logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: SIERADZAN ADAM
Liczba odnalezionych rekordów: 81



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/81
AUTORZY: Anna Łęgowska, Adam Lesner, Elżbieta Bulak, Anna Jaśkiewicz, Adam Sieradzan, Marzena Cydzik, Piotr Stefanowicz, Zbigniew Szewczuk, Krzysztof Rolka.
TYTUŁ: Inhibitory activity of double-sequence analogues of trypsin inhibitor SFTI-1 from sunflower seeds : an example of peptide splicing
ŹRÓDŁO: The FEBS Journal. - 2010, Vol. 277, no. 10, s. 2351-2359
p-ISSN: 1742-464X

UWAGI: Bibliogr. 15 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.129
Punktacja MNiSW: 27.000
5-letni Impact Factor ISI: 3.200
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • inhibitors
  • mass spectrometry
  • peptide splicing
  • serine proteinases
  • SFTI-1

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    2/81
    AUTORZY: Anna Łęgowska, Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Adam Sieradzan, Marcin Sieńczyk, Piotr Trzonkowski, Katarzyna Guzow, Krzysztof Rolka.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Fluorescent analogues of SFTI-1 synthesis and application.
    ŹRÓDŁO: W: 21st Polish Peptide Symposium : September, 4th-8th, 2011, Supraśl : programme and abstracts / [eds. Elżbieta Zadykowicz, Agnieszka Markowska].
    ADRES WYDAWNICZY: Białystok : Department of Organic Chemistry. Medical University of Białystok, 2011.
    OPIS FIZYCZNY: S. 107.
    Typ publikacji: PSZ
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    3/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Determination of effective potentials for the stretching of Cα...Cα virtual bonds in polypeptide chains for coarse-grained simulations of proteins from ab initio energy surfaces of N-methylacetamide and N-acetylpyrrolidine.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 4, s. 1334-1343.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 45 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • potentials
  • Cα...Cα virtual bonds
  • coarse-grained simulations
  • ab initio

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    4/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Extension of UNRES force field to treat polypeptide chains with D-amino acid residues.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 11, s. 4746-4757.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • coarse grained
  • force field
  • D-amino acid residues
  • polypeptide chains

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    5/81
    AUTORZY: Anna Łęgowska, Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Magdalena Filipowicz, Adam Sieradzan, Michał Pikuła, Piotr Trzonkowski, Katarzyna Guzow, Krzysztof Rolka.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Fluorescent analogues of SFTI-1 - synthesis and application.
    ŹRÓDŁO: W: Peptides 2012 : proceedings of the Thirty-Second European Peptide Symposium, September 2-7, 2012, Athens, Greece / ed. by George Kokotos, Violetta Constantinou-Kokotou, John Matsoukas.
    ADRES WYDAWNICZY: Athens : European Peptide Society, 2012.
    OPIS FIZYCZNY: S. 362-363.
    ISBN: 978-960-466-121-3
    UWAGI: Bibliogr. 3 poz.
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    6/81
    AUTORZY: Anna Łęgowska, Magdalena Wysocka, Adam Lesner, Magdalena Filipowicz, Adam Sieradzan, M. Pikula, P. Trzonkowski, Katarzyna Guzow, Krzysztof Rolka.
    TYTUŁ: Fluorescent analogues of SFTI-1 : synthesis and application
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2012, Vol. 18, iss. S1, s. S121
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 2 poz.
    UWAGI: Meeting abstracts of the 32nd European Peptide Symposium, 2-7 September 2012, Athens, Greece
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    7/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Ulrich H. E. Hansmann.
    TYTUŁ: Folding and self-assembly of a small protein complex.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 9, s. 3416-3422.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • folding pathway
  • protein complex

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    8/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
    MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    9/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Yi He, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Essential role of mean-field electrostatic interactions in free modeling of protein and nucleic acid structures at coarse-grained level
    NAZWA KONFERENCJI: Protein & RNA Structure Prediction Conference 2013
    MIEJSCE: Playa del Carmen, Mexico, 1-5 December 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Zing Conferences
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    10/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, S. Rackovsky, Maciej Baranowski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Improvement of the treatment of loop structures in the UNRES force field by inclusion of coupling between backbone- and side-chain-local conformational states
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2013, Vol. 9, iss. 10, s. 4620-4632
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 76 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.310
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 6.205
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    11/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new Ca... Ca...Ca virtual valence angle potentials to treat D and L amino acid residues into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    12/81
    AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
    ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
    p-ISSN: 0027-8424

    UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.727
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    13/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Mean field dipole-dipole interactions as essential factors in the formation of biomolecular architectures
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 4
    MIEJSCE: Pułtusk, Poland, 15-19 May 2013
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences (PAS) in Warsaw, Poland ; Pro Physica Foundation
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    14/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    15/81
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Application of UNRES force field to coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima
    NAZWA KONFERENCJI: Modeling and Design of Molecular Materials 2014
    MIEJSCE: Kudowa Zdrój, Poland, 29 June - 3 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    16/81
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Coarse-grained molecular dynamics simulations of arginine-binding protein from Thermotoga maritima using the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    17/81
    AUTORZY: Adam Lesner, Natalia Karna, Mateusz Psurski, Anna Łęgowska, Magdalena Wysocka, Katarzyna Guzow, Adam Sieradzan, Marcin Sieńczyk, Piotr Trzonkowski, Michał Pikuła, Maciej Zieliński, Paulina Kosikowska, Rafał Łukajtis, Monika Łęgowska, Dawid Dębowski, Wiesław Wiczk, Krzysztof Rolka.
    TYTUŁ: Fluorescent analogs of trypsin inhibitor SFTI-1 isolated from sunflower seeds - synthesis and applications
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2014, Vol. 102, no. 1, s. 124-135
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 24 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.385
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.498
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    18/81
    AUTORZY: Fatih Yasar, Adam K. Sieradzan, Ulrich H. E. Hansmann.
    TYTUŁ: Folding and self-assembly of a small heterotetramer
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2014, Vol. 140, no. 10, art. no. 105103, s. 1-8
    p-ISSN: 0021-9606

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.952
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.017
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    19/81
    AUTORZY: Adam Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of periodic boundary condition with the UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    20/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of new physics-based potentials coupling between backbone- and side-chain-local conformational states into UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Folding Conference 2014
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 16-19 July 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    21/81
    AUTORZY: Józef Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Yi He, Paweł Krupa, Cezary R. Czaplewski, Andrey Krokhotin, Antti J. Niemi, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Origin of the architecture of biological macromolecules : a mean-field perspective
    NAZWA KONFERENCJI: Biophysical Society 58th Annual Meeting Bridging the sciences to explore biology
    MIEJSCE: San Francisco, CA (USA), 15-19 February 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    22/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Antti Niemi, Xubiao Peng.
    TYTUŁ: Peierls-Nabarro barrier and protein loop propagation
    ŹRÓDŁO: Physical Review. E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. - 2014, Vol. 90, iss. 6, art. no. 062717, s. 1-9
    p-ISSN: 1539-3755
    e-ISSN: 1550-2376

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.288
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.269
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    23/81
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    24/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    25/81
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bartłomiej Zaborowski, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, K. Joo, J. Lee, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by knowledge-based information
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    26/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    27/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Revised backbone-virtual-bond-angle potentials to treat the L- and D-amino acid residues in the coarse-grained united residue (UNRES) force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2014, Vol. 10, iss. 5, s. 2194-2203
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 53 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.498
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.760
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    28/81
    AUTORZY: Adam Sieradzan, Xubiao Peng, Antti Niemi.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The analysis of the kink movement with use of UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    29/81
    AUTORZY: George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Paweł Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popović, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli, Foldit Players.
    TYTUŁ: WeFold: a coopetition for protein structure prediction
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2014, Vol. 82, iss. 9, s. 1850-1868
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.627
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.110
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coopetition
  • protein structure prediction
  • CASP
  • structure refinement
  • Foldit

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    30/81
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A maximum-likelihood approach to force-field training for protein structure prediction and folding simulations
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    31/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Antti Niemi, Xubiao Peng, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: A novel coarse-grained description of protein structure and folding by UNRES force field and discrete nonlinear Schrödinger equation
    ŹRÓDŁO: W: Frontiers in Computational Chemistry, vol. 1 / ed. by Zaheer-ul-Haq & J. D. Madura
    ADRES WYDAWNICZY: [S.l.] : Bentham Science Publishers, 2015
    OPIS FIZYCZNY: S. 257-289
    ISBN: 978-1-60805-865-5
    ISBN: 978-1-60805-864-8 (e-ISBN)
    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • force-field
  • Davydov soliton
  • dark soliton
  • molecular dynamics
  • energy landscape
  • Landau Hamiltonian
  • gauge inverse
  • physics-based
  • cumulant-cluster expansion
  • mean-force potentials
  • loop structures
  • wave-analysis physics
  • protein flexibility
  • kink formation
  • kink disappearance
  • kink movement
  • folding pathways
  • local interactions

    DOI:
    32/81
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary R. Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A novel method for force-field calibration based on maximum-likelihood approach and thermal unfolding data
    NAZWA KONFERENCJI: 59th Annual Meeting of the Biophysical Society Bridging the sciences : computation and experiment
    MIEJSCE: Baltimore, MD (USA), 7-11 February 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    33/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to derive analytical expressions for the effective energy terms in coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 3rd International Conference on Protein and RNA Structure Prediction
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 14-18 December 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    34/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to the derivation of analytical potentials in physics-based coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 40th National Conference on Theoretical Physics & 3rd International Workshop on Theoretical and Computational Physics
    MIEJSCE: Da Lat, Vietnam, 27-30 July 2015
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    35/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Yanping Yin, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Advances in UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    36/81
    AUTORZY: Yi He, H. A. Scheraga, Yanping Yin, S. Rackovsky, Adam Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Cezary Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Mariusz Makowski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hidden correlations between the sequences and the folding mechanisms of medium-sized α/β proteins
    NAZWA KONFERENCJI: 58. Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Chemicznego Polska chemia w mieście wolności
    MIEJSCE: Gdańsk, 21-25 września 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Oddział Gdański Polskiego Towarzystwa Chemicznego ; Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego
    Typ publikacji: PXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    37/81
    AUTORZY: Adam Sieradzan, Nevena Litova, Adam Liwo, Antti Niemi.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: How do loops form in proteins? A key to protein folding?
    NAZWA KONFERENCJI: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2015)
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 12-15 April 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    38/81
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Artur Giełdoń, Adam K. Sieradzan, Steve R. Seidman, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hydrodynamic interactions in coarse-grained simulations of protein folding
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    39/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Influence of disulfide bonds on protein folding and stability
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    40/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ: Introduction of periodic boundary conditions into UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2015, Vol. 36, no. 12, s. 940-946
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 55 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.648
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.648
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • multi-chain systems
  • periodicity
  • coarse-grain force field
  • electrostatic interaction cutoff
  • proteins

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    41/81
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Andrei Niadzvedtski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Investigation of proteins with sulfur to α-carbon bonds with the example of Thurincin H using UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    42/81
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Maximum-likelihood calibration of force fields
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXI
    Język publikacji: ENG
    43/81
    AUTORZY: Yanping Yin, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo, Yi He, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for coarse-grained modeling of protein- DNA interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 4, s. 1792-1808
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 49 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    44/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Harold A. Scheraga, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Physics-based potentials for the coupling between backbone- and side-chain-local conformational states in the United Residue (UNRES) force field for protein simulations
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2015, Vol. 11, iss. 2, s. 817-831
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 80 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.301
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.756
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    45/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Preliminary test of physics-based UNRES force field performance in domain packing and protein docking
    NAZWA KONFERENCJI: Multi-Pole Approach to Structural Science Conference
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 10-13 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    46/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Shielding effect in protein folding
    NAZWA KONFERENCJI: 3rd International Conference on Protein and RNA Structure Prediction
    MIEJSCE: Punta Cana, Dominican Republic, 14-18 December 2015
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    47/81
    AUTORZY: N. Ilieva, J. Dai, Adam Sieradzan, A. Niemi.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Solitons and protein folding : an in silico experiment
    ŹRÓDŁO: W: Application of Mathematics in Technical and Natural Sciences : 7th International Conference for Promoting the Application of Mathematics in Technical and Natural Sciences - AMiTaNS'15, Albena, Bulgaria, 28 June - 3 July 2015 / ed. Michail D. Todorov
    ADRES WYDAWNICZY: Melville : AIP Publishing, 2015
    SERIA: AIP Conference Proceedings, 0094-243X, 1684
    OPIS FIZYCZNY: S. 1-10
    ISBN: 978-0-7354-1331-3
    UWAGI: Bibliogr. 20 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: 7th International Conference on Application of Mathematics in Technical and Natural Sciences
    Organizator konferencji: AMiTaNS'15
    Miejsce konferencji: Albena
    Kraj: BG
    Od dnia: 2015.06.28
    Do dnia: 2015.07.03
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 15.000
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    DOI:
    48/81
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2015, Vol. 21, no. 3, art. no. 64, s. 1-11
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: 6th Conference on Modeling and Design of Molecular Materials
    Organizator konferencji: MDMM 2014
    Miejsce konferencji: Kudowa Zdrój
    Kraj: PL
    Od dnia: 2014.06.29
    Do dnia: 2014.07.03
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.438
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.508
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-binding protein
  • domain motion
  • molecular dynamics
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    49/81
    AUTORZY: Dawid Jagieła, Krzysztof Smalara, Adam Sieradzan, Emilia Lubecka, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: UNRESPACK : a package for coarse-grained simulations of proteins : development and implementation
    NAZWA KONFERENCJI: The First Korean-Polish Conference on Protein folding: theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 24-28 May 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    50/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Michał Głuski, Józef Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A rigorous approach to derive analytical expressions in coarse-grained force fields
    NAZWA KONFERENCJI: 60th Annual Meeting of the Biophysical-Society
    MIEJSCE: Los Angeles, USA, 27 February - 2 March 2016
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    51/81
    AUTORZY: Jin Dai, Antti J. Niemi, Jianfeng He, Adam Sieradzan, Nevena Ilieva.
    TYTUŁ: Bloch spin waves and emergent structure in protein folding with HIV envelope glycoprotein as an example
    ŹRÓDŁO: Physical Review E. - 2016, Vol. 93, iss. 3, art. no. 032409, s. 1-17
    p-ISSN: 2470-0045
    e-ISSN: 2470-0053

    UWAGI: Bibliogr. 37 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.366
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.315
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    52/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Bartosz Gryta, Michał Głuski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: How do the local and long-range interactions encode the three-dimensional structures of biological macromolecules: a coarse-grained perspective
    NAZWA KONFERENCJI: 6th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 19-21 June 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    53/81
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    ŹRÓDŁO: The Journal of Chemical Physics. - 2016, Vol. 144, no. 18, art. no. 184110, s. 1-11
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 79 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.965
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.907
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    54/81
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Steven R. Seidman, Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Molecular dynamics of protein A and a WW domain with a united-residue model including hydrodynamic interaction
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and experimental approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University of Gdańsk ; KIAS
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    55/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Yanping Yin, Yi He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Dawid Jagieła, Bartłomiej Zaborowski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Performance of protein-structure predictions with the physics-based UNRES force field in CASP11
    ŹRÓDŁO: Bioinformatics. - 2016, Vol. 32, iss. 21, s. 3270-3278
    p-ISSN: 1367-4803
    e-ISSN: 1460-2059

    UWAGI: Bibliogr. 62 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 7.307
    Punktacja MNiSW: 45.000
    5-letni Impact Factor ISI: 8.044
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    56/81
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, P. Krupa, M. A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, C. Kieslich, M. Onel, U. Shah, Y. He, Y. Yin, Łukasz Golon, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Adam Liwo, C. A. Floudas, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Prediction of protein structure with the UNRES force field aided by secondary-structure and contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    57/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Adam Sieradzan, Adam Liwo, Harold Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Role of disulfide bonds on folding and structures of proteins
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    58/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Robert Ganzynkowicz, Emilia Lubecka, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The unified coarse-grained model for large-scale simulations of biological macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: 16th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    MIEJSCE: Seoul, Korea, 22-24 September 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    59/81
    AUTORZY: Xubiao Peng, Adam K. Sieradzan, Antti J. Niemi.
    TYTUŁ: Thermal unfolding of myoglobin in the Landau-Ginzburg-Wilson approach
    ŹRÓDŁO: Physical Review E. - 2016, Vol. 94, iss. 6, art. no. 062405, s. 1-16
    p-ISSN: 2470-0045
    e-ISSN: 2470-0053

    UWAGI: Bibliogr. 79 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.366
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.315
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • soliton
  • kink
  • coarse-graining

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    60/81
    AUTORZY: Emilia Lubecka, Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of modified UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    61/81
    AUTORZY: P. Krupa, Agnieszka S. Karczyńska, Robert Ganzynkowicz, M. D. Wiśniewska, M. A. Mozolewska, Michał Głuski, Łukasz Golon, Y. He, Adam K. Sieradzan, Y. Yin, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of UNRES force field and replica-exchange molecular dynamics in physics-based template-free prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 12th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP12)
    MIEJSCE: Gaeta, Italy, 10-13 December 2016
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    62/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Mariusz Makowski, Antoni Augustynowicz, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A general method for the derivation of the functional forms of the effective energy terms in coarse-grained energy functions of polymers. I. Backbone potentials of coarse-grained polypeptide chains
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Physics. - 2017, Vol. 146, iss. 12, art. no. 124106, s. 1-28
    p-ISSN: 0021-9606
    e-ISSN: 1089-7690

    UWAGI: Bibliogr. 52 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.843
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.743
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    63/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Magdalena A. Mozolewska, Huiyu Li, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Dynamics of disulfide-bond disruption and formation in the thermal unfolding of ribonuclease A
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2017, Vol. 13, iss. 11, s. 5721-5730
    p-ISSN: 1549-9618
    e-ISSN: 1549-9626

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.399
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.793
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • bovine pancreatic ribonuclease
  • unres force-field
  • local conformational states
  • united-residue model
  • molecular-dynamics
  • replica-exchange
  • temperature-dependence
  • proline isomerization
  • polypeptide-chains
  • denatured states

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    64/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Rafał Jakubowski.
    TYTUŁ: Introduction of steered molecular dynamics into UNRES coarse-grained simulations package
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2017, Vol. 38, no. 8, s. 553-562
    p-ISSN: 0192-8651
    e-ISSN: 1096-987X

    UWAGI: Bibliogr. 51 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grain force field
  • atomic force microscopy
  • protein mechanical stability

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus
  • Medline

    Adres url:
    DOI:
    65/81
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Paweł Krupa.
    TYTUŁ: Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2017, Vol. 35, iss. 13, s. 2868-2879
    p-ISSN: 0739-1102
    e-ISSN: 1538-0254

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.107
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.443
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermal stability
  • molecular dynamics simulations
  • UNRES force field
  • sactipeptide

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    DOI:
    66/81
    AUTORZY: Adam Liwo, Cezary Czaplewski, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Emilia Lubecka, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka G. Lipska, Agnieszka Karczyńska, Łukasz Golon, Bartłomiej Zaborowski, Stanisław Ołdziej.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: UNRES, NARES, and SUGRES Coarse-Grained Models - an introduction
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 36
    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained models
  • UNRES
  • NARES
  • SUGRES

    67/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, David J. Wales.
    TYTUŁ: What makes telomeres unique?
    ŹRÓDŁO: Journal of Physical Chemistry. B. - 2017, Vol. 121, iss. 10, s. 2207-2219
    p-ISSN: 1520-6106
    e-ISSN: 1520-5207

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.146
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.101
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    68/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Artur Giełdoń, Yanping Yin, Yi He, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A new protein nucleic-acid coarse-grained force field based on the UNRES and NARES-2P force fields
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2018, Vol. 39, no. 28, s. 2360-2370
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    69/81
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    70/81
    AUTORZY: Krzysztof [chemia] Bojarski, Adam K. Sieradzan, Sergey A. Samsonov.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Computational analysis of FGF-heparin system
    NAZWA KONFERENCJI: Protein Formulation and Characterization & Characterization of Molecular Structure of Synthetic and Natural Polymers by Separation Techniques with Advanced Detectors : seminars
    MIEJSCE: Warsaw, Poland, 23 May 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    71/81
    AUTORZY: Paweł Krupa, David J. Wales, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ: Computational studies of the mechanical stability for single-strand break DNA
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2018, Vol. 122, no. 34, s. 8166-8173
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 39 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.146
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.101
    Adres url:
    DOI:
    72/81
    AUTORZY: Emilia Lubecka, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Adam Liwo.
    TYTUŁ: High performance computing with coarse grained model of biological macromolecules
    ŹRÓDŁO: Supercomputing Frontiers and Innovations. - 2018, Vol. 5, iss. 2, s. 63-75
    p-ISSN: 2409-6008
    e-ISSN: 2313-8734

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Unified Coarse Grained Model
  • UNRES force field
  • molecular dynamics simulations
  • fine-grained parallelization
  • coarse-grained parallelization

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    73/81
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation and tests of carbon nanoparticles in coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    74/81
    AUTORZY: Łukasz Golon, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Implementation of nucleoside-cation interactions in UNRES 4
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    75/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Karolina Zięba, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Introduction of implicit solvent mimicking lipids into United Residue force field
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    76/81
    AUTORZY: Krzysztof [chemia] Bojarski, Adam K. Sieradzan, Sergey A. Samsonov.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Microsecond scale MD study of a protein-heparin complex
    NAZWA KONFERENCJI: 8th International Conference on Modeling and Design of Molecular Materials (MDMM 2018)
    MIEJSCE: Polanica, Zdrój, Poland, 24-28 June 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    77/81
    AUTORZY: Krzysztof [chemia] Bojarski, Adam Sieradzan, Sergey A. Samsonov.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Microsecond scale MD study of a protein-heparin complex
    NAZWA KONFERENCJI: 8th International Conference on Modeling and Design of Molecular Materials (MDMM 2018)
    MIEJSCE: Polanica, Zdrój, Poland, 24-28 June 2018
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    78/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Łukasz Golon, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Prediction of DNA and RNA structure with the NARES-2P force field and conformational space annealing
    ŹRÓDŁO: Physical Chemistry Chemical Physics. - 2018, Vol. 20, no. 29, s. 19656-19663
    p-ISSN: 1463-9076

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.906
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.224
    Adres url:
    DOI:
    79/81
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Emilia A. Lubecka.
    TYTUŁ: Shielding effect in protein folding
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 79, s. 118-132
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 69 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • proteins
  • UNRES force field
  • local interactions
  • physicochemical properties
  • potentials of mean force

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    80/81
    AUTORZY: Agnieszka Lipska, Jamie Platts, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Simulations of calcium-ion binding by an amyloid forming peptide
    NAZWA KONFERENCJI: 4th Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Iława, Poland, 9-13 September 2018
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    81/81
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ: UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Nucleic Acids Research. - 2018, Vol. 46, no. W1, s. W304-W309
    p-ISSN: 0305-1048
    e-ISSN: 1362-4962

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 11.561
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.235
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • molecular simulations
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego