logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: LIPSKA AGNIESZKA
Liczba odnalezionych rekordów: 28



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/28
AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of UNRES force field to coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima
NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
Adres url:
2/28
AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima using the UNRES force field
NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
Adres url:
3/28
AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
Adres url:
4/28
AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
Adres url:
5/28
AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
Adres url:
6/28
AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, S. R. Seidman, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A coarse-grained simulation study of the effect of hydrodynamic interactions on protein folding
NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
7/28
AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to derive analytical expressions for the effective energy terms in coarse-grained force fields
NAZWA KONFERENCJI: 3rd International Conference on Protein and RNA Structure Prediction
MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 14-18 December 2015
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
8/28
AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to the derivation of analytical potentials in physics-based coarse-grained force fields
NAZWA KONFERENCJI: 40th National Conference on Theoretical Physics & 3rd International Workshop on Theoretical and Computational Physics
MIEJSCE: Da Lat, Vietnam, 27-30 July 2015
Typ publikacji: ZXI
Język publikacji: ENG
Adres url:
9/28
AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Yanping Yin, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Advances in UNRES force field
NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
Typ publikacji: ZXI
Język publikacji: ENG
10/28
AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Adam K. Sieradzan, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hydrodynamic interactions in coarse-grained simulations of protein folding
NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
11/28
AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of hydrodynamic interactions in molecular dynamics simulations with the UNRES force field
NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
Adres url:
12/28
AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
TYTUŁ: Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2015, Vol. 21, no. 3, art. no. 64, s. 1-11
p-ISSN: 1610-2940
e-ISSN: 0948-5023

UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
Tytuł-nazwa konferencji: 6th Conference on Modeling and Design of Molecular Materials
Organizator konferencji: MDMM 2014
Miejsce konferencji: Kudowa Zdrój
Kraj: PL
Od dnia: 2014.06.29
Do dnia: 2014.07.03
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.438
Punktacja MNiSW: 25.000
5-letni Impact Factor ISI: 1.508
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-binding protein
  • domain motion
  • molecular dynamics
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    13/28
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to derive analytical expressions in coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society
    MIEJSCE: Los Angeles, USA, 27 February - 2 March 2016
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    14/28
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Bartosz Gryta, Michał Głuski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: How do the local and long-range interactions encode the three-dimensional structures of biological macromolecules: a coarse-grained perspective
    NAZWA KONFERENCJI: 6th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 19-21 June 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    15/28
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2016, Vol. 144, no. 18, art. no. 184110, s. 1-11
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 79 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.965
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.907
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    16/28
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University of Gdańsk ; KIAS
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    17/28
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    18/28
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, M. D. Wiśniewska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, S. Ovchinnikov, D. Baker, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by contact- and secondary-structure prediction derived from evolutionarily related proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    19/28
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, P. Krupa, M. A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, C. Kieslich, M. Onel, U. Shah, Y. He, Y. Yin, Łukasz Golon, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, C. A. Floudas, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by secondary-structure and contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    20/28
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The unified coarse-grained model for large-scale simulations of biological macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: 16th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 22-24 September 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    21/28
    AUTORZY: Emilia Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of modified UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    22/28
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Emilia Lubecka, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Łukasz Golon, Bartłomiej Zaborowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: UNRES, NARES, and SUGRES Coarse-Grained Models - an introduction
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 36
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained models
  • UNRES
  • NARES
  • SUGRES

    23/28
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    24/28
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, I. Anishchanka, D. Kim, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the improve UNRES force field aided by contact prediction derived from evolutionarily related proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    25/28
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Emilia A. Lubecka.
    TYTUŁ: Shielding effect in protein folding
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 79, s. 118-132
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 69 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • proteins
  • UNRES force field
  • local interactions
  • physicochemical properties
  • potentials of mean force

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    26/28
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Jamie Platts, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Simulations of calcium-ion binding by an amyloid forming peptide
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    27/28
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Agnieszka S. Karczyńska, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of improved UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free and data-assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    28/28
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Zięba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of the coarse grained UNRES force field in template assisted and data assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego