logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: LIWO ADAM
Liczba odnalezionych rekordów: 213



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/213
AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Conformational studies of the α-helical 28-43 fragment of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus
ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2008, Vol. 89, no. 11, s. 1032-1044
p-ISSN: 0006-3525
e-ISSN: 1097-0282

UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.823
Punktacja MNiSW: 20.000
5-letni Impact Factor ISI: 2.631
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    2/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Sebastian Kalinowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Application of multiplexed replica exchange molecular dynamics to the UNRES force field: tests with α and α + β proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2009, Vol. 5, iss. 3, s. 627-640
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.804
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.852
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    3/213
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Conformational studies of the C-terminal 16-amino-acid-residue fragment of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from streptococcus
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2009, Vol. 91, no. 1, s. 37-51
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 74 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.605
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.474
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    4/213
    AUTORZY: Inta Liepina, Salvador Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Dynamics study on single and multiple β-sheets
    ŹRÓDŁO: Advances in Experimental Medicine and Biology. - 2009, Vol. 611, s. 293-294
    p-ISSN: 0065-2598

    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    UWAGI: Tyt. tomu: Peptides for youth.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.020
    Punktacja MNiSW: 10.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.376
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    DOI:
    5/213
    AUTORZY: Yi He, Yi Xiao, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Exploring the Parameter Space of the Coarse-Grained UNRES Force Field by Random Search: Selecting a Transferable Medium-Resolution Force Field
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2009, Vol. 30, no. 13, s. 2127-2135
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.769
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.817
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermodynamic hypothesis
  • coarse-grained models
  • UNRES force field
  • force-field parameterization

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:


    DOI:
    6/213
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Joanna Makowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus : I. Importance of hydrophobic interactions in stabilization of β-hairpin structure
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2009, Vol. 75, iss. 4, s. 931-953
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.085
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.379
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Adres url:


    DOI:
    7/213
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus : II. Interplay of local backbone conformational dynamics and long-range hydrophobic interactions in hairpin formation
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2009, Vol. 76, iss. 3, s. 637-654
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 93 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.085
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.379
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide
  • structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Adres url:


    DOI:
    8/213
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Agnieszka Lewandowska, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 133
    UWAGI: Bibliogr. 1 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    9/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Potential of mean force of association of large hydrophobic particles : towards the nanoscale limit
    ŹRÓDŁO: W: IV Russian-Ukrainian-Polish Conference on Molecular Interactions, Jastarnia, October 4-9, 2009 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 117-118
    ISBN: 978-83-7531-048-1
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    10/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Sebastian Kalinowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Simulations of protein folding thermodynamics using UNRES physics-based coarse-grained force field with replica exchange molecular dynamics
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 52
    UWAGI: Bibliogr. 4 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    11/213
    AUTORZY: Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Justyna Iwaszkiewicz, Renata Sosnowska, Paulina Czaplewska, Emil Sobolewski, Aneta Szymańska, Krystyna Stachowiak, Adam Liwo.
    TYTUŁ: The role of the Val57 amino-acid residue in the hinge loop of the human cystatin C. Conformational studies of the β2-L1-β3 segments of sild-type human cystatin C and its mutants
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2009, Vol. 91, no. 5, s. 273-383
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 56 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.605
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.474
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • human cystatin C (HCC)
  • hinge loop; β-hairpin
  • circular dichroism (CD)
  • potential of mean force (PMF)
  • molecular dynamics (MD)
  • point mutations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    12/213
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. : I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: Protein Engineering Design & Selection. - 2009, Vol. 22, no. 9, s. 547-552
    p-ISSN: 1741-0126

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.596
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.008
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • hydrophobic interactions
  • molecular dynamics
  • potential of mean force
  • temperature dependence

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science



    DOI:
    13/213
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: β-hairpin-forming peptides; models of early stages of protein folding
    ŹRÓDŁO: Biophysical Chemistry. - 2010, Vol. 151, iss. 1-2, s. 1-9
    p-ISSN: 0301-4622

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.108
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.254
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • β-hairpin-forming peptides
  • protein folding
  • CD spectroscopy
  • IR spectroscopy
  • NMR spectroscopy
  • differential scanning calorimetry

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    14/213
    AUTORZY: Maciej Kozak, Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Combination of SAXS and NMR techniques as a tool for the determination of peptide structure in solution
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry Letters, [dokument elektroniczny]. - 2010, Vol. 1, iss. 20, s. 3128-3131
    TRYB DOSTĘPU: http://pubs.acs.org/doi/pdfplus/10.1021/jz101178t [dostęp 12.09.2013]
    p-ISSN: 1948-7185

    UWAGI: Bibliogr. 23 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    15/213
    AUTORZY: Urszula Kozłowska, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Determination of side-chain-rotamer and side-chain and backbone virtual-bond-stretching potentials of mean force from AM1 energy surfaces of terminally-blocked amino-acid residues, for coarse-grained simulations of protein structure and folding I: the method
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2010, Vol. 31, no. 6, s. 1143-1153
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.050
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.041
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • UNRES force field
  • potentials of mean force
  • quantum mechanics
  • harmonic approximation

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    16/213
    AUTORZY: Urszula Kozłowska, Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Determination of side-chain-rotamer and side-chain and backbone virtual-bond-stretching potentials of mean force from AM1 energy surfaces of terminally-blocked amino-acid residues, for coarse-grained simulations of protein structure and folding II: results, comparison with statistical potentials, and implementation in the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2010, Vol. 31, no. 6, s. 1154-1167
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.050
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.041
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • UNRES force field
  • local-interaction potentials
  • molecular quantum mechanics
  • harmonic approximation

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    17/213
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Evidence, from simulations, of a single state with residual native structure at the thermal denaturation midpoint of a small globular protein
    ŹRÓDŁO: Journal of the American Chemical Society. - 2010, Vol. 132, iss. 27, s. 9444-9452
    p-ISSN: 0002-7863

    UWAGI: Bibliogr. 52 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.023
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.981
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    18/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Hydrophobic interactions and protein folding
    ŹRÓDŁO: W: Thermodynamics of amino acid and protein solutions / eds. Jelena Tsurko, Werner Kunz
    ADRES WYDAWNICZY: Kerala : Transworld Research Network, 2010
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-18
    ISBN: 978-81-7895-473-8
    UWAGI: Bibliogr. 117 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    19/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Dana S. Kleinerman, Philip Blood, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Implementation of molecular dynamics and its extensions with the coarse-grained UNRES force field on massively parallel systems : toward millisecond-scale simulations of protein structure, dynamics, and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2010, Vol. 6, iss. 3, s. 890-909
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 66 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.138
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.945
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    20/213
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Investigation of protein folding by coarse-grained molecular dynamics with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. A. - 2010, Vol. 114, no. 13, s. 4471-4485
    p-ISSN: 1089-5639

    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.732
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.844
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • coarse-grained
  • molecular dynamics
  • UNRES

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    21/213
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus. III. Dynamics of long-range hydrophobic interactions
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2010, Vol. 78, iss. 3, s. 723-737
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 72 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.813
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.181
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    22/213
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin-binding protein G from Streptococcus. IV. Implication for the mechanism of folding of the parent protein
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2010, Vol. 93, no. 5, s. 469-480
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 70 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.572
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • α-helix
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    DOI:
    23/213
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Salvador Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Inta Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics of amylin amyloid single and multiple beta sheets.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2010 : tales of peptides : proceedings of thirty-first European Peptide Symposium, September 5-9, 2010, Copenhagen, Denmark / ed. by Michal Lebl [et al.].
    ADRES WYDAWNICZY: San Diego : European Peptide Society, 2010.
    OPIS FIZYCZNY: S. 570-571.
    ISBN: 0-9715560-5-9
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    24/213
    AUTORZY: D. Lapidus, S. Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, I. Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics of amylin amyloid single β-sheets
    ŹRÓDŁO: W: 12th Naples Workshop on Bioactive Peptides, 2nd Italy-Korea Symposium on Antimicrobial Peptides : Peptides at work : from structure to applications, Naples, June 4-7, 2010 : abstracts and program
    OPIS FIZYCZNY: S. 143
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    25/213
    AUTORZY: Vita Duka, Isabella Bestel, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Inta Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular modeling of single and multiple beta-sheets of amyloid beta protein 25 - 35.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2010 : tales of peptides : proceedings of thirty-first European Peptide Symposium, September 5-9, 2010, Copenhagen, Denmark / ed. by Michal Lebl [et al.].
    ADRES WYDAWNICZY: San Diego : European Peptide Society, 2010.
    OPIS FIZYCZNY: S. 572-573.
    ISBN: 0-9715560-5-9
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    26/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Potential of mean force of association of large hydrophobic particles : toward the nanoscale limit
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2010, Vol. 114, no. 2, s. 993-1003
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 30 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.603
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.425
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    27/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force for the interaction of amino-acid side chains in water. 1. Approximate expression for the free energy of hydrophobic association based on a Gaussian-overlap model : [erratum : Journal of Physical Chemistry B, 2007, vol. 111, iss. 11, s. 2910-2916]
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2010, Vol. 114, no. 2, s. 1226
    p-ISSN: 1520-6106

    Typ publikacji: VAR
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    DOI:
    28/213
    AUTORZY: I. Liepina, A. Zemitis, G. Duburs, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Tubomicella of 1,4-dihydropyridine lipid and its binding with DNA
    ŹRÓDŁO: W: 12th Naples Workshop on Bioactive Peptides, 2nd Italy-Korea Symposium on Antimicrobial Peptides : Peptides at work : from structure to applications, Naples, June 4-7, 2010 : abstracts and program
    OPIS FIZYCZNY: S. 139
    UWAGI: Bibliogr. 1 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    29/213
    AUTORZY: I. Liepina, A. Zemitis, G. Duburs, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Tubomicella of gene transfection agent 1,4-dihydropyridine lipid and its binding with DNA
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2010, Vol. 16, iss. S1, s. 205
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of 31st European Peptide Symposium, September 5-9 2010, Copenhagen
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    30/213
    AUTORZY: Inta Liepina, Ainars Zemitis, Gunars Duburs, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Tubomicelle of gene transfection agent 1,4-dihydropyridine lipid and its binding with DNA.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2010 : tales of peptides : proceedings of thirty-first European Peptide Symposium, September 5-9, 2010, Copenhagen, Denmark / ed. by Michal Lebl [et al.].
    ADRES WYDAWNICZY: San Diego : European Peptide Society, 2010.
    OPIS FIZYCZNY: S. 630-631.
    ISBN: 0-9715560-5-9
    UWAGI: Bibliogr. 6 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    31/213
    AUTORZY: Ana V. Rojas, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: A study of the α-helical intermediate preceding the aggregation of the amino-terminal fragment of the β amyloid peptide (Aβ1-28)
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 44, s. 12978-12983
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloids
  • Aβ peptide
  • UNRES force field
  • molecular dynamics
  • Alzheimer's disease

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    32/213
    AUTORZY: Joanna Makowska, Jacek Jasiecki, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Maciej Kozak, Maria Smużyńska, Katarzyna Ruszczyńska-Bartnik, Daria Biernacka, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Calorimetric and conformational studies of the folding of two mutants of the B-domain of staphylococcal protein A differing in stability.
    ŹRÓDŁO: Acta Biochimica Polonica. - 2011, Vol. 58, suppl. 2, s. 194.
    p-ISSN: 0001-527X

    UWAGI: Abstracts of the 2nd Congress of Biochemistry and Cell Biology : 46th Meeting of the Polish Biochemical Society and 11st Conference of the Polish Cell Biology Society : Kraków, Poland September 5th-9th, 2011.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    33/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Coarse-grained force field: general folding theory
    ŹRÓDŁO: Physical Chemistry Chemical Physics. - 2011, Vol. 13, no. 38, s. 16890-16901
    p-ISSN: 1463-9076

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.573
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.931
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained
  • force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    34/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Coarse-grained models of proteins : theory and applications
    ŹRÓDŁO: W: Multiscale approaches to protein modeling / ed. Andrzej Kolinski
    ADRES WYDAWNICZY: New York [etc.] : Springer, 2011
    OPIS FIZYCZNY: S. 35-83
    ISBN: 978-1-4419-6888-3
    UWAGI: Bibliogr. 278 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Adres url:
    DOI:
    35/213
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harel Weinstein, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: PDZ binding to the BAR domain of PICK1 is elucidated by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2011, Vol. 405, iss. 1, s. 298-314.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.001
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.981
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • PICK1
  • binding
  • hydrophobic interactions
  • UNRES force field
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    36/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Emil Sobolewski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. V. Like-charged side chains
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 19, s. 6119-6129
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 64 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    37/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. VI. Oppositely charged side chains
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 19, s. 6130-6137
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 29 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    38/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: A coarse-grained united residue force field and dynamic fragment assembly method using conformationals space annealing algorithm approach to protein structure prediction.
    ŹRÓDŁO: W: "Chemia dla środowiska i cywilizacji" : 55 Zjazd Polskiego Towarzystwa Chemicznego i Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, Białystok, 16-20 września 2012 : materiały zjazdowe.
    ADRES WYDAWNICZY: Warszawa : Polskie Towarzystwo Chemiczne, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 325.
    ISBN: 978-83-60988-12-1
    UWAGI: Bibliogr. 4 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    39/213
    AUTORZY: Andrey Krokhotin, Adam Liwo, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Coexistence of phases in a protein heterodimer
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2012, Vol. 137, no. 3, art. no. 035101, s. 1-13
    p-ISSN: 0021-9606

    UWAGI: Bibliogr. 85 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.164
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.176
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • diseases
  • entropy
  • free energy
  • molecular biophysics
  • molecular configurations
  • proteins

    Adres url:
    DOI:
    40/213
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, J. A. Vila, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Computation of structure, dynamics, and thermodynamics of proteins
    ŹRÓDŁO: W: Comprehensive biophysics, 1 / ed. Edward H. Egelman
    ADRES WYDAWNICZY: Oxford : Academic Press, 2012
    OPIS FIZYCZNY: S. 494-513
    ISBN: 978-0-12-374920-8
    UWAGI: Bibliogr. 277 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • computing of structure
  • dynamics
  • thermodynamics

    41/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ: Conformational dynamics of the trp-cage miniprotein at its folding temperature
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2012, Vol. 116, no. 23, s. 6898-6907
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.607
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.702
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • trp-cage
  • miniprotein
  • temperature
  • melt
  • conformational
  • long-range
  • long-range interaction
  • conformational dynamic
  • fold
  • interaction
  • n-terminal helix
  • unfold
  • dynamic
  • ROE
  • native

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    42/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Determination of effective potentials for the stretching of Cα...Cα virtual bonds in polypeptide chains for coarse-grained simulations of proteins from ab initio energy surfaces of N-methylacetamide and N-acetylpyrrolidine.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 4, s. 1334-1343.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 45 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • potentials
  • Cα...Cα virtual bonds
  • coarse-grained simulations
  • ab initio

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    43/213
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Rui Zhou, Adam Liwo, Yi Xiao, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Effects of mutation, truncation, and temperature on the folding kinetics of a WW domain.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2012, Vol. 420, iss. 4-5, s. 350-365.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.905
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.888
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • 1E0L mutants
  • folding pathway
  • biphasic folding kinetics
  • subdiffusion
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    44/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Extension of UNRES force field to treat polypeptide chains with D-amino acid residues.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 11, s. 4746-4757.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • coarse grained
  • force field
  • D-amino acid residues
  • polypeptide chains

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    45/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Ulrich H. E. Hansmann.
    TYTUŁ: Folding and self-assembly of a small protein complex.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 9, s. 3416-3422.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • folding pathway
  • protein complex

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    46/213
    AUTORZY: Yanping Yin, Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Hidden protein folding pathways in free-energy landscapes uncovered by network analysis.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 4, s. 1176-1189.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 64 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding pathways

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    47/213
    AUTORZY: Joanna Makowska, Adam Liwo, Lech Chmurzyński, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Influence of the Length of the Alanine Spacer on the Acidic-Basic Properties of the Ac-Lys-(Ala)n-Lys-NH2 Peptides (n = 0, 1, 2, ..., 5).
    ŹRÓDŁO: Journal of Solution Chemistry. - 2012, Vol. 41, iss. 10, s. 1738-1746.
    p-ISSN: 0095-9782

    UWAGI: Bibliogr. 17 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.128
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.289
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • alanine-based peptides
  • potentiometric titration
  • acid-base equilibria

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    48/213
    AUTORZY: Joanna Makowska, Adam Liwo, Wioletta Żmudzińska, Agnieszka Lewandowska, Lech Chmurzyński, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Like-charged residues at the ends of oligoalanine sequences might induce a chain reversal
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2012, Vol. 97, no. 4, s. 240-249
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 55 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.879
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.691
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • alanine-based peptides
  • NMR spectroscopy
  • molecular dynamics
  • conformational studies
  • bent-like structure

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    49/213
    AUTORZY: D. Lapidus, S. Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, I. Liepina.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of amylin 10-29 amyloid formation : parallel, antiparallel and bent structures
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2012, Vol. 18, iss. S1, s. S77
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of the 32nd European Peptide Symposium, 2-7 September 2012, Athens, Greece
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    50/213
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Salvador Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Inta Liepina.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics of amylin 10-29 amyloid formation: parallel, antiparallel and bent structures.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2012 : proceedings of the Thirty-Second European Peptide Symposium, September 2-7, 2012, Athens, Greece / ed. by George Kokotos, Violetta Constantinou-Kokotou, John Matsoukas.
    ADRES WYDAWNICZY: Athens : European Peptide Society, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 214-215.
    ISBN: 978-960-466-121-3
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    51/213
    AUTORZY: D. Lapidus, V. Duka, V. Stonkus, S. Ventura, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, I. Liepina.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of amyloid formation of two Abl-SH3 domain peptides : parallel and antiparallel beta-sheet structures
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2012, Vol. 18, iss. S1, s. S77
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of the 32nd European Peptide Symposium, 2-7 September 2012, Athens, Greece
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    52/213
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Vita Duka, Vladislavs Stonkus, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Salvador Ventura, Inta Liepina.
    TYTUŁ: Multiple β-sheet molecular dynamics of amyloid formation from two ABI-SH3 domain peptides
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2012, Vol. 98, no. 6, s. 557-566
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.879
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.691
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloid
  • amyloid peptides
  • amyloid formation
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    53/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Opitimization of energy-function parameters for the prediction of protein structure by conformational space annealing with the united residues (UNRES) force field and dynamic fragment assembly.
    ŹRÓDŁO: W: "Chemia dla środowiska i cywilizacji" : 55 Zjazd Polskiego Towarzystwa Chemicznego i Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego, Białystok, 16-20 września 2012 : materiały zjazdowe.
    ADRES WYDAWNICZY: Warszawa : Polskie Towarzystwo Chemiczne, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 325.
    ISBN: 978-83-60988-12-1
    UWAGI: Bibliogr. 6 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    54/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Simulation of the opening and closing of Hsp70 chaperones by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 5, s. 1750-1764.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • chaperones
  • Hsp70
  • coarse-grained
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    55/213
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Stanisław Ołdziej, Marta Wiśniewska, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ: Toward temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. II. Molecular dynamics study of pairs of different types of interactions in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2012, Vol. 116, no. 23, s. 6844-6853
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 33 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.607
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.702
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained
  • potentials
  • side-chain interactions
  • protein folding simulations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    56/213
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A simple coarse-grained model of nucleic acids reveals the essential role of mean-field dipole-dipole interactions between nucleic-acid bases in double-helix formation
    NAZWA KONFERENCJI: Fifth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    MIEJSCE: High1 Resort, Korea, 24-26 February 2013
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    57/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
    MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    58/213
    AUTORZY: Adam Liwo.
    TYTUŁ: Coarse graining : a tool for large-scale simulations or more?
    ŹRÓDŁO: Physica Scripta. - 2013, Vol. 87, iss. 5, art. no. 058502
    p-ISSN: 0031-8949

    UWAGI: Bibliogr. 29 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.296
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.186
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    59/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Yi He, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Essential role of mean-field electrostatic interactions in free modeling of protein and nucleic acid structures at coarse-grained level
    NAZWA KONFERENCJI: Protein & RNA Structure Prediction Conference 2013
    MIEJSCE: Playa del Carmen, Mexico, 1-5 December 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Zing Conferences
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    60/213
    AUTORZY: Maciej Baranowski, Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of the physic based side-chain sidechain potential in coarse-grained UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    61/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Improvement of the treatment of loop structures in the UNRES force field by inclusion of coupling between backbone- and side-chain-local conformational states
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 10, s. 4620-4632
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 76 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    62/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Influence of sequence changes on thermal unfolding machanism of the Trp-cage miniprotein
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 82
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    63/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Influence of sequence changes on thermal unfolding machanism of the Trp-cage miniprotein
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    64/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Insight into the domain dynamics of the Hsp70 and Hsp104 chaperones via molecular dynamic simulation
    NAZWA KONFERENCJI: EMBO Conference The biology of molecular chaperones: from molecules, organelles and cells to misfolding diseases
    MIEJSCE: Santa Margherita di Pula, Italy, 17-22 May 2013
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    65/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new Ca... Ca...Ca virtual valence angle potentials to treat D and L amino acid residues into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    66/213
    AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.727
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    67/213
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Patrick Senet, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Local vs global motions in protein folding
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 7, s. 2907-2921
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • unres force-field
  • β-hairpin formation
  • free-energy landscape
  • united-residue model
  • WW domain FBP28
  • molecular-dynamics
  • polypeptide-chains
  • structure simulations
  • hierarchical design
  • biphasic kinetics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    68/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Mean field dipole-dipole interactions as essential factors in the formation of biomolecular architectures
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    69/213
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Mean-field interactions between nucleic-acid-base dipoles can drive the formation of a double helix
    ŹRÓDŁO: Physical Review Letters. - 2013, Vol. 110, iss. 9, art. no. 098101, s. 1-5
    p-ISSN: 0031-9007

    UWAGI: Bibliogr. 26 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.728
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 7.411
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    DOI:
    70/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics and replica exchange simulations of protein folding with dynamic fragment assembly and UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    71/213
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of the Hsp70 chaperone's Nucleotide Binding Domain: understanding nucleotide binding and structure-function relationships
    NAZWA KONFERENCJI: 245th American Chemical Society National Meeting & Exposition Chemistry of Energy & Food
    MIEJSCE: New Orleans, LA (USA), 7-11 April 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: American Chemical Society (ACS)
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    72/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Optimization of dynamic fragment assembly for protein structure prediction with conformational space annealing and UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    73/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction using UNRES force field with Conformational Space Annealing and Dynamic Fragment Assembly
    NAZWA KONFERENCJI: Fifth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    MIEJSCE: High1 Resort, Korea, 24-26 February 2013
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    74/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Ewa Mulkiewicz, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Structure and dynamics of hPinW34F protein near its folding temperature
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 83
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    75/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Ewa Mulkiewicz, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structure and dynamics of hPinW34F protein near its folding temperature
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    76/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Symulacje zawężania przestrzeni konformacyjnej (CSA) dla białek zawierających D i L aminokwasy w polu siłowym UNRES
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
    MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    77/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The Hsp70 chaperone's nucleotide-binding domain: protein dynamics by molecular dynamics simulation
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
    MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: ENG
    78/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The protein dynamics of the Hsp70 nucleotide-binding domain: nucleotide binding and structure-function relationships
    NAZWA KONFERENCJI: 27th Annual Symposium of the Protein Society
    MIEJSCE: Boston, MA (USA), 20-23 July 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: The Protein Society
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    79/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Thermal unfolding of trp-cage miprotein variants: NMR and SAXS study
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    80/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Juyoung Lee, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Wprowadzenie metody dynamicznego składania fragmentów (DFA) do symulacji dynamiki molekularnej (MD) dla białek z wykorzystaniem pola siłowego UNRES
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Wpływ Młodych Naukowców na Osiągnięcia Polskiej Nauki, IV Edycja
    MIEJSCE: Gdańsk, 12 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    81/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    82/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    83/213
    AUTORZY: Khatuna Kachlishvili, Gia G. Maisuradze, Osvaldo A. Martin, Adam Liwo, Jorge A. Vila, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Accounting for a mirror-image conformation as a subtle effect in protein folding
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014, Vol. 111, no. 23, s. 8458-8463
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 37 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.674
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • misfolding
  • symmetrical proteins

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    84/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of knowledge-based modeling in coarse-grained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    85/213
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of UNRES force field to coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    86/213
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima using the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    87/213
    TYTUŁ: Computational methods to study the structure and dynamics of biomolecules and biomolecular processes : from bioinformatics to molecular quantum mechanics / ed. Adam Liwo
    ADRES WYDAWNICZY: Heidelberg [etc.] : Springer, 2014
    OPIS FIZYCZNY: XIII, 810 s., il., 24 cm
    SERIA: Springer Series in Bio-/Neuroinformatics, 2193-9349, vol. 1
    ISBN: 978-3-642-28553-0
    ISBN: 978-3-642-28554-7 (eBook)
    UWAGI: Bibliogr. przy rozdz. Indeks
    Typ publikacji: ZEK
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    DOI:
    88/213
    AUTORZY: Maciej Maciejczyk, Aleksandar Spasic, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: DNA duplex formation with a coarse-grained model
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2014, Vol. 10, iss. 11, s. 5020-5035
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.498
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.760
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    89/213
    AUTORZY: Rui Zhou, Gia G. Maisuradze, David Suñol, Toni Todorovski, Maria J. Macias, Yi Xiao, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Folding kinetics of WW domains with the united residue force field for bridging microscopic motions and experimental measurements
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014, Vol. 111, no. 51, s. 18243-18248
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 41 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.674
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • FBP28 WW domain
  • nonnatural variants
  • folding rates
  • free-energy landscapes
  • millisecond-timescale canonical MD simulations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    90/213
    AUTORZY: Adam Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of periodic boundary condition with the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    91/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Influence of sequence changes on thermal unfolding mechanism of the Trp-cage miniprotein
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    92/213
    AUTORZY: Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Bakhtiyor Rasulev, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Interaction between nanotubes and Toll-like receptors
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    93/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new physics-based potentials coupling between backbone- and side-chain-local conformational states into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    94/213
    AUTORZY: Andrey Krokhotin, Adam Liwo, Gia G. Maisuradze, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Kinks, loops, and protein folding, with protein A as an example
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2014, Vol. 140, no. 2, art. no. 025101, s. 1-17
    p-ISSN: 0021-9606

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.952
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.017
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    95/213
    AUTORZY: Józef Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Yi He, Paweł Krupa, Cezary R. Czaplewski, Andrey Krokhotin, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Origin of the architecture of biological macromolecules : a mean-field perspective
    NAZWA KONFERENCJI: Biophysical Society 58th Annual Meeting Bridging the sciences to explore biology
    MIEJSCE: San Francisco, CA (USA), 15-19 February 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    96/213
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    97/213
    AUTORZY: Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure by template-based modeling combined with UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    98/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bakhtiyor Rasulev, Adam Liwo, Jerzy Leszczynski.
    TYTUŁ: Preliminary studies of interaction between nanotubes and toll-like receptors
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 351-355
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 7 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • CNTs
  • toll-like receptors
  • molecular dynamics

    99/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    100/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    101/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    102/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Revised backbone-virtual-bond-angle potentials to treat the L- and D-amino acid residues in the coarse-grained united residue (UNRES) force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2014, Vol. 10, iss. 5, s. 2194-2203
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 53 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.498
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.760
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    103/213
    AUTORZY: Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Leslie Glasser, Ewa Gołaś.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Stretching Alpha A-crystallin : mechanical insight by Steered Molecular Dynamics. The effect of L to D isomerization on mechanical strength and stability
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    104/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Leslie Glasser, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structural insight through mechanical stretching : steered molecular dynamics simulations of a small heat shock protein
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    105/213
    TYTUŁ [CZASOPISMA, SERII]: TASK Quarterly nr 4 / iss. ed. Adam Liwo
    ISSN: 1428-6394
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : ACC TASK, 2014
    OPIS FIZYCZNY: 388, [6] s., 24 cm
    Typ publikacji: PEK
    Język publikacji: ENG
    106/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Temperature influence on structure of small proteins - NMR study
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    107/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of maximum likelihood method for calibration of the coarse-grained UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    108/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Y. He, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, S. Ovchinnikov, D. Baker, Adam Liwo, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of residue-residue contact prediction with the GREMLIN method and the UNRES force field in protein-structure prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    109/213
    AUTORZY: George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Paweł Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popović, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli, Foldit Players.
    TYTUŁ: WeFold: a coopetition for protein structure prediction
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2014, Vol. 82, iss. 9, s. 1850-1868
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.627
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.110
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coopetition
  • protein structure prediction
  • CASP
  • structure refinement
  • Foldit

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    110/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, S. R. Seidman, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A coarse-grained simulation study of the effect of hydrodynamic interactions on protein folding
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
    MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    111/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Agnieszka Karczyńska, Christian Omieczynski, Tomasz Wirecki, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 9, s. 2050-2070
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 91 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    112/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field training for protein structure prediction and folding simulations
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    113/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Antti Niemi, Xubiao Peng, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: A novel coarse-grained description of protein structure and folding by UNRES force field and discrete nonlinear Schrödinger equation
    ŹRÓDŁO: W: Frontiers in Computational Chemistry, vol. 1 / ed. by Zaheer-ul-Haq & J. D. Madura
    ADRES WYDAWNICZY: [S.l.] : Bentham Science Publishers, 2015
    OPIS FIZYCZNY: S. 257-289
    ISBN: 978-1-60805-865-5
    ISBN: 978-1-60805-864-8 (e-ISBN)
    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • force-field
  • Davydov soliton
  • dark soliton
  • molecular dynamics
  • energy landscape
  • Landau Hamiltonian
  • gauge inverse
  • physics-based
  • cumulant-cluster expansion
  • mean-force potentials
  • loop structures
  • wave-analysis physics
  • protein flexibility
  • kink formation
  • kink disappearance
  • kink movement
  • folding pathways
  • local interactions

    DOI:
    114/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary R. Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A novel method for force-field calibration based on maximum-likelihood approach and thermal unfolding data
    NAZWA KONFERENCJI: 59th Annual Meeting of the Biophysical Society Bridging the sciences : computation and experiment
    MIEJSCE: Baltimore, MD (USA), 7-11 February 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    115/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to derive analytical expressions for the effective energy terms in coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 3rd International Conference on Protein and RNA Structure Prediction
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 14-18 December 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    116/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to the derivation of analytical potentials in physics-based coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 40th National Conference on Theoretical Physics & 3rd International Workshop on Theoretical and Computational Physics
    MIEJSCE: Da Lat, Vietnam, 27-30 July 2015
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    117/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Yanping Yin, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Advances in UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    118/213
    AUTORZY: Marta Wiśniewska, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of O-phosphorylated and hydrophobic amino-acid side chains in water
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    119/213
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Felipe Pineda, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Assesment of the resolution of the UNRES force field with Gaussian- or Lorentzian-type structure-based restraints
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    120/213
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Assessment of the resolution of the UNRES force field with structure-based restraints
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    121/213
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Common functionally important motions of the nucleotide-binding domain of Hsp70
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 2, s. 282-299
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular chaperones
  • molecular dynamics
  • principal component analysis

    Adres url:
    DOI:
    122/213
    AUTORZY: Maciej Maciejczyk, Aleksandar Spasic, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: DNA-duplex formation with dipolar-bead coarse-grained model
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
    MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    123/213
    AUTORZY: Yi He, H. A. Scheraga, Yanping Yin, S. Rackovsky, Adam Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Mariusz Makowski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hidden correlations between the sequences and the folding mechanisms of medium-sized α/β proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    124/213
    AUTORZY: Adam Sieradzan, Nevena Litova, Adam Liwo, Antti Niemi.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: How do loops form in proteins? A key to protein folding?
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    125/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Adam K. Sieradzan, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hydrodynamic interactions in coarse-grained simulations of protein folding
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    126/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of hydrodynamic interactions in molecular dynamics simulations with the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    127/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Andrei Niadzvedtski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Investigation of proteins with sulfur to α-carbon bonds with the example of Thurincin H using UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    128/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Maximum-likelihood calibration of force fields
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    129/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Molecular modeling of the binding modes of the iron-sulfur protein to the Jac1 co-chaperone from Saccharomyces cerevisiae by all-atom and coarse-grained approaches
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 8, s. 1414-1426
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • iron-sulfur cluster biogenesis
  • iron-sulfur protein 1
  • J-protein
  • Isu1-Jac1 interactions
  • UNited RESidue (UNRES) force field
  • homology modeling

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    130/213
    AUTORZY: Janusz Młodzianowski, Bogusław Pilarski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Możliwości wykorzystania programu CerkoLab-EQSOL w nauczaniu chemii
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: POL
    Adres url:
    131/213
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Optimization of a Nucleic Acids united-RESidue 2-Point model (NARES-2P) with a maximum-likelihood approach
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2015, Vol. 143, no. 24, art. no. 243111, s. 1-8
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.894
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.950
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    132/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of UNRES aided by knowledge-based information in CASP11
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    133/213
    AUTORZY: Yanping Yin, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for coarse-grained modeling of protein- DNA interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 4, s. 1792-1808
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    134/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the United Residue (UNRES) force field for protein simulations
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 2, s. 817-831
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 80 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    135/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Poszukiwania analitycznych wyrażeń opisujących oddziaływania O-fosforylowanych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych z aminokwasami
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: POL
    Adres url:
    136/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure by template-based modeling combined with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 6, s. 1271-1281
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    137/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Preliminary test of physics-based UNRES force field performance in domain packing and protein docking
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    138/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Side chain - side chain interaction potentials
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    139/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2015, Vol. 21, no. 3, art. no. 64, s. 1-11
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: 6th Conference on Modeling and Design of Molecular Materials
    Organizator konferencji: MDMM 2014
    Miejsce konferencji: Kudowa Zdrój
    Kraj: PL
    Od dnia: 2014.06.29
    Do dnia: 2014.07.03
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.438
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.508
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-binding protein
  • domain motion
  • molecular dynamics
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    140/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Template-based modeling combined with the coarse-grained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    141/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Jarosław Marszałek.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The ClpB disaggregase : molecular dynamics simulation of a remodelling machine
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    142/213
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The influence of parameters controlling thermostats on the folding of proteins using UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    143/213
    AUTORZY: Marta Wiśniewska, Emil Sobolewski, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ: Theoretical studies of interactions between O-phosphorylated and standard amino-acid side-chain models in water
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2015, Vol. 119, no. 27, s. 8526-8534
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 54 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.187
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.265
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    144/213
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Paweł Krupa, Tomasz K. Wirecki, Przemysław M. Jurczak, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Theoretical study of the impact caused by small-sized wurtzite-type zinc oxide nanoparticles on selected macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
    MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    145/213
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Thermal unfolding of miniproteins : an NMR study
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    146/213
    AUTORZY: Dawid Jagieła, Krzysztof Smalara, Adam Sieradzan, Emilia Lubecka, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: UNRESPACK : a package for coarse-grained simulations of proteins : development and implementation
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    147/213
    AUTORZY: Felipe Pineda, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of information from template-based modeling in the prediction of protein structure with the UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    148/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to derive analytical expressions in coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society
    MIEJSCE: Los Angeles, USA, 27 February - 2 March 2016
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    149/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Chemoinformatics methods for studying biomolecules
    ŹRÓDŁO: W: Handbook of computational chemistry / Jerzy Leszczyński ed.
    ADRES WYDAWNICZY: Dordrecht : Springer Netherlands, 2016
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-17
    ISBN: 978-94-007-6169-8 (online)
    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    DOI:
    150/213
    AUTORZY: Y. He, Adam Liwo, S. Rackovsky, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Correlations of the structure - dynamics - function of structurally homologous CheY-like proteins
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    151/213
    AUTORZY: Robert Ganzynkowicz, Maciej Maciejczyk, Artur Giełdoń, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Determination of backbone-local potentials for the coarse-grained NARES-2P model of nucleic acids
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    152/213
    AUTORZY: Wioletta Żmudzińska, Anna Hałabis, Aleksandra Lewandowska, Maciej Baranowski, Marcel Thiel, Agnieszka Lewandowska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Foldons, protein folding nucleation sites
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    153/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Bartosz Gryta, Michał Głuski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: How do the local and long-range interactions encode the three-dimensional structures of biological macromolecules: a coarse-grained perspective
    NAZWA KONFERENCJI: 6th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 19-21 June 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    154/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam Liwo, Harold Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Mechanism of Fe/S cluster transfer
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    155/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2016, Vol. 144, no. 18, art. no. 184110, s. 1-11
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 79 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.965
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.907
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    156/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University of Gdańsk ; KIAS
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    157/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ: New unres force field package with Fortran 90
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2016, Vol. 20, nr 4, s. 399-407
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 39 poz.
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • coarse-grained model
  • Fortran 90
  • modeling of protein structures

    Adres url:
    DOI:
    158/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: New UNRES package with Fortran 90
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    159/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    160/213
    AUTORZY: Robert Ganzynkowicz, Angelika Głębocka, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Potencjał oddziaływań pomiędzy O-fosforylowaną tyrozyną a modelami polarnych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie
    NAZWA KONFERENCJI: 59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego
    MIEJSCE: Poznań, 19-23 września 2016
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: ENG
    161/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Angelika Głębocka, Robert Ganzynkowicz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Potencjał opisujący oddziaływania pomiędzy O-fosforylowannymi aminokwasami z modelami hydrofobowych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie
    NAZWA KONFERENCJI: 59 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego
    MIEJSCE: Poznań, 19-23 września 2016
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    162/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Potential of Mean Force surfaces of model glucosyl disaccharide systems
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    163/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, M. D. Wiśniewska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, S. Ovchinnikov, D. Baker, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by contact- and secondary-structure prediction derived from evolutionarily related proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    164/213
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, P. Krupa, M. A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, C. Kieslich, M. Onel, U. Shah, Y. He, Y. Yin, Łukasz Golon, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, C. A. Floudas, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by secondary-structure and contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    165/213
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    166/213
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Retrieving the kinetic information from MREMD and MREHMC simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    167/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Sieradzan, Adam Liwo, Harold Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Role of disulfide bonds on folding and structures of proteins
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    168/213
    AUTORZY: Robert Ganzynkowicz, Angelika Głębocka, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Simple analytical formulas for the potentials of mean force of interactions between O-phosphorylated and hydrphobic amino-acid side-chain models in water
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University of Gdańsk ; KIAS
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    169/213
    AUTORZY: Angelika Głębocka, Paulina Mech, Małgorzata Bogunia, Małgorzata Ogryzek, Agnieszka Chylewska, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. Polar-polar/hydrophobic side-chains
    NAZWA KONFERENCJI: Central European School on Physical Organic Chemistry Movement in Chemistry
    MIEJSCE: Przesieka, Poland, 6-10 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Faculty of Chemistry, University of Wroclaw ; Section of Physical Organic Chemistry of the Polish Chemical Society
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    170/213
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Artur Giełdoń, Paweł Krupa, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The all-atom refinement of protein structures generated with the coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling & Design of Molecular Materials 2016
    MIEJSCE: Trzebnica, Poland, 26-30 June 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    171/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The unified coarse-grained model for large-scale simulations of biological macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: 16th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 22-24 September 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    172/213
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Felipe Pineda, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of Lorentzian and Gaussian restraint functions in molecular dynamics simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    173/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of restraints from consensus fragments of multiple server models to enhance protein-structure prediction capability of the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2016, Vol. 56, iss. 11, s. 2263-2279
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.760
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.066
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    174/213
    AUTORZY: P. Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Robert Ganzynkowicz, M. D. Wiśniewska, M. A. Mozolewska, Michał Głuski, Łukasz Golon, Y. He, Adam K. Sieradzan, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    175/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Mariusz Makowski, Antoni Augustynowicz, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. I. Backbone potentials of coarse-grained polypeptide chains
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Physics. - 2017, Vol. 146, iss. 12, art. no. 124106, s. 1-28
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 52 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.843
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.743
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    176/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. II. Backbone-local potentials of coarse-grained O1 -> 4 -bonded polyglucose chains
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Physics. - 2017, Vol. 147, iss. 11, art. no. 115101, s. 1-13
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.843
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.743
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Medline
  • Web of Science

    DOI:
    177/213
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Mateusz Pikora, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of the Markov State Model in the studying of the protein folding pathways
    NAZWA KONFERENCJI: Third Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Korea, 5-9 February 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Markov State Model
  • protein folding
  • replica exchange molecular dynamics

    178/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Chemoinformatics methods for studying biomolecules
    ŹRÓDŁO: W: Handbook of computational chemistry / Jerzy Leszczynski, ed. ; Anna Kaczmarek-Kedziera, Tomasz Puzyn, Manthos G. Papadopoulos, Heribert Reis, Manoj K. Shukla, co-eds
    OZNACZENIE WYDANIA: Second edition
    ADRES WYDAWNICZY: Cham : Springer, 2017
    OPIS FIZYCZNY: S. 2183-2199
    ISBN: 978-3-319-27281-8
    ISBN: 978-3-319-27282-5 (eBook)
    ISBN: 978-3-319-28572-6
    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    DOI:
    179/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Determination of the potentials of mean force for rotation about the O ˇ ˇ ˇ O virtual bonds in O(1->3)-bonded polyglucose chains
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 37
    UWAGI: Bibliogr. 6 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • SUGRES-1P force field
  • coarse-grained model
  • 1-3-glucosyl polysaccharides
  • potentials of mean force
  • molecular dynamics

    Adres url:
    180/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Magdalena A. Mozolewska, Huiyu Li, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Dynamics of disulfide-bond disruption and formation in the thermal unfolding of ribonuclease A
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2017, Vol. 13, iss. 11, s. 5721-5730
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.399
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.793
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • bovine pancreatic ribonuclease
  • unres force-field
  • local conformational states
  • united-residue model
  • molecular-dynamics
  • replica-exchange
  • temperature-dependence
  • proline isomerization
  • polypeptide-chains
  • denatured states

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    181/213
    AUTORZY: Krzysztof [chemia] Bojarski, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Effect of restraint type and strength on the quality of protein models obtained with homology-restrained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Conference Coarse graining of biomolecules and beyond: theory and applications
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 7 October 2017
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    182/213
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian Replica Exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2017, Vol. 38, no. 31, s. 2730-2746
    p-ISSN: 0192-8651
    e-ISSN: 1096-987X

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • template-based modeling
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics
  • ergodicity

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    183/213
    AUTORZY: Travis Johnston, Boyu Zhang, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Michela Taufer.
    TYTUŁ: In situ data analytics and indexing of protein trajectories
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2017, Vol. 38, no. 16, s. 1419-1430
    p-ISSN: 0192-8651
    e-ISSN: 1096-987X

    UWAGI: Bibliogr. 35 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • exascale computing
  • high-performance computing
  • protein trajectories
  • conformational metadata
  • eigenvalues

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    184/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Maximum likelihood calibration of the UNRES force field for simulation of protein structure and dynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2017, Vol. 57, iss. 9, s. 2364-2377
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 86 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.804
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.111
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    185/213
    AUTORZY: Robert Ganzynkowicz, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Oddziaływania pomiędzy O-fosforylowanymi aminokwasami a modelami łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych w wodzie - studia teoretyczne
    NAZWA KONFERENCJI: 60 Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego
    MIEJSCE: Wrocław, 17-21 września 2017
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: POL
    186/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Artur Giełdoń, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Jooyoung Lee, Keehyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by restraints from consensus fragments of multiple server models
    NAZWA KONFERENCJI: Third Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Korea, 5-9 February 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    187/213
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein-protein docking with the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Conference Coarse graining of biomolecules and beyond: theory and applications
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 7 October 2017
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    188/213
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Paweł Krupa.
    TYTUŁ: Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2017, Vol. 35, iss. 13, s. 2868-2879
    p-ISSN: 0739-1102
    e-ISSN: 1538-0254

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.107
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.443
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermal stability
  • molecular dynamics simulations
  • UNRES force field
  • sactipeptide

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    DOI:
    189/213
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino acid side chains in water. VII. Charged-hydrophobic/polar and polar-hydrophobic/polar side chains
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2017, Vol. 121, no. 2, s. 379-390
    p-ISSN: 1520-6106
    e-ISSN: 1520-5207

    UWAGI: Bibliogr. 55 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.146
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.101
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular-dynamics simulations
  • coarse-grained potentials
  • ambient aqueous-solution
  • site model approach
  • theoretical calculations
  • equilibrium-constants
  • protein structuress
  • simple ions
  • ab-initio
  • temperature

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    190/213
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Emilia Lubecka, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Łukasz Golon, Bartłomiej Zaborowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: UNRES, NARES, and SUGRES Coarse-Grained Models - an introduction
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 36
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained models
  • UNRES
  • NARES
  • SUGRES

    191/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Yanping Yin, Yi He, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A new protein nucleic-acid coarse-grained force field based on the UNRES and NARES-2P force fields
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2018, Vol. 39, no. 28, s. 2360-2370
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    192/213
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    193/213
    AUTORZY: Karolina Zięba, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Computer simulations of hydrophobic effect on an example Xe atoms and water model: SPC/E, TIP3P and TIP4P-2005
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    194/213
    AUTORZY: Emilia Lubecka, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Adam Liwo.
    TYTUŁ: High performance computing with coarse grained model of biological macromolecules
    ŹRÓDŁO: Supercomputing Frontiers and Innovations. - 2018, Vol. 5, iss. 2, s. 63-75
    p-ISSN: 2409-6008
    e-ISSN: 2313-8734

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Unified Coarse Grained Model
  • UNRES force field
  • molecular dynamics simulations
  • fine-grained parallelization
  • coarse-grained parallelization

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    195/213
    AUTORZY: Magdalena Joanna Grzeszczuk, Aleksandra Bąk, Anna Marta Banaś, Paweł Urbanowicz, Stanisław Dunin-Horkawicz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Elżbieta K. Jagusztyn-Krynicka.
    TYTUŁ: Impact of selected amino acids of HP0377 (Helicobacter pylori thiol oxidoreductase) on its functioning as a CcmG (cytochrome c maturation) protein and Dsb (disulfide bond) isomerase
    ŹRÓDŁO: PLoS One, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 13, iss. 4, art. no. e0195358, s. 1-27
    TRYB DOSTĘPU: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0195358 [dostęp 17.12.2018]
    e-ISSN: 1932-6203

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.766
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.352
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    196/213
    AUTORZY: Łukasz Golon, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of nucleoside-cation interactions in UNRES 4
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    197/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Initial protocol for protein-protein docking by MREMD simulations with the coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    198/213
    AUTORZY: Sylvain D. Vallet, Adriana E. Miele, Urszula Uciechowska-Kaczmarzyk, Adam Liwo, Bertrand Duclos, Sergey A. Samsonov, Sylvie Ricard-Blum.
    TYTUŁ: Insights into the structure and dynamics of lysyl oxidase propeptide, a flexible protein with numerous partners
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 11768, s. 1-16
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-30190-6.pdf [dostęp 31.08.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 84 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    199/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of implicit solvent mimicking lipids into United Residue force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    200/213
    AUTORZY: Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Physics-based scale- and geometry-consistent coarse-grained potentials
    NAZWA KONFERENCJI: 26th Conference on Current Trends in Computational Chemistry (2018 CCTCC)
    MIEJSCE: Jackson, MS (USA), 9-10 November 2018
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    201/213
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Łukasz Golon, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Prediction of DNA and RNA structure with the NARES-2P force field and conformational space annealing
    ŹRÓDŁO: Physical Chemistry Chemical Physics. - 2018, Vol. 20, no. 29, s. 19656-19663
    p-ISSN: 1463-9076

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.906
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.224
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    202/213
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioinformatics. - 2018, Vol. 86, spec. iss. S1, s. 228-239
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.274
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.328
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained force fields
  • maximum likelihood principle
  • molecular dynamics
  • protein structure prediction
  • small-angle X-ray scattering

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    203/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, I. Anishchanka, D. Kim, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the improve UNRES force field aided by contact prediction derived from evolutionarily related proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    204/213
    AUTORZY: Gergely Kohut, Adam Liwo, Szilvia Bøsze, Tamás Beke-Somfai, Sergey A. Samsonov.
    TYTUŁ: Protein-ligand interaction energy-based entropy calculations: fundamental challenges for flexible systems
    ŹRÓDŁO: Journal of Physical Chemistry. B. - 2018, Vol. 122, iss. 32, s. 7821-7827
    p-ISSN: 1520-6106
    e-ISSN: 1520-5207

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.146
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.101
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    205/213
    AUTORZY: Paweł Krupa, Agnieszka Karczyńska, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein-protein docking by MREMD simulations with the coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Integrative Modeling of Biomolecular Interactions: EMBO Practical course
    MIEJSCE: Barcelona, Spain, 2-6 July 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    206/213
    AUTORZY: Eshel Faraggi, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam Liwo, Andrzej Kloczkowski.
    TYTUŁ: Reoptimized UNRES potential for protein model quality assessment
    ŹRÓDŁO: Genes. - 2018, Vol. 9, no. 12, art. no. 601, s. 1-17
    p-ISSN: 2073-4425

    UWAGI: Bibliogr. 61 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.191
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.286
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    207/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Replica exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins with distance restraints
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    208/213
    AUTORZY: Karolina Zięba, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Symulacje komputerowe efektów hydrofobowych w wodzie na przykładzie atomów Xe i modeli wody SPC/E, TIP4P-2005
    ŹRÓDŁO: W: Nauka i przemysł : lubelskie spotkania studenckie / praca zbiorowa pod red. Doroty Kołodyńskiej
    ADRES WYDAWNICZY: Lublin : Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej. Wydział Chemii, 2018
    OPIS FIZYCZNY: S. 178-181
    ISBN: 978-83-945225-5-1
    Typ publikacji: PMR
    Język publikacji: POL
    209/213
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ: UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Nucleic Acids Research. - 2018, Vol. 46, no. W1, s. W304-W309
    p-ISSN: 0305-1048
    e-ISSN: 1362-4962

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 11.561
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.235
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • molecular simulations
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    210/213
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Use of coarse-grained and all-atom molecular dynamics to study Hsp70 and Hsp40 chaperone action
    ŹRÓDŁO: W: Role of molecular chaperones in structural folding, biological functions, and drug interactions of client proteins / ed. by Mario D. Galigniana
    ADRES WYDAWNICZY: Sharjah : Bentham Science Publishers, 2018
    SERIA: Frontiers in Structural Biology, 2589-4366, 1
    OPIS FIZYCZNY: S. 23-46
    ISBN: 978-1-68108-616-3
    UWAGI: Bibliogr.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    211/213
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Agnieszka S. Karczyńska, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of improved UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free and data-assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    212/213
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Zięba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of the coarse grained UNRES force field in template assisted and data assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    213/213
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 83, s. 92-99
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein structure prediction
  • UNRES force field
  • knowledge-based methods
  • template-based restraints
  • replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego