logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: MOZOLEWSKA MAGDALENA A
Liczba odnalezionych rekordów: 48



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/48
AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
Typ publikacji: ZXK
Język publikacji: ENG
2/48
AUTORZY: Magdalena Mozolewska.
TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Dokowanie molekularne
ŹRÓDŁO: W: Nowe trendy w naukach przyrodniczych 4 : Creative Science - Monografia 2013, t. 1 / pod red.: Marcin Kuczera
ADRES WYDAWNICZY: Kraków : CreativeTime, 2013
OPIS FIZYCZNY: S. 125-133
ISBN: 978-83-63058-31-9
UWAGI: Bibliogr. 18 poz.
Typ publikacji: PMR
Język publikacji: POL
3/48
AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
p-ISSN: 0027-8424

UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
Punktacja MNiSW: 45.000
5-letni Impact Factor ISI: 10.727
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    4/48
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    5/48
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of knowledge-based modeling in coarse-grained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    6/48
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of UNRES force field to coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    7/48
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima using the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    8/48
    AUTORZY: Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Bakhtiyor Rasulev, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Interaction between nanotubes and Toll-like receptors
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    9/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Bakhtiyor Rasulev, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Nanotoxicity - interaction of gold nanoparticles with proteins and DNA
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    10/48
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    11/48
    AUTORZY: Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure by template-based modeling combined with UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    12/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bakhtiyor Rasulev, Adam Liwo, Jerzy Leszczynski.
    TYTUŁ: Preliminary studies of interaction between nanotubes and toll-like receptors
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 351-355
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 7 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • CNTs
  • toll-like receptors
  • molecular dynamics

    13/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    14/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    15/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    16/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Bakhtiyor Rasulev, Cezary Czaplewski, Jerzy Leszczynski.
    TYTUŁ: Towards mechanisms of nanotoxicity - interaction of gold nanoparticles with proteins and DNA
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 337-341
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • gold nanoparticles
  • proteins
  • DNA
  • molecular dynamics

    17/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Y. He, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, S. Ovchinnikov, D. Baker, Adam Liwo, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of residue-residue contact prediction with the GREMLIN method and the UNRES force field in protein-structure prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    18/48
    AUTORZY: George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Paweł Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popović, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli, Foldit Players.
    TYTUŁ: WeFold: a coopetition for protein structure prediction
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2014, Vol. 82, iss. 9, s. 1850-1868
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.627
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.110
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coopetition
  • protein structure prediction
  • CASP
  • structure refinement
  • Foldit

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    19/48
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Assessment of the resolution of the UNRES force field with structure-based restraints
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    20/48
    AUTORZY: Yi He, H. A. Scheraga, Yanping Yin, S. Rackovsky, Adam Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Mariusz Makowski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hidden correlations between the sequences and the folding mechanisms of medium-sized α/β proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    21/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Influence of disulfide bonds on protein folding and stability
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    22/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Andrei Niadzvedtski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Investigation of proteins with sulfur to α-carbon bonds with the example of Thurincin H using UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    23/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Molecular modeling of the binding modes of the iron-sulfur protein to the Jac1 co-chaperone from Saccharomyces cerevisiae by all-atom and coarse-grained approaches
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 8, s. 1414-1426
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • iron-sulfur cluster biogenesis
  • iron-sulfur protein 1
  • J-protein
  • Isu1-Jac1 interactions
  • UNited RESidue (UNRES) force field
  • homology modeling

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    24/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of UNRES aided by knowledge-based information in CASP11
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    25/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure by template-based modeling combined with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 6, s. 1271-1281
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    26/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Preliminary test of physics-based UNRES force field performance in domain packing and protein docking
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    27/48
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Jordi Medina, Khatuna Kachlishvili, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Pau Martin-Malpartida, Luka Maisuradze, Maria J. Macias, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Preventing fibril formation of a protein by selective mutation
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2015, Vol. 112, no. 44, s. 13549-13554
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 41 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.423
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.285
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • fibril formation
  • selective mutation
  • FBP28 WW domain
  • millisecond-timescale MD simulations
  • high-resolution NMR spectroscopy

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    28/48
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2015, Vol. 21, no. 3, art. no. 64, s. 1-11
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: 6th Conference on Modeling and Design of Molecular Materials
    Organizator konferencji: MDMM 2014
    Miejsce konferencji: Kudowa Zdrój
    Kraj: PL
    Od dnia: 2014.06.29
    Do dnia: 2014.07.03
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.438
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.508
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-binding protein
  • domain motion
  • molecular dynamics
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    29/48
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Bartłomiej Zaborowski, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Template-based modeling combined with the coarse-grained UNRES simulations
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    30/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam Liwo, Harold Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Mechanism of Fe/S cluster transfer
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    31/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    32/48
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, M. D. Wiśniewska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, S. Ovchinnikov, D. Baker, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by contact- and secondary-structure prediction derived from evolutionarily related proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    33/48
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    34/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Sieradzan, Adam Liwo, Harold Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Role of disulfide bonds on folding and structures of proteins
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    35/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of restraints from consensus fragments of multiple server models to enhance protein-structure prediction capability of the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2016, Vol. 56, iss. 11, s. 2263-2279
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.760
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.066
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    36/48
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Magdalena A. Mozolewska, Huiyu Li, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Dynamics of disulfide-bond disruption and formation in the thermal unfolding of ribonuclease A
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2017, Vol. 13, iss. 11, s. 5721-5730
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.399
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.793
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • bovine pancreatic ribonuclease
  • unres force-field
  • local conformational states
  • united-residue model
  • molecular-dynamics
  • replica-exchange
  • temperature-dependence
  • proline isomerization
  • polypeptide-chains
  • denatured states

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    37/48
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian Replica Exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2017, Vol. 38, no. 31, s. 2730-2746
    p-ISSN: 0192-8651
    e-ISSN: 1096-987X

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • template-based modeling
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics
  • ergodicity

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    38/48
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Artur Giełdoń, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Jooyoung Lee, Keehyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction with the UNRES force field aided by restraints from consensus fragments of multiple server models
    NAZWA KONFERENCJI: Third Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Korea, 5-9 February 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    39/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Paweł Krupa.
    TYTUŁ: Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2017, Vol. 35, iss. 13, s. 2868-2879
    p-ISSN: 0739-1102
    e-ISSN: 1538-0254

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.107
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.443
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermal stability
  • molecular dynamics simulations
  • UNRES force field
  • sactipeptide

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    DOI:
    40/48
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Emilia Lubecka, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Łukasz Golon, Bartłomiej Zaborowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: UNRES, NARES, and SUGRES Coarse-Grained Models - an introduction
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 36
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained models
  • UNRES
  • NARES
  • SUGRES

    41/48
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    42/48
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation and tests of carbon nanoparticles in coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    43/48
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioinformatics. - 2018, Vol. 86, spec. iss. S1, s. 228-239
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.274
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.328
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained force fields
  • maximum likelihood principle
  • molecular dynamics
  • protein structure prediction
  • small-angle X-ray scattering

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    44/48
    AUTORZY: Eshel Faraggi, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam Liwo, Andrzej Kloczkowski.
    TYTUŁ: Reoptimized UNRES potential for protein model quality assessment
    ŹRÓDŁO: Genes. - 2018, Vol. 9, no. 12, art. no. 601, s. 1-17
    p-ISSN: 2073-4425

    UWAGI: Bibliogr. 61 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.191
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.286
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    45/48
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Use of coarse-grained and all-atom molecular dynamics to study Hsp70 and Hsp40 chaperone action
    ŹRÓDŁO: W: Role of molecular chaperones in structural folding, biological functions, and drug interactions of client proteins / ed. by Mario D. Galigniana
    ADRES WYDAWNICZY: Sharjah : Bentham Science Publishers, 2018
    SERIA: Frontiers in Structural Biology, 2589-4366, 1
    OPIS FIZYCZNY: S. 23-46
    ISBN: 978-1-68108-616-3
    UWAGI: Bibliogr.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    46/48
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Agnieszka S. Karczyńska, Celina Sikorska, Urszula Uciechowska, Sergey A. Samsonov, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Łukasz Golon, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of improved UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free and data-assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    47/48
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Karolina Zięba, Urszula Uciechowska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Emilia A. Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Celina Sikorska, Sergey A. Samsonov, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, J. Lee, K. Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of the coarse grained UNRES force field in template assisted and data assisted prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 13th Meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP13)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 1-4 December 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    48/48
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 83, s. 92-99
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein structure prediction
  • UNRES force field
  • knowledge-based methods
  • template-based restraints
  • replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego