logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: SCHERAGA HAROLD A
Liczba odnalezionych rekordów: 78



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/78
AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Conformational studies of the α-helical 28-43 fragment of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus
ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2008, Vol. 89, no. 11, s. 1032-1044
p-ISSN: 0006-3525
e-ISSN: 1097-0282

UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.823
Punktacja MNiSW: 20.000
5-letni Impact Factor ISI: 2.631
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    2/78
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Sebastian Kalinowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Application of multiplexed replica exchange molecular dynamics to the UNRES force field: tests with α and α + β proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2009, Vol. 5, iss. 3, s. 627-640
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.804
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.852
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:


    DOI:
    3/78
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Conformational studies of the C-terminal 16-amino-acid-residue fragment of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from streptococcus
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2009, Vol. 91, no. 1, s. 37-51
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 74 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.605
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.474
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    4/78
    AUTORZY: Yi He, Yi Xiao, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Exploring the Parameter Space of the Coarse-Grained UNRES Force Field by Random Search: Selecting a Transferable Medium-Resolution Force Field
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2009, Vol. 30, no. 13, s. 2127-2135
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.769
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.817
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermodynamic hypothesis
  • coarse-grained models
  • UNRES force field
  • force-field parameterization

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:


    DOI:
    5/78
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Joanna Makowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus : I. Importance of hydrophobic interactions in stabilization of β-hairpin structure
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2009, Vol. 75, iss. 4, s. 931-953
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.085
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.379
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Adres url:


    DOI:
    6/78
    AUTORZY: Agnieszka Skwierawska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus : II. Interplay of local backbone conformational dynamics and long-range hydrophobic interactions in hairpin formation
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2009, Vol. 76, iss. 3, s. 637-654
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 93 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.085
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.379
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide
  • structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Adres url:


    DOI:
    7/78
    AUTORZY: Stanisław Ołdziej, Agnieszka Lewandowska, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 133
    UWAGI: Bibliogr. 1 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    8/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Potential of mean force of association of large hydrophobic particles : towards the nanoscale limit
    ŹRÓDŁO: W: IV Russian-Ukrainian-Polish Conference on Molecular Interactions, Jastarnia, October 4-9, 2009 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 117-118
    ISBN: 978-83-7531-048-1
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    9/78
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Sebastian Kalinowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Simulations of protein folding thermodynamics using UNRES physics-based coarse-grained force field with replica exchange molecular dynamics
    ŹRÓDŁO: W: XX Polish Peptide Symposium : September, 6th-10th, 2009, Władysławowo : programme and abstracts / [eds. Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Anna Łęgowska]
    ADRES WYDAWNICZY: Gdańsk : Department of Bioorganic Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Gdańsk, 2009
    OPIS FIZYCZNY: S. 52
    UWAGI: Bibliogr. 4 poz.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    10/78
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. : I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: Protein Engineering Design & Selection. - 2009, Vol. 22, no. 9, s. 547-552
    p-ISSN: 1741-0126

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.596
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.008
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • hydrophobic interactions
  • molecular dynamics
  • potential of mean force
  • temperature dependence

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science



    DOI:
    11/78
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: β-hairpin-forming peptides; models of early stages of protein folding
    ŹRÓDŁO: Biophysical Chemistry. - 2010, Vol. 151, iss. 1-2, s. 1-9
    p-ISSN: 0301-4622

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.108
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.254
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • β-hairpin-forming peptides
  • protein folding
  • CD spectroscopy
  • IR spectroscopy
  • NMR spectroscopy
  • differential scanning calorimetry

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    12/78
    AUTORZY: Urszula Kozłowska, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Determination of side-chain-rotamer and side-chain and backbone virtual-bond-stretching potentials of mean force from AM1 energy surfaces of terminally-blocked amino-acid residues, for coarse-grained simulations of protein structure and folding I: the method
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2010, Vol. 31, no. 6, s. 1143-1153
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.050
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.041
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • UNRES force field
  • potentials of mean force
  • quantum mechanics
  • harmonic approximation

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    13/78
    AUTORZY: Urszula Kozłowska, Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Determination of side-chain-rotamer and side-chain and backbone virtual-bond-stretching potentials of mean force from AM1 energy surfaces of terminally-blocked amino-acid residues, for coarse-grained simulations of protein structure and folding II: results, comparison with statistical potentials, and implementation in the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2010, Vol. 31, no. 6, s. 1154-1167
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.050
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.041
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • UNRES force field
  • local-interaction potentials
  • molecular quantum mechanics
  • harmonic approximation

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    14/78
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Evidence, from simulations, of a single state with residual native structure at the thermal denaturation midpoint of a small globular protein
    ŹRÓDŁO: Journal of the American Chemical Society. - 2010, Vol. 132, iss. 27, s. 9444-9452
    p-ISSN: 0002-7863

    UWAGI: Bibliogr. 52 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.023
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.981
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    15/78
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Hydrophobic interactions and protein folding
    ŹRÓDŁO: W: Thermodynamics of amino acid and protein solutions / eds. Jelena Tsurko, Werner Kunz
    ADRES WYDAWNICZY: Kerala : Transworld Research Network, 2010
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-18
    ISBN: 978-81-7895-473-8
    UWAGI: Bibliogr. 117 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    16/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Dana S. Kleinerman, Philip Blood, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Implementation of molecular dynamics and its extensions with the coarse-grained UNRES force field on massively parallel systems : toward millisecond-scale simulations of protein structure, dynamics, and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2010, Vol. 6, iss. 3, s. 890-909
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 66 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.138
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.945
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    17/78
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Investigation of protein folding by coarse-grained molecular dynamics with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. A. - 2010, Vol. 114, no. 13, s. 4471-4485
    p-ISSN: 1089-5639

    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.732
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.844
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • coarse-grained
  • molecular dynamics
  • UNRES

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    18/78
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin binding protein G from Streptococcus. III. Dynamics of long-range hydrophobic interactions
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2010, Vol. 78, iss. 3, s. 723-737
    p-ISSN: 0887-3585

    UWAGI: Bibliogr. 72 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.813
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.181
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    DOI:
    19/78
    AUTORZY: Agnieszka Lewandowska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Mechanism of formation of the C-terminal β-hairpin of the B3 domain of the immunoglobulin-binding protein G from Streptococcus. IV. Implication for the mechanism of folding of the parent protein
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2010, Vol. 93, no. 5, s. 469-480
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 70 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.572
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • peptide structure
  • β-hairpin
  • α-helix
  • B3 domain of protein G
  • NMR
  • CD

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    DOI:
    20/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Potential of mean force of association of large hydrophobic particles : toward the nanoscale limit
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2010, Vol. 114, no. 2, s. 993-1003
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 30 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.603
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.425
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    21/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force for the interaction of amino-acid side chains in water. 1. Approximate expression for the free energy of hydrophobic association based on a Gaussian-overlap model : [erratum : Journal of Physical Chemistry B, 2007, vol. 111, iss. 11, s. 2910-2916]
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2010, Vol. 114, no. 2, s. 1226
    p-ISSN: 1520-6106

    Typ publikacji: VAR
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    DOI:
    22/78
    AUTORZY: Ana V. Rojas, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: A study of the α-helical intermediate preceding the aggregation of the amino-terminal fragment of the β amyloid peptide (Aβ1-28)
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 44, s. 12978-12983
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloids
  • Aβ peptide
  • UNRES force field
  • molecular dynamics
  • Alzheimer's disease

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    23/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Coarse-grained force field: general folding theory
    ŹRÓDŁO: Physical Chemistry Chemical Physics. - 2011, Vol. 13, no. 38, s. 16890-16901
    p-ISSN: 1463-9076

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.573
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.931
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained
  • force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    24/78
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Coarse-grained models of proteins : theory and applications
    ŹRÓDŁO: W: Multiscale approaches to protein modeling / ed. Andrzej Kolinski
    ADRES WYDAWNICZY: New York [etc.] : Springer, 2011
    OPIS FIZYCZNY: S. 35-83
    ISBN: 978-1-4419-6888-3
    UWAGI: Bibliogr. 278 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Adres url:
    DOI:
    25/78
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harel Weinstein, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: PDZ binding to the BAR domain of PICK1 is elucidated by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2011, Vol. 405, iss. 1, s. 298-314.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.001
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.981
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • PICK1
  • binding
  • hydrophobic interactions
  • UNRES force field
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    26/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Emil Sobolewski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. V. Like-charged side chains
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 19, s. 6119-6129
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 64 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    27/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino-acid side chains in water. VI. Oppositely charged side chains
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 19, s. 6130-6137
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 29 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    28/78
    AUTORZY: Andrey Krokhotin, Adam Liwo, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Coexistence of phases in a protein heterodimer
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2012, Vol. 137, no. 3, art. no. 035101, s. 1-13
    p-ISSN: 0021-9606

    UWAGI: Bibliogr. 85 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.164
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.176
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • diseases
  • entropy
  • free energy
  • molecular biophysics
  • molecular configurations
  • proteins

    Adres url:
    DOI:
    29/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Determination of effective potentials for the stretching of Cα...Cα virtual bonds in polypeptide chains for coarse-grained simulations of proteins from ab initio energy surfaces of N-methylacetamide and N-acetylpyrrolidine.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 4, s. 1334-1343.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 45 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • potentials
  • Cα...Cα virtual bonds
  • coarse-grained simulations
  • ab initio

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    30/78
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Rui Zhou, Adam Liwo, Yi Xiao, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Effects of mutation, truncation, and temperature on the folding kinetics of a WW domain.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2012, Vol. 420, iss. 4-5, s. 350-365.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.905
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.888
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • 1E0L mutants
  • folding pathway
  • biphasic folding kinetics
  • subdiffusion
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    31/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Extension of UNRES force field to treat polypeptide chains with D-amino acid residues.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 11, s. 4746-4757.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • coarse grained
  • force field
  • D-amino acid residues
  • polypeptide chains

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    32/78
    AUTORZY: Yanping Yin, Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Hidden protein folding pathways in free-energy landscapes uncovered by network analysis.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 4, s. 1176-1189.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 64 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding pathways

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    33/78
    AUTORZY: Joanna Makowska, Adam Liwo, Lech Chmurzyński, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Influence of the Length of the Alanine Spacer on the Acidic-Basic Properties of the Ac-Lys-(Ala)n-Lys-NH2 Peptides (n = 0, 1, 2, ..., 5).
    ŹRÓDŁO: Journal of Solution Chemistry. - 2012, Vol. 41, iss. 10, s. 1738-1746.
    p-ISSN: 0095-9782

    UWAGI: Bibliogr. 17 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.128
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.289
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • alanine-based peptides
  • potentiometric titration
  • acid-base equilibria

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    34/78
    AUTORZY: Joanna Makowska, Adam Liwo, Wioletta Żmudzińska, Agnieszka Lewandowska, Lech Chmurzyński, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Like-charged residues at the ends of oligoalanine sequences might induce a chain reversal
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2012, Vol. 97, no. 4, s. 240-249
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 55 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.879
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.691
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • alanine-based peptides
  • NMR spectroscopy
  • molecular dynamics
  • conformational studies
  • bent-like structure

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    35/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Simulation of the opening and closing of Hsp70 chaperones by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 5, s. 1750-1764.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • chaperones
  • Hsp70
  • coarse-grained
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    36/78
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A simple coarse-grained model of nucleic acids reveals the essential role of mean-field dipole-dipole interactions between nucleic-acid bases in double-helix formation
    NAZWA KONFERENCJI: Fifth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    MIEJSCE: High1 Resort, Korea, 24-26 February 2013
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    37/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Yi He, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Essential role of mean-field electrostatic interactions in free modeling of protein and nucleic acid structures at coarse-grained level
    NAZWA KONFERENCJI: Protein & RNA Structure Prediction Conference 2013
    MIEJSCE: Playa del Carmen, Mexico, 1-5 December 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Zing Conferences
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    38/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Improvement of the treatment of loop structures in the UNRES force field by inclusion of coupling between backbone- and side-chain-local conformational states
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 10, s. 4620-4632
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 76 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    39/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new Ca... Ca...Ca virtual valence angle potentials to treat D and L amino acid residues into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    40/78
    AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.727
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    41/78
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Patrick Senet, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Local vs global motions in protein folding
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 7, s. 2907-2921
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • unres force-field
  • β-hairpin formation
  • free-energy landscape
  • united-residue model
  • WW domain FBP28
  • molecular-dynamics
  • polypeptide-chains
  • structure simulations
  • hierarchical design
  • biphasic kinetics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    42/78
    AUTORZY: Yi He, Maciej Maciejczyk, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Mean-field interactions between nucleic-acid-base dipoles can drive the formation of a double helix
    ŹRÓDŁO: Physical Review Letters. - 2013, Vol. 110, iss. 9, art. no. 098101, s. 1-5
    p-ISSN: 0031-9007

    UWAGI: Bibliogr. 26 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.728
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 7.411
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    DOI:
    43/78
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of the Hsp70 chaperone's Nucleotide Binding Domain: understanding nucleotide binding and structure-function relationships
    NAZWA KONFERENCJI: 245th American Chemical Society National Meeting & Exposition Chemistry of Energy & Food
    MIEJSCE: New Orleans, LA (USA), 7-11 April 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: American Chemical Society (ACS)
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    44/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The Hsp70 chaperone's nucleotide-binding domain: protein dynamics by molecular dynamics simulation
    NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
    MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: ENG
    45/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The protein dynamics of the Hsp70 nucleotide-binding domain: nucleotide binding and structure-function relationships
    NAZWA KONFERENCJI: 27th Annual Symposium of the Protein Society
    MIEJSCE: Boston, MA (USA), 20-23 July 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: The Protein Society
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    46/78
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    47/78
    AUTORZY: Khatuna Kachlishvili, Gia G. Maisuradze, Osvaldo A. Martin, Adam Liwo, Jorge A. Vila, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Accounting for a mirror-image conformation as a subtle effect in protein folding
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014, Vol. 111, no. 23, s. 8458-8463
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 37 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.674
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • misfolding
  • symmetrical proteins

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    48/78
    AUTORZY: Maciej Maciejczyk, Aleksandar Spasic, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: DNA duplex formation with a coarse-grained model
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2014, Vol. 10, iss. 11, s. 5020-5035
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.498
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.760
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    49/78
    AUTORZY: Rui Zhou, Gia G. Maisuradze, David Suñol, Toni Todorovski, Maria J. Macias, Yi Xiao, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Folding kinetics of WW domains with the united residue force field for bridging microscopic motions and experimental measurements
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014, Vol. 111, no. 51, s. 18243-18248
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 41 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.674
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • FBP28 WW domain
  • nonnatural variants
  • folding rates
  • free-energy landscapes
  • millisecond-timescale canonical MD simulations

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    50/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new physics-based potentials coupling between backbone- and side-chain-local conformational states into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    51/78
    AUTORZY: Andrey Krokhotin, Adam Liwo, Gia G. Maisuradze, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Kinks, loops, and protein folding, with protein A as an example
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2014, Vol. 140, no. 2, art. no. 025101, s. 1-17
    p-ISSN: 0021-9606

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.952
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.017
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    52/78
    AUTORZY: Józef Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Yi He, Paweł Krupa, Cezary R. Czaplewski, Andrey Krokhotin, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Origin of the architecture of biological macromolecules : a mean-field perspective
    NAZWA KONFERENCJI: Biophysical Society 58th Annual Meeting Bridging the sciences to explore biology
    MIEJSCE: San Francisco, CA (USA), 15-19 February 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    53/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Revised backbone-virtual-bond-angle potentials to treat the L- and D-amino acid residues in the coarse-grained united residue (UNRES) force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2014, Vol. 10, iss. 5, s. 2194-2203
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 53 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.498
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.760
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    54/78
    AUTORZY: Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Leslie Glasser, Ewa Gołaś.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Stretching Alpha A-crystallin : mechanical insight by Steered Molecular Dynamics. The effect of L to D isomerization on mechanical strength and stability
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    55/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Leslie Glasser, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Structural insight through mechanical stretching : steered molecular dynamics simulations of a small heat shock protein
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    56/78
    AUTORZY: George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Paweł Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popović, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli, Foldit Players.
    TYTUŁ: WeFold: a coopetition for protein structure prediction
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2014, Vol. 82, iss. 9, s. 1850-1868
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.627
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.110
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coopetition
  • protein structure prediction
  • CASP
  • structure refinement
  • Foldit

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    57/78
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Common functionally important motions of the nucleotide-binding domain of Hsp70
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 2, s. 282-299
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular chaperones
  • molecular dynamics
  • principal component analysis

    Adres url:
    DOI:
    58/78
    AUTORZY: Maciej Maciejczyk, Aleksandar Spasic, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: DNA-duplex formation with dipolar-bead coarse-grained model
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
    MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    59/78
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Adam K. Sieradzan, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hydrodynamic interactions in coarse-grained simulations of protein folding
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    60/78
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of hydrodynamic interactions in molecular dynamics simulations with the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    61/78
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Molecular modeling of the binding modes of the iron-sulfur protein to the Jac1 co-chaperone from Saccharomyces cerevisiae by all-atom and coarse-grained approaches
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 8, s. 1414-1426
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • iron-sulfur cluster biogenesis
  • iron-sulfur protein 1
  • J-protein
  • Isu1-Jac1 interactions
  • UNited RESidue (UNRES) force field
  • homology modeling

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    62/78
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Optimization of a Nucleic Acids united-RESidue 2-Point model (NARES-2P) with a maximum-likelihood approach
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2015, Vol. 143, no. 24, art. no. 243111, s. 1-8
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.894
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.950
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    63/78
    AUTORZY: Yanping Yin, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for coarse-grained modeling of protein- DNA interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 4, s. 1792-1808
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    64/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the United Residue (UNRES) force field for protein simulations
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 2, s. 817-831
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 80 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    65/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Poszukiwania analitycznych wyrażeń opisujących oddziaływania O-fosforylowanych łańcuchów bocznych reszt aminokwasowych z aminokwasami
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: POL
    Adres url:
    66/78
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Jordi Medina, Khatuna Kachlishvili, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Pau Martin-Malpartida, Luka Maisuradze, Maria J. Macias, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Preventing fibril formation of a protein by selective mutation
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2015, Vol. 112, no. 44, s. 13549-13554
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 41 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.423
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.285
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • fibril formation
  • selective mutation
  • FBP28 WW domain
  • millisecond-timescale MD simulations
  • high-resolution NMR spectroscopy

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    67/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Side chain - side chain interaction potentials
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    68/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski, Jarosław Marszałek.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The ClpB disaggregase : molecular dynamics simulation of a remodelling machine
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    69/78
    AUTORZY: Marta Wiśniewska, Emil Sobolewski, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Mariusz Makowski.
    TYTUŁ: Theoretical studies of interactions between O-phosphorylated and standard amino-acid side-chain models in water
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2015, Vol. 119, no. 27, s. 8526-8534
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 54 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.187
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.265
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    70/78
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2016, Vol. 144, no. 18, art. no. 184110, s. 1-11
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 79 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.965
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.907
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    71/78
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University of Gdańsk ; KIAS
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    72/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    73/78
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Mateusz Pikora, Adam Liwo, Harold A. Scheraga, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of the Markov State Model in the studying of the protein folding pathways
    NAZWA KONFERENCJI: Third Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Korea, 5-9 February 2017
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Markov State Model
  • protein folding
  • replica exchange molecular dynamics

    74/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Magdalena A. Mozolewska, Huiyu Li, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Dynamics of disulfide-bond disruption and formation in the thermal unfolding of ribonuclease A
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2017, Vol. 13, iss. 11, s. 5721-5730
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.399
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.793
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • bovine pancreatic ribonuclease
  • unres force-field
  • local conformational states
  • united-residue model
  • molecular-dynamics
  • replica-exchange
  • temperature-dependence
  • proline isomerization
  • polypeptide-chains
  • denatured states

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    75/78
    AUTORZY: Paweł Krupa, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Maximum likelihood calibration of the UNRES force field for simulation of protein structure and dynamics
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2017, Vol. 57, iss. 9, s. 2364-2377
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 86 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.804
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.111
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    76/78
    AUTORZY: Mariusz Makowski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Simple physics-based analytical formulas for the potentials of mean force of the interaction of amino acid side chains in water. VII. Charged-hydrophobic/polar and polar-hydrophobic/polar side chains
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2017, Vol. 121, no. 2, s. 379-390
    p-ISSN: 1520-6106
    e-ISSN: 1520-5207

    UWAGI: Bibliogr. 55 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.146
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.101
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular-dynamics simulations
  • coarse-grained potentials
  • ambient aqueous-solution
  • site model approach
  • theoretical calculations
  • equilibrium-constants
  • protein structuress
  • simple ions
  • ab-initio
  • temperature

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    77/78
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Yanping Yin, Yi He, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A new protein nucleic-acid coarse-grained force field based on the UNRES and NARES-2P force fields
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2018, Vol. 39, no. 28, s. 2360-2370
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    78/78
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Use of coarse-grained and all-atom molecular dynamics to study Hsp70 and Hsp40 chaperone action
    ŹRÓDŁO: W: Role of molecular chaperones in structural folding, biological functions, and drug interactions of client proteins / ed. by Mario D. Galigniana
    ADRES WYDAWNICZY: Sharjah : Bentham Science Publishers, 2018
    SERIA: Frontiers in Structural Biology, 2589-4366, 1
    OPIS FIZYCZNY: S. 23-46
    ISBN: 978-1-68108-616-3
    UWAGI: Bibliogr.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego