logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: OŁDZIEJ STANISŁAW
Liczba odnalezionych rekordów: 78



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/78
AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Conformational studies of the α-helical 28-43 fragment of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus
ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2008, Vol. 89, no. 11, s. 1032-1044
p-ISSN: 0006-3525
e-ISSN: 1097-0282

UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.823
Punktacja MNiSW: 20.000
5-letni Impact Factor ISI: 2.631
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    2/78
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Anna Motas, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Conformational studies of peptide corresponding to the C-terminal fragment of bovine rodopsin
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 155
    UWAGI: Bibliogr. 7 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    3/78
    AUTORZY: Anna Motas, Wioletta Żmudzińska, Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Conformational studies of peptides corresponding to the C-terminal fragment of domains A and B bacterial protein G
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 130
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    4/78
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Conformational studies of the C-terminal 16-amino-acid-residue fragment of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from streptococcus
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2009, Vol. 91, no. 1, s. 37-51
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 74 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.605
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.474
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    5/78
    AUTORZY: E. Łodyga-Chruścińska, Stanisław Ołdziej, D. Sanna, G. Micera, L. Chruściński, K. Kaczmarek, R. J. Nachman, J. Zabrocki, A. Sykuła.
    TYTUŁ: Coordination ability of insect kinin analogs
    ŹRÓDŁO: Polyhedron. - 2009, Vol. 28, iss. 3, s. 485-492
    p-ISSN: 0277-5387

    UWAGI: Bibliogr. 26 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.207
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.246
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • metallopeptides
  • complex formation
  • 4-aminopyroglutamate motif

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    6/78
    AUTORZY: Justyna Brasuń, Agnieszka Metera-Witkiewicz, Stanisław Ołdziej, Alessandro Pratesi, Mauro Ginanneschi, Luigi Messori.
    TYTUŁ: Impact of ring size on the copper(II) coordination abilities of cyclic tetrapeptides
    ŹRÓDŁO: Journal of Inorganic Biochemistry. - 2009, Vol. 103, iss. 5, s. 813-817
    p-ISSN: 0162-0134

    UWAGI: Bibliogr. 23 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.252
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.713
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Cu complexes
  • cyclopeptide
  • stability constants

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    7/78
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Joanna Makowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus : I. Importance of hydrophobic interactions in stabilization of β-hairpin structure
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2009, Vol. 75, iss. 4, s. 931-953
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.085
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.379
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Adres url:


    DOI:
    8/78
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus : II. Interplay of local backbone conformational dynamics and long-range hydrophobic interactions in hairpin formation
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2009, Vol. 76, iss. 3, s. 637-654
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 93 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.085
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.379
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide
  • structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Adres url:


    DOI:
    9/78
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Agnieszka Lewandowska, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 133
    UWAGI: Bibliogr. 1 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    10/78
    AUTORZY: Justyna Brasuń, Agnieszka Matera-Witkiewicz, Wojciech Kamysz, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: The impact of the cyclopeptide structure on the Cu(II) binding
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 68
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    11/78
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. : I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: Protein Engineering Design & Selection. - 2009, Vol. 22, no. 9, s. 547-552
    p-ISSN: 1741-0126

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.596
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.008
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • hydrophobic interactions
  • molecular dynamics
  • potential of mean force
  • temperature dependence

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science



    DOI:
    12/78
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: β-hairpin-forming peptides; models of early stages of protein folding
    ŹRÓDŁO: Biophysical Chemistry. - 2010, Vol. 151, iss. 1-2, s. 1-9
    p-ISSN: 0301-4622

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.108
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.254
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • β-hairpin-forming peptides
  • protein folding
  • CD spectroscopy
  • IR spectroscopy
  • NMR spectroscopy
  • differential scanning calorimetry

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    13/78
    AUTORZY: Maciej Kozak, Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Combination of SAXS and NMR techniques as a tool for the determination of peptide structure in solution
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry Letters, [dokument elektroniczny]. - 2010, Vol. 1, iss. 20, s. 3128-3131
    TRYB DOSTĘPU: http://pubs.acs.org/doi/pdfplus/10.1021/jz101178t [dostęp 12.09.2013]
    p-ISSN: 1948-7185

    UWAGI: Bibliogr. 23 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    14/78
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Evidence, from simulations, of a single state with residual native structure at the thermal denaturation midpoint of a small globular protein
    ŹRÓDŁO: Journal of the American Chemical Society. - 2010, Vol. 132, iss. 27, s. 9444-9452
    p-ISSN: 0002-7863

    UWAGI: Bibliogr. 52 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.023
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.981
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    15/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Dana S. Kleinerman, Philip Blood, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Implementation of molecular dynamics and its extensions with the coarse-grained UNRES force field on massively parallel systems : toward millisecond-scale simulations of protein structure, dynamics, and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2010, Vol. 6, iss. 3, s. 890-909
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 66 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.138
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.945
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    16/78
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus. III. Dynamics of long-range hydrophobic interactions
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2010, Vol. 78, iss. 3, s. 723-737
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 72 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.813
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.181
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    17/78
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin-binding protein G from Streptococcus. IV. Implication for the mechanism of folding of the parent protein
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2010, Vol. 93, no. 5, s. 469-480
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 70 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.572
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • α-helix
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    DOI:
    18/78
    AUTORZY: Justyna Brasun, Agnieszka Matera-Witkiewicz, Elżbieta Kamysz, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ: The influence of the cyclopeptide sequence on its coordination abilities towards Cu(II)
    ŹRÓDŁO: Polyhedron. - 2010, Vol. 29, iss. 6, s. 1535-1542
    p-ISSN: 0277-5387

    UWAGI: Bibliogr. 34 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.034
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.004
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • cyclopeptides
  • Metal ion complexes
  • copper(II)

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    19/78
    AUTORZY: Joanna Makowska, Jacek Jasiecki, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Maciej Kozak, Maria Smużyńska, Katarzyna Ruszczyńska-Bartnik, Daria Biernacka, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Calorimetric and conformational studies of the folding of two mutants of the B-domain of staphylococcal protein A differing in stability.
    ŹRÓDŁO: Acta Biochimica Polonica. - 2011, Vol. 58, suppl. 2, s. 194.
    p-ISSN: 0001-527X

    UWAGI: Abstracts of the 2nd Congress of Biochemistry and Cell Biology : 46th Meeting of the Polish Biochemical Society and 11st Conference of the Polish Cell Biology Society : Kraków, Poland September 5th-9th, 2011.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    20/78
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Coarse-grained models of proteins : theory and applications
    ŹRÓDŁO: W: Multiscale approaches to protein modeling / ed. Andrzej Kolinski
    ADRES WYDAWNICZY: New York [etc.] : Springer, 2011
    OPIS FIZYCZNY: S. 35-83
    ISBN: 978-1-4419-6888-3
    UWAGI: Bibliogr. 278 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Adres url:
    DOI:
    21/78
    AUTORZY: Elżbieta Łodyga-Chruścińska, Stanisław Ołdziej, Elżbieta Sochacka, Karolina Korzycka, Longin Chruściński, Giovanni Micera, Daniele Sanna, Monika Turek, Justyna Pawlak.
    TYTUŁ: Impact of histidine residue on chelating ability of 2'-deoxyriboadenosine
    ŹRÓDŁO: Journal of Inorganic Biochemistry. - 2011, Vol. 105, iss. 9, s. 1212-1219
    p-ISSN: 0162-0134

    UWAGI: Bibliogr. 66 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.354
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.495
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • DNA
  • histidine modified 2'-deoxyriboadenosine
  • copper(II) complexes
  • chelator-type nucleobases

    Adres url:
    DOI:
    22/78
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, J. A. Vila, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Computation of structure, dynamics, and thermodynamics of proteins
    ŹRÓDŁO: W: Comprehensive biophysics, 1 / ed. Edward H. Egelman
    ADRES WYDAWNICZY: Oxford : Academic Press, 2012
    OPIS FIZYCZNY: S. 494-513
    ISBN: 978-0-12-374920-8
    UWAGI: Bibliogr. 277 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • computing of structure
  • dynamics
  • thermodynamics

    23/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ: Conformational dynamics of the trp-cage miniprotein at its folding temperature
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2012, Vol. 116, no. 23, s. 6898-6907
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.607
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.702
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • trp-cage
  • miniprotein
  • temperature
  • melt
  • conformational
  • long-range
  • long-range interaction
  • conformational dynamic
  • fold
  • interaction
  • n-terminal helix
  • unfold
  • dynamic
  • ROE
  • native

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    24/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Simulation of the opening and closing of Hsp70 chaperones by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 5, s. 1750-1764.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • chaperones
  • Hsp70
  • coarse-grained
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    25/78
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Stanisław Ołdziej, Marta Wiśniewska, Adam Liwo, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ: Toward temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. II. Molecular dynamics study of pairs of different types of interactions in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2012, Vol. 116, no. 23, s. 6844-6853
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 33 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.607
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.702
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained
  • potentials
  • side-chain interactions
  • protein folding simulations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    26/78
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A simple coarse-grained model of nucleic acids reveals the essential role of mean-field dipole-dipole interactions between nucleic-acid bases in double-helix formation
    NAZWA KONFERENCJI: Fifth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    MIEJSCE: High1 Resort, Korea, 24-26 February 2013
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    27/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
    MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    28/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Yi He, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Essential role of mean-field electrostatic interactions in free modeling of protein and nucleic acid structures at coarse-grained level
    NAZWA KONFERENCJI: Protein & RNA Structure Prediction Conference 2013
    MIEJSCE: Playa del Carmen, Mexico, 1-5 December 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Zing Conferences
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    29/78
    AUTORZY: Aleksandra Lewandowska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Folding properties of the B domain of Staphylococcal protein A
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 107
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    30/78
    AUTORZY: Aleksandra Lewandowska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Folding properties of the B domain of Staphylococcal protein A
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    31/78
    AUTORZY: Maciej Baranowski, Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of the physic based side-chain sidechain potential in coarse-grained UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    32/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Improvement of the treatment of loop structures in the UNRES force field by inclusion of coupling between backbone- and side-chain-local conformational states
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 10, s. 4620-4632
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 76 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    33/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Influence of sequence changes on thermal unfolding machanism of the Trp-cage miniprotein
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 82
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    34/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Influence of sequence changes on thermal unfolding machanism of the Trp-cage miniprotein
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    35/78
    AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.727
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    36/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Mean field dipole-dipole interactions as essential factors in the formation of biomolecular architectures
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    37/78
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Mean-field interactions between nucleic-acid-base dipoles can drive the formation of a double helix
    ŹRÓDŁO: Physical Review Letters. - 2013, Vol. 110, iss. 9, art. no. 098101, s. 1-5
    p-ISSN: 0031-9007

    UWAGI: Bibliogr. 26 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.728
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 7.411
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    DOI:
    38/78
    AUTORZY: Wioletta Żmudzińska, Krzysztof Bęczkowski, Anna Hałabis, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Possible folding initiation motifs in the alpha-spectrin SH3-domain
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 158
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    39/78
    AUTORZY: Wioletta Żmudzińska, Krzysztof Bęczkowski, Anna Hałabis, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Possible folding initiation motifs in the alpha-spectrin SH3-domain
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    40/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Ewa Mulkiewicz, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Structure and dynamics of hPinW34F protein near its folding temperature
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 83
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    41/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Ewa Mulkiewicz, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structure and dynamics of hPinW34F protein near its folding temperature
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    42/78
    AUTORZY: Maciej Baranowski, Mikołaj Marczak, Wioletta Żmudzińska, Anna Hałabis, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Structure and evolution of S. cerevisiae Ydj1 257-270 fragment
    ŹRÓDŁO: W: 22nd Polish Peptide Symposium : September, 1st-5th, 2013, Kudowa Zdrój : programme and abstracts / [eds. Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński]
    ADRES WYDAWNICZY: Wrocław : Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology, 2013
    OPIS FIZYCZNY: S. 60
    ISBN: 978-83-7493-783-2
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    43/78
    AUTORZY: Maciej Baranowski, Mikołaj Marczak, Wioletta Żmudzińska, Anna Hałabis, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structure and evolution of S. cerevisiae Ydj1 257-270 fragment
    NAZWA KONFERENCJI: 22nd Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 1-5 September 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Bioorganic Chemistry, Wrocław University of Technology
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    44/78
    AUTORZY: Anna Janicka-Klos, Elena Porciatti, Daniela Valensin, Chiara Conato, Maurizio Remelli, Stanisław Ołdziej, Gianni Valensin, Henryk Kozłowski.
    TYTUŁ: The unusual stabilization of the Ni2+ and Cu2+ complexes with NSFRY.
    ŹRÓDŁO: Dalton Transactions. - 2013, Vol. 42, iss. 2, s. 448-458.
    p-ISSN: 1477-9226

    UWAGI: Bibliogr. 31 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.097
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.959
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    45/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Maciej Kozak, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Thermal unfolding of trp-cage miprotein variants: NMR and SAXS study
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    46/78
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    47/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    48/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Influence of sequence changes on thermal unfolding mechanism of the Trp-cage miniprotein
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    49/78
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Nucleation sites in protein folding - do they exist?
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    50/78
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    51/78
    AUTORZY: Edyta Woźniak-Celmer, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Possible role of dimerization of the IscU protein in iron-sulfur cluster biogenesis : molecular dynamic studies
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    52/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    53/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    54/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Temperature influence on structure of small proteins - NMR study
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    55/78
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Agnieszka Karczyńska, Christian Omieczynski, Tomasz Wirecki, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 9, s. 2050-2070
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 91 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    56/78
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field training for protein structure prediction and folding simulations
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    57/78
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary R. Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A novel method for force-field calibration based on maximum-likelihood approach and thermal unfolding data
    NAZWA KONFERENCJI: 59th Annual Meeting of the Biophysical Society Bridging the sciences : computation and experiment
    MIEJSCE: Baltimore, MD (USA), 7-11 February 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    58/78
    AUTORZY: Elzbieta Lodyga-Chruscinska, Marzena Symonowicz, Anna Sykula, Anna Bujacz, Eugenio Garribba, Magdalena Rowinska-Zyrek, Stanisław Ołdziej, Elzbieta Klewicka, Magdalena Janicka, Karolina Krolewska, Marcin Cieslak, Katarzyna Brodowska, Longin Chruscinski.
    TYTUŁ: Chelating ability and biological activity of hesperetin Schiff base
    ŹRÓDŁO: Journal of Inorganic Biochemistry. - 2015, Vol. 143, s. 34-47
    p-ISSN: 0162-0134
    e-ISSN: 1873-3344

    UWAGI: Bibliogr. 67 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.205
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.227
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • flavonoids
  • hesperetin
  • Schiff bases
  • copper complexes
  • metal-ionophore complexes

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    59/78
    AUTORZY: Yi He, H. A. Scheraga, Yanping Yin, S. Rackovsky, Adam Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Mariusz Makowski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hidden correlations between the sequences and the folding mechanisms of medium-sized α/β proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    60/78
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Maximum-likelihood calibration of force fields
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    61/78
    AUTORZY: Marta Wiśniewska, Emil Sobolewski, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ: Theoretical studies of interactions between O-phosphorylated and standard amino-acid side-chain models in water
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2015, Vol. 119, no. 27, s. 8526-8534
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 54 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.187
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.265
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    62/78
    AUTORZY: Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Thermal unfolding of miniproteins : an NMR study
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    63/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Chemoinformatics methods for studying biomolecules
    ŹRÓDŁO: W: Handbook of computational chemistry / Jerzy Leszczyński ed.
    ADRES WYDAWNICZY: Dordrecht : Springer Netherlands, 2016
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-17
    ISBN: 978-94-007-6169-8 (online)
    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    DOI:
    64/78
    AUTORZY: Wioletta Żmudzińska, Marcel Thiel, Aleksandra Lewandowska, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Conformational properties of peptides based on pyrophosphates binding motif
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    65/78
    AUTORZY: Wioletta Żmudzińska, Anna Hałabis, Aleksandra Lewandowska, Maciej Baranowski, Marcel Thiel, Agnieszka Lewandowska, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Foldons, protein folding nucleation sites
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    66/78
    AUTORZY: Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: To fold or not to fold: substrates of the Hsp70/40 foldase machinery
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    67/78
    AUTORZY: Paweł Jaworski, Rafał Dończew, Thorsten Mielke, Marcel Thiel, Stanisław Ołdziej, Christoph Weigel, Anna Zawilak-Pawlik.
    TYTUŁ: Unique and universal features of Epsilonproteobacterial origins of chromosome replication and DnaA-DnaA box interactions
    ŹRÓDŁO: Frontiers in Microbiology, [dokument elektroniczny]. - 2016, Vol. 7, art. no. 1555, s. 1-14
    TRYB DOSTĘPU: http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2016.01555 [dostęp 01.12.2016]
    e-ISSN: 1664-302X

    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.076
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.526
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    68/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Jooyoung Lee.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Chemoinformatics methods for studying biomolecules
    ŹRÓDŁO: W: Handbook of computational chemistry / Jerzy Leszczynski, ed. ; Anna Kaczmarek-Kedziera, Tomasz Puzyn, Manthos G. Papadopoulos, Heribert Reis, Manoj K. Shukla, co-eds
    OZNACZENIE WYDANIA: Second edition
    ADRES WYDAWNICZY: Cham : Springer, 2017
    OPIS FIZYCZNY: S. 2183-2199
    ISBN: 978-3-319-27281-8
    ISBN: 978-3-319-27282-5 (eBook)
    ISBN: 978-3-319-28572-6
    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    DOI:
    69/78
    AUTORZY: Aleksandra Lewandowska, Katarzyna Macur, Paulina Czaplewska, J. Liss, K. Łukaszuk, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Comparison of the proteomic content of blood serum and human follicular fluid from separate follicles of the same patient
    NAZWA KONFERENCJI: 24th Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Jastrzębia Góra, Poland, 3-7 September 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Biomedical Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk
    UWAGI: Bibliogr. 4 poz.
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    70/78
    AUTORZY: Anna Fel, Marcel Thiel, Aleksandra Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Depsipeptide formation in wet-dry prebiotic condition
    NAZWA KONFERENCJI: 24th Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Jastrzębia Góra, Poland, 3-7 September 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Biomedical Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk
    UWAGI: Bibliogr. 1 poz.
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    71/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Maximum likelihood calibration of the UNRES force field for simulation of protein structure and dynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2017, Vol. 57, iss. 9, s. 2364-2377
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 86 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.804
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.111
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    72/78
    AUTORZY: Marcel Thiel, Wioletta Żmudzińska, Aleksandra Lewandowska, Marta Spodzieja, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Peptides based on the tryptophan zipper motif. Conformational and catalytical properties
    NAZWA KONFERENCJI: 24th Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Jastrzębia Góra, Poland, 3-7 September 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Biomedical Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk
    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    73/78
    AUTORZY: Aleksandra E. Lewandowska, Katarzyna Macur, Paulina Czaplewska, Joanna Liss, Krzysztof Łukaszuk, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ: Qualitative and quantitative analysis of proteome and peptidome of human follicular fluid using multiple samples from single donor with LC-MS and SWATH methodology
    ŹRÓDŁO: Journal of Proteome Research. - 2017, Vol. 16, no. 8, s. 3053-3067
    p-ISSN: 1535-3893
    e-ISSN: 1535-3907

    UWAGI: Bibliogr. 54 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.950
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.033
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • human follicular fluid
  • LC-MS
  • oocyte quality control
  • peptidome
  • proteome
  • SWATH

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    74/78
    AUTORZY: Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Marcel Thiel, Aneta Szymańska, Paulina Czaplewska.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The conformational analysis of hCC (85-101) peptide as a potent protein binding molecule
    NAZWA KONFERENCJI: 24th Polish Peptide Symposium
    MIEJSCE: Jastrzębia Góra, Poland, 3-7 September 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Department of Biomedical Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk
    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    75/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Emilia Lubecka, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Łukasz Golon, Bartłomiej Zaborowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: UNRES, NARES, and SUGRES Coarse-Grained Models - an introduction
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 36
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained models
  • UNRES
  • NARES
  • SUGRES

    76/78
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    77/78
    AUTORZY: Aleksandra E. Lewandowska, Katarzyna Macur, Paulina Czaplewska, Joanna Liss, Krzysztof Łukaszuk, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ: Human follicular fluid proteomic and peptidomic composition quantitative studies by SWATH-MS methodology. Applicability of high pH RP-HPLC fractionation
    ŹRÓDŁO: Journal of Proteomics. - 2018, online first, s. 1-12
    p-ISSN: 1874-3919
    e-ISSN: 1876-7737

    UWAGI: Bibliogr. 32 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.722
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • human follicular fluid
  • high pH RP-HPLC fractionation
  • SWATH-MS
  • proteome
  • peptidome

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    78/78
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Marcel Thiel, Beata Zamłyńska, Artur Giełdoń.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Theoretical model of DnaA protein dimer - implication on DnaA oligomerization in the presence of double-stranded DNA
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego