logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: WIRECKI TOMASZ K
Liczba odnalezionych rekordów: 23



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/23
AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, M. Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena Mozolewska, A. Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, H. A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Agnieszka Śleszyńska, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
NAZWA KONFERENCJI: 9th European Conference on Computational Chemistry (EuCo-CC9)
MIEJSCE: Sopron, Hungary, 1-5 September 2013
Typ publikacji: ZXK
Język publikacji: ENG
2/23
AUTORZY: Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Algorytm Hybrydowego Monte Carlo - od prostych układów do makrocząsteczek
NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Młodych Naukowców Dokonania naukowe doktorantów, I Edycja
MIEJSCE: Kraków, 20 kwietnia 2013
ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
Typ publikacji: PXP
Język publikacji: POL
3/23
AUTORZY: Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hybrid Monte Carlo algorithm - from simple system to macromolecules
NAZWA KONFERENCJI: 31st Annual Chemistry Graduate Student Symposium
MIEJSCE: Buffalo, NY (USA), 15-17 May 2013
ORGANIZATOR KONFERENCJI: University at Buffalo
Typ publikacji: ZXP
Język publikacji: ENG
4/23
AUTORZY: Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski.
TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Hybrydowe Monte Carlo w polu siłowym UNRES
NAZWA KONFERENCJI: Konferencja Wpływ Młodych Naukowców na Osiągnięcia Polskiej Nauki, IV Edycja
MIEJSCE: Gdańsk, 12 kwietnia 2013
ORGANIZATOR KONFERENCJI: CreativeTime
Typ publikacji: PXP
Język publikacji: POL
5/23
AUTORZY: Tomasz Wirecki.
TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Komputerowe algorytmy przeszukiwania przestrzeni konformacyjnej białek
ŹRÓDŁO: W: Nowe trendy w naukach przyrodniczych 4 : Creative Science - Monografia 2013, t. 1 / pod red.: Marcin Kuczera
ADRES WYDAWNICZY: Kraków : CreativeTime, 2013
OPIS FIZYCZNY: S. 164-170
ISBN: 978-83-63058-31-9
UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
Typ publikacji: PMR
Język publikacji: POL
6/23
AUTORZY: Yi He, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Adam K. Sieradzan, Tomasz K. Wirecki, Adam Liwo, Kachlishvili Khatuna, Shalom Rackovsky, Dawid Jagieła, Rafał Ślusarz, Cezary R. Czaplewski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Lessons from application of the UNRES force field to predictions of structures of CASP10 targets
ŹRÓDŁO: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013, Vol. 110, no. 37, s. 14936-14941
p-ISSN: 0027-8424

UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 9.809
Punktacja MNiSW: 45.000
5-letni Impact Factor ISI: 10.727
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • structure symmetry
  • multi-domain packing

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    7/23
    AUTORZY: Adam Liwo, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Ewa Gołaś, Yi He, Dawid Jagieła, Paweł Krupa, Maciej Maciejczyk, Mariusz Makowski, Magdalena A. Mozolewska, Andrei Niadzvedtski, Stanisław Ołdziej, Harold A. Scheraga, Adam K. Sieradzan, Rafał Ślusarz, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: A unified coarse-grained model of biological macromolecules based on mean-field multipole-multipole interactions
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2014, Vol. 20, no. 8, art. no. 2306, s. 1-15
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 101 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.736
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.711
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-graining
  • mean-field approach
  • multipole-multipole interactions
  • proteins
  • nucleic acids
  • polysaccharides

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    8/23
    AUTORZY: Magdalena Zalewska, Tomasz Wirecki, Piotr Szweda, Randy Worobo, Sławomir Milewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: De novo protein folding simulations of bacteriocins in UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    9/23
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski.
    TYTUŁ: Dynamika molekularna oraz jej rozszerzenia w polu siłowym UNRES
    ŹRÓDŁO: Dokonania Młodych Naukowców, [dokument elektroniczny]. - 2014, Nr 5, cz. 1, s. 126-127
    TRYB DOSTĘPU: Płyta DVD
    e-ISSN: 2300-4436

    UWAGI: Bibliogr. 11 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: Konferencja Wpływ Młodych Naukowców na Osiągnięcia Nauki Polskiej, VI Edycja
    Miejsce konferencji: Gdańsk
    Kraj: PL
    Od dnia: 2014.04.25
    Do dnia: 2014.04.27
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: POL
    Słowa kluczowe w j. pol.:
  • UNRES
  • pole siłowe
  • dynamika molekularna
  • REMD

    10/23
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Extension of the UNRES force field with the Multiplex Replica Hybrid Monte Carlo algorithm
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    11/23
    AUTORZY: Y. Yin, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Tomasz Wirecki, Agnieszka Lipska, Anna Hałabis, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Michał Głuski, Y. He, Dawid Jagieła, Agnieszka Karczyńska, Mariusz Makowski, Marta Wiśniewska, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Performance of the UNRES force field with improved treatment of local and multibody interactions and enhanced conformational search procedure in blind prediction of protein structures
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    12/23
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Marta Wiśniewska, Y. Yin, Y. He, Adam K. Sieradzan, Robert Ganzynkowicz, Agnieszka Lipska, Agnieszka Karczyńska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Artur Giełdoń, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Michał Głuski, Dawid Jagieła, Adam Liwo, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the physics-based coarse-grained UNRES force field
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    13/23
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Y. He, Y. Yin, Agnieszka Lipska, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, C. Kieslich, J. Smadbeck, G. Khoury, P. Tamamis, C. A. Floudas, Maciej Baranowski, Cezary Czaplewski, Robert Ganzynkowicz, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Stanisław Ołdziej, Tomasz Wirecki, Bartłomiej Zaborowski, H. A. Scheraga, S. N. Crivelli.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Protein structure prediction by replica-exchange molecular dynamics simulations with the UNRES force field aided by secondary-structure and residue-residue contact prediction
    NAZWA KONFERENCJI: 11th meeting Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP11)
    MIEJSCE: Riviera Maya, Mexico, 7-10 December 2014
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    14/23
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Tomasz Wirecki, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Use of maximum likelihood method for calibration of the coarse-grained UNRES force-field
    NAZWA KONFERENCJI: From Computational Biophysics to Systems Biology CBSB14
    MIEJSCE: Gdansk, Poland, 25-27 May 2014
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Uniwersytet Gdański ; University of Oklahoma ; CI TASK ; Pro Science Poland Ltd. ; Innovation Synergy
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Adres url:
    15/23
    AUTORZY: George A. Khoury, Adam Liwo, Firas Khatib, Hongyi Zhou, Gaurav Chopra, Jaume Bacardit, Leandro O. Bortot, Rodrigo A. Faccioli, Xin Deng, Yi He, Paweł Krupa, Jilong Li, Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, James Smadbeck, Tomasz Wirecki, Seth Cooper, Jeff Flatten, Kefan Xu, David Baker, Jianlin Cheng, Alexandre C. B. Delbem, Christodoulos A. Floudas, Chen Keasar, Michael Levitt, Zoran Popović, Harold A. Scheraga, Jeffrey Skolnick, Silvia N. Crivelli, Foldit Players.
    TYTUŁ: WeFold: a coopetition for protein structure prediction
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2014, Vol. 82, iss. 9, s. 1850-1868
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.627
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.110
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coopetition
  • protein structure prediction
  • CASP
  • structure refinement
  • Foldit

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    16/23
    AUTORZY: Bartłomiej Zaborowski, Dawid Jagieła, Cezary Czaplewski, Anna Hałabis, Agnieszka Lewandowska, Wioletta Żmudzińska, Stanisław Ołdziej, Agnieszka Karczyńska, Christian Omieczynski, Tomasz Wirecki, Adam Liwo.
    TYTUŁ: A maximum-likelihood approach to force-field calibration
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Information and Modeling. - 2015, Vol. 55, iss. 9, s. 2050-2070
    p-ISSN: 1549-9596
    e-ISSN: 1549-960X

    UWAGI: Bibliogr. 91 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.657
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.170
    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    17/23
    AUTORZY: Przemysław Jurczak, Tomasz Wirecki, Agnieszka Karczyńska, Seishiro Hirano.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Bactericidal properties of nanomaterials
    NAZWA KONFERENCJI: 23rd International Student Scientific Conference New dimension of medicine
    MIEJSCE: Gdańsk, Poland, 23-25 April 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: Studenckie Towarzystwo Naukowe Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego (STN GUMed)
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    18/23
    AUTORZY: Przemysław Jurczak, Agnieszka Karczyńska, Tomasz Wirecki, Seishiro Hirano.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Badania toksyczności nanomateriałów
    NAZWA KONFERENCJI: I Konferencja Doktorantów Pomorza BioMed Session 2015
    MIEJSCE: Gdańsk, 12 grudnia 2015
    Typ publikacji: PXP
    Język publikacji: POL
    19/23
    AUTORZY: Przemysław Jurczak, Tomasz Wirecki, Agnieszka Karczyńska, Seishiro Hirano.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Gram-positive and gram-negative bacteria : comparison of toxic properties of nanomaterials
    NAZWA KONFERENCJI: Chemistry, Environment and Nanotechnology International Science Conference
    MIEJSCE: Gdańsk, Poland, 15-17 April 2015
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXK
    Język publikacji: ENG
    20/23
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Przemysław Jurczak, Agnieszka Karczyńska, Seishiro Hirano.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: The effect of various metal doped TiO2 nanoparticles on bacteria
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
    MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    21/23
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Paweł Krupa, Tomasz K. Wirecki, Przemysław M. Jurczak, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Theoretical study of the impact caused by small-sized wurtzite-type zinc oxide nanoparticles on selected macromolecules
    NAZWA KONFERENCJI: Biomolecules and Nanostructures 5
    MIEJSCE: Jaroszowice, Poland, 13-17 May 2015
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    22/23
    AUTORZY: Tomasz Wirecki, Agnieszka Karczyńska, Cezary Czaplewski, Adam Liwo.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Retrieving the kinetic information from MREMD and MREHMC simulations
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    23/23
    AUTORZY: Chen Keasar, Liam J. McGuffin, Björn Wallner, Gaurav Chopra, Badri Adhikari, Debswapna Bhattacharya, Lauren Blake, Leandro Oliveira Bortot, Renzhi Cao, B. K. Dhanasekaran, Itzhel Dimas, Rodrigo Antonio Faccioli, Eshel Faraggi, Robert Ganzynkowicz, Sambit Ghosh, Soma Ghosh, Artur Giełdoń, Łukasz Golon, Yi He, Lim Heo, Jie Hou, Main Khan, Firas Khatib, George A. Khoury, Chris Kieslich, David E. Kim, Paweł Krupa, Gyu Rie Lee, Hongbo Li, Jilong Li, Agnieszka Lipska, Adam Liwo, Ali Hassan A. Maghrabi, Milot Mirdita, Shokoufeh Mirzaei, Magdalena A. Mozolewska, Melis Onel, Sergey Ovchinnikov, Anand Shah, Utkarsh Shah, Tomer Sidi, Adam K. Sieradzan, Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, James Smadbeck, Phanourios Tamamis, Nicholas Trieber, Tomasz Wirecki, Yanping Yin, Yang Zhang, Jaume Bacardit, Maciej Baranowski, Nicholas Chapman, Seth Cooper, Alexandre Defelicibus, Jeff Flatten, Brian Koepnick, Zoran Popović, Bartłomiej Zaborowski, David Baker, Jianlin Cheng, Cezary Czaplewski, Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, Christodoulos Floudas, Andrzej Kloczkowski, Stanisław Ołdziej, Michael Levitt, Harold Scheraga, Chaok Seok, Johannes Soeding, Saraswathi Vishveshwara, Dong Xu, Silvia N. Crivelli.
    TYTUŁ: An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
    ŹRÓDŁO: Scientific Reports, [dokument elektroniczny]. - 2018, Vol. 8, art. no. 9939, s. 1-18
    TRYB DOSTĘPU: https://www.nature.com/articles/s41598-018-26812-8.pdf [dostęp 05.10.2018]
    e-ISSN: 2045-2322

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.122
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.609
    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego