factor ISI: 5.817
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermodynamic hypothesis
  • coarse-grained models
  • UNRES force field
  • force-field parameterization

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:


    DOI:
    2/17
    AUTORZY: Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Coarse-grained force field: general folding theory
    ŹRÓDŁO: Physical Chemistry Chemical Physics. - 2011, Vol. 13, no. 38, s. 16890-16901
    p-ISSN: 1463-9076

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.573
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.931
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained
  • force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    3/17
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harel Weinstein, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: PDZ binding to the BAR domain of PICK1 is elucidated by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2011, Vol. 405, iss. 1, s. 298-314.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.001
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.981
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • PICK1
  • binding
  • hydrophobic interactions
  • UNRES force field
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    4/17
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A simple coarse-grained model of nucleic acids reveals the essential role of mean-field dipole-dipole interactions between nucleic-acid bases in double-helix formation
    NAZWA KONFERENCJI: Fifth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    MIEJSCE: High1 Resort, Korea, 24-26 February 2013
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    5/17
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
    MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    6/17
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Yi He, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Essential role of mean-field electrostatic interactions in free modeling of protein and nucleic acid structures at coarse-grained level
    NAZWA KONFERENCJI: Protein & RNA Structure Prediction Conference 2013
    MIEJSCE: Playa del Carmen, Mexico, 1-5 December 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Zing Conferences
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    7/17
    AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.727
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    8/17
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Mean-field interactions between nucleic-acid-base dipoles can drive the formation of a double helix
    ŹRÓDŁO: Physical Review Letters. - 2013, Vol. 110, iss. 9, art. no. 098101, s. 1-5
    p-ISSN: 0031-9007

    UWAGI: Bibliogr. 26 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.728
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 7.411
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    DOI:
    9/17
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    10/17
    AUTORZY: Józef Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Yi He, Paweł Krupa, Cezary R. Czaplewski, Andrey Krokhotin, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Origin of the architecture of biological macromolecules : a mean-field perspective
    NAZWA KONFERENCJI: Biophysical Society 58th Annual Meeting Bridging the sciences to explore biology
    MIEJSCE: San Francisco, CA (USA), 15-19 February 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    11/17
    AUTORZY: George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Paweł Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popović, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli, Foldit Players.
    TYTUŁ: WeFold: a coopetition for protein structure prediction
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2014, Vol. 82, iss. 9, s. 1850-1868
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.627
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.110
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coopetition
  • protein structure prediction
  • CASP
  • structure refinement
  • Foldit

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    12/17
    AUTORZY: Yi He, H. A. Scheraga, Yanping Yin, S. Rackovsky, Adam Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Mariusz Makowski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hidden correlations between the sequences and the folding mechanisms of medium-sized α/β proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    13/17
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Optimization of a Nucleic Acids united-RESidue 2-Point model (NARES-2P) with a maximum-likelihood approach
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2015, Vol. 143, no. 24, art. no. 243111, s. 1-8
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.894
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.950
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    14/17
    AUTORZY: Yanping Yin, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for coarse-grained modeling of protein- DNA interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 4, s. 1792-1808
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    15/17
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    16/17
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Yanping Yin, Yi He, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A new protein nucleic-acid coarse-grained force field based on the UNRES and NARES-2P force fields
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2018, Vol. 39, no. 28, s. 2360-2370
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    17/17
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego