logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: UNRES FORCE FIELD
Liczba odnalezionych rekordów: 13



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/13
AUTORZY: Yi He, Yi Xiao, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
TYTUŁ: Exploring the Parameter Space of the Coarse-Grained UNRES Force Field by Random Search: Selecting a Transferable Medium-Resolution Force Field
ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2009, Vol. 30, no. 13, s. 2127-2135
p-ISSN: 0192-8651

UWAGI: Bibliogr. 50 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.769
Punktacja MNiSW: 24.000
5-letni Impact Factor ISI: 5.817
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermodynamic hypothesis
  • coarse-grained models
  • UNRES force field
  • force-field parameterization

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline

    Adres url:


    DOI:
    2/13
    AUTORZY: Urszula Kozłowska, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Determination of side-chain-rotamer and side-chain and backbone virtual-bond-stretching potentials of mean force from AM1 energy surfaces of terminally-blocked amino-acid residues, for coarse-grained simulations of protein structure and folding I: the method
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2010, Vol. 31, no. 6, s. 1143-1153
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 65 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.050
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.041
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • UNRES force field
  • potentials of mean force
  • quantum mechanics
  • harmonic approximation

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    3/13
    AUTORZY: Urszula Kozłowska, Gia G. Maisuradze, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Determination of side-chain-rotamer and side-chain and backbone virtual-bond-stretching potentials of mean force from AM1 energy surfaces of terminally-blocked amino-acid residues, for coarse-grained simulations of protein structure and folding II: results, comparison with statistical potentials, and implementation in the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2010, Vol. 31, no. 6, s. 1154-1167
    p-ISSN: 0192-8651

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.050
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.041
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • UNRES force field
  • local-interaction potentials
  • molecular quantum mechanics
  • harmonic approximation

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    4/13
    AUTORZY: Ana V. Rojas, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: A study of the α-helical intermediate preceding the aggregation of the amino-terminal fragment of the β amyloid peptide (Aβ1-28)
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 44, s. 12978-12983
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloids
  • Aβ peptide
  • UNRES force field
  • molecular dynamics
  • Alzheimer's disease

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    5/13
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harel Weinstein, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: PDZ binding to the BAR domain of PICK1 is elucidated by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2011, Vol. 405, iss. 1, s. 298-314.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.001
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.981
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • PICK1
  • binding
  • hydrophobic interactions
  • UNRES force field
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    6/13
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Rui Zhou, Adam Liwo, Yi Xiao, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Effects of mutation, truncation, and temperature on the folding kinetics of a WW domain.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2012, Vol. 420, iss. 4-5, s. 350-365.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.905
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.888
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • 1E0L mutants
  • folding pathway
  • biphasic folding kinetics
  • subdiffusion
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    7/13
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2015, Vol. 21, no. 3, art. no. 64, s. 1-11
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: 6th Conference on Modeling and Design of Molecular Materials
    Organizator konferencji: MDMM 2014
    Miejsce konferencji: Kudowa Zdrój
    Kraj: PL
    Od dnia: 2014.06.29
    Do dnia: 2014.07.03
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.438
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.508
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-binding protein
  • domain motion
  • molecular dynamics
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    8/13
    AUTORZY: Agnieszka S. Karczyńska, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian Replica Exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins
    ŹRÓDŁO: Journal of Computational Chemistry. - 2017, Vol. 38, no. 31, s. 2730-2746
    p-ISSN: 0192-8651
    e-ISSN: 1096-987X

    UWAGI: Bibliogr. 60 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.221
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.161
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • template-based modeling
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics
  • ergodicity

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    9/13
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Adam K. Sieradzan, Andrei Niadzvedtski, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Paweł Krupa.
    TYTUŁ: Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2017, Vol. 35, iss. 13, s. 2868-2879
    p-ISSN: 0739-1102
    e-ISSN: 1538-0254

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.107
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.443
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • thermal stability
  • molecular dynamics simulations
  • UNRES force field
  • sactipeptide

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    DOI:
    10/13
    AUTORZY: Emilia Lubecka, Adam Sieradzan, Cezary Czaplewski, Paweł Krupa, Adam Liwo.
    TYTUŁ: High performance computing with coarse grained model of biological macromolecules
    ŹRÓDŁO: Supercomputing Frontiers and Innovations. - 2018, Vol. 5, iss. 2, s. 63-75
    p-ISSN: 2409-6008
    e-ISSN: 2313-8734

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Unified Coarse Grained Model
  • UNRES force field
  • molecular dynamics simulations
  • fine-grained parallelization
  • coarse-grained parallelization

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    11/13
    AUTORZY: Adam K. Sieradzan, Agnieszka G. Lipska, Emilia A. Lubecka.
    TYTUŁ: Shielding effect in protein folding
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 79, s. 118-132
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 69 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • proteins
  • UNRES force field
  • local interactions
  • physicochemical properties
  • potentials of mean force

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    12/13
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Agnieszka Karczyńska, Adam K. Sieradzan, Adam Liwo.
    TYTUŁ: UNRES server for physics-based coarse-grained simulations and prediction of protein structure, dynamics and thermodynamics
    ŹRÓDŁO: Nucleic Acids Research. - 2018, Vol. 46, no. W1, s. W304-W309
    p-ISSN: 0305-1048
    e-ISSN: 1362-4962

    UWAGI: Bibliogr. 38 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 11.561
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 10.235
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein-structure prediction
  • molecular simulations
  • UNRES force field
  • multiplexed replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    13/13
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Krzysztof [chemia] Bojarski, Bartłomiej Zaborowski, Adam Liwo, Rafał Ślusarz, Magdalena Ślusarz, Jooyoung Lee, Keehyoung Joo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2018, Vol. 83, s. 92-99
    p-ISSN: 1093-3263
    e-ISSN: 1873-4243

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.885
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.806
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein structure prediction
  • UNRES force field
  • knowledge-based methods
  • template-based restraints
  • replica exchange molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego