logo UG

Bibliografia Publikacji Pracowników, Doktorantów i Studentów UG




Zapytanie: MOLECULAR DYNAMICS
Liczba odnalezionych rekordów: 34



Przejście do opcji zmiany formatu | Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetl wyniki w wersji do druku | | Przesłanie wyników do modułu analizy | Nowe wyszukiwanie
1/34
AUTORZY: Ewa Raczyńska, Mariusz Makowski, Małgorzata Hallmann, Kinga Duczmal.
TYTUŁ: Computational (MP2 and DFT) modeling of the substrate/inhibitor interaction with the LDH active pocket aqueous solution: in the gas phase and bimolecular charged (pyruvate/oxamate-guanidinium cation) and neutral adducts (pyruvic/oxamic acids-guanidine)
ŹRÓDŁO: Journal of Physical Organic Chemistry. - 2009, Vol. 22, iss. 1, s. 77-88
p-ISSN: 0894-3230

UWAGI: Bibliogr. 92 poz.
Typ publikacji: ZAC
Język publikacji: ENG
Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.602
Punktacja MNiSW: 15.000
5-letni Impact Factor ISI: 1.706
Słowa kluczowe w j. ang.:
  • modeling substrate/inhibitor-LDH interactions
  • gas phase
  • water
  • formation constants
  • MP2
  • OFT
  • PCM
  • molecular dynamics
  • umbrella-sampling

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    2/34
    AUTORZY: Magdalena Ślusarz, Rafał Ślusarz, Jerzy Ciarkowski.
    TYTUŁ: Molecular dynamics study of the internal water molecules in vasopressin and oxytocin receptors
    ŹRÓDŁO: Protein and Peptide Letters. - 2009, Vol. 16, no. 4, s. 342-350
    p-ISSN: 0929-8665

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.755
    Punktacja MNiSW: 10.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.438
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • GPCR
  • internal water
  • molecular dynamics
  • vasopressin and oxytocin receptors
  • protein hydration

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline



    [sprawdź dostępność w katalogu BUG]
    3/34
    AUTORZY: Emil Sobolewski, Mariusz Makowski, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. : I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
    ŹRÓDŁO: Protein Engineering Design & Selection. - 2009, Vol. 22, no. 9, s. 547-552
    p-ISSN: 1741-0126

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.596
    Punktacja MNiSW: 24.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.008
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • hydrophobic interactions
  • molecular dynamics
  • potential of mean force
  • temperature dependence

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science



    DOI:
    4/34
    AUTORZY: Szymon Ziętkiewicz, Magdalena J. Ślusarz, Rafał Ślusarz, Krzysztof Liberek, Sylwia Rodziewicz-Motowidło.
    TYTUŁ: Conformational stability of the full-atom hexameric model of the ClpB chaperone from Escherichia coli
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2010, Vol. 93, no. 1, s. 47-60
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.572
    Punktacja MNiSW: 27.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.563
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • ClpB chaperone
  • oligomer model
  • molecular dynamics
  • conformational stability
  • M domain flexibility

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus



    DOI:
    5/34
    AUTORZY: Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Investigation of protein folding by coarse-grained molecular dynamics with the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. A. - 2010, Vol. 114, no. 13, s. 4471-4485
    p-ISSN: 1089-5639

    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.732
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.844
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • protein folding
  • coarse-grained
  • molecular dynamics
  • UNRES

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    6/34
    AUTORZY: Paweł Gruszczyński, Michał Obuchowski, Rajmund Kaźmierkiewicz.
    TYTUŁ: Phosphorylation and ATP-binding induced conformational changes in the PrkC, Ser/Thr kinase from B. subtilis
    ŹRÓDŁO: Journal of Computer-Aided Molecular Design. - 2010, Vol. 24, no. 9, s. 733-747
    p-ISSN: 0920-654X

    UWAGI: Bibliogr. 70 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.374
    Punktacja MNiSW: 32.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.522
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • activation loop
  • DFG-motif
  • HRD-motif
  • molecular dynamics
  • PrkC kinase
  • phosphorylation

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    7/34
    AUTORZY: Ana V. Rojas, Adam Liwo, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: A study of the α-helical intermediate preceding the aggregation of the amino-terminal fragment of the β amyloid peptide (Aβ1-28)
    ŹRÓDŁO: The Journal of Physical Chemistry. B. - 2011, Vol. 115, no. 44, s. 12978-12983
    p-ISSN: 1520-6106

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.696
    Punktacja MNiSW: 35.000
    5-letni Impact Factor ISI: 4.061
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloids
  • Aβ peptide
  • UNRES force field
  • molecular dynamics
  • Alzheimer's disease

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    8/34
    AUTORZY: Paweł Gruszczyński, Krzysztof Smalara, Michał Obuchowski, Rajmund Kaźmierkiewicz.
    TYTUŁ: ATP and its N6-substituted analogues: parameterization, molecular dynamics simulation and conformational analysis
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2011, Vol. 17, no. 5, s. 1081-1090
    p-ISSN: 1610-2940

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.797
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.312
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • adenosine triphosphate
  • molecular dynamics
  • conformational analysis
  • simulated annealing

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    9/34
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Cezary Czaplewski, Krzysztof Smalara, Maciej Bobrowski.
    TYTUŁ: Molecular dynamics simulations of the growth of poly(chloro-para-xylylene) films.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2011, Vol. 17, no. 11, s. 2725-2733.
    p-ISSN: 1610-2940

    UWAGI: Bibliogr. 43 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.797
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.312
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular dynamics
  • parylene C
  • poly(chloropara-xylylene)
  • polymer structure

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    10/34
    AUTORZY: Yi He, Adam Liwo, Harel Weinstein, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: PDZ binding to the BAR domain of PICK1 is elucidated by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Biology. - 2011, Vol. 405, iss. 1, s. 298-314.
    p-ISSN: 0022-2836

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.001
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.981
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • PICK1
  • binding
  • hydrophobic interactions
  • UNRES force field
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    11/34
    AUTORZY: Elżbieta Kamysz, Beata Mickiewicz, Wojciech Kamysz, Sylwia Bielińska, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Jerzy Ciarkowski.
    TYTUŁ: Synthesis, biological activity and solution structure of new analogues of the antimicrobial Gramicidin S
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2011, Vol. 17, iss. 3, s. 211-217
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 39 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.799
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.714
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • antimicrobial peptide
  • gramicidin S
  • amphipathicity
  • cyclic peptide synthesis
  • NMR
  • molecular dynamics
  • hemolysis
  • structure-activity relationship

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    12/34
    AUTORZY: Jerzy Ciarkowski, Sylwia Łuczak, Dawid Jagieła, Emilia Sikorska, Jacek Wójcik, Marta Oleszczuk, Jan Izdebski.
    TYTUŁ: Ensemble fits of restrained peptides' conformational equilibria to NMR data. Dependence on force fields: AMBER/8 ff03 versus ECEPP/3.
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Graphics & Modelling. - 2012, Vol. 32, s. 67-74.
    p-ISSN: 1093-3263

    UWAGI: Bibliogr. 24 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.325
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.223
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • conformational equilibria
  • peptides
  • molecular dynamics
  • Monte Carlo
  • statistical ensemble fit
  • maximum entropy method

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    13/34
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Jerzy Ciarkowski, Adam Prahl, Emilia Sikorska.
    TYTUŁ: Highly potent antidiuretic antagonists: conformational studies of vasopressin analogues modified with 1-naphthylalanine enantiomers at position 2.
    ŹRÓDŁO: Chemical Biology & Drug Design. - 2012, Vol. 79, iss. 6, s. 1033-1042.
    p-ISSN: 1747-0277

    UWAGI: Bibliogr. 47 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.469
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.409
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • 1-naphthylalanine (1-Nal)
  • analogues
  • arginine vasopressin
  • molecular dynamics
  • NMR spectroscopy

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    14/34
    AUTORZY: Joanna Makowska, Adam Liwo, Wioletta Żmudzińska, Agnieszka Lewandowska, Lech Chmurzyński, Harold A. Scheraga.
    TYTUŁ: Like-charged residues at the ends of oligoalanine sequences might induce a chain reversal
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2012, Vol. 97, no. 4, s. 240-249
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 55 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.879
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.691
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • alanine-based peptides
  • NMR spectroscopy
  • molecular dynamics
  • conformational studies
  • bent-like structure

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    15/34
    AUTORZY: Cezary Czaplewski, Artur Giełdoń, Krzysztof Smalara, Maciej Bobrowski.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Molecular dynamics simulation of polymerization of p-xylylene
    ŹRÓDŁO: W: International Conference on Computational Methods in Science and Engineering 2009 : (ICCMSE 2009), Rhodes, Greece, 29 September - 4 October, 2009 / eds. Theodore E. Simos, George Maroulis
    ADRES WYDAWNICZY: Melville ; New York : American Institute of Physics, 2012
    SERIA: AIP Conference Proceedings, 0094-243X, 1504
    OPIS FIZYCZNY: S. 1142-1145
    ISBN: 978-0-7354-1122-7
    Typ publikacji: ZRZ
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular dynamics
  • Monte Carlo
  • polymerization
  • p-xylylene
  • parylene
  • chemical vapor deposition

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    DOI:
    16/34
    AUTORZY: Dmitrijs Lapidus, Vita Duka, Vladislavs Stonkus, Cezary Czaplewski, Adam Liwo, Salvador Ventura, Inta Liepina.
    TYTUŁ: Multiple β-sheet molecular dynamics of amyloid formation from two ABI-SH3 domain peptides
    ŹRÓDŁO: Biopolymers. - 2012, Vol. 98, no. 6, s. 557-566
    p-ISSN: 0006-3525

    UWAGI: Bibliogr. 48 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.879
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.691
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amyloid
  • amyloid peptides
  • amyloid formation
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    17/34
    AUTORZY: Ewa Gołaś, Gia G. Maisuradze, Patrick Senet, Stanisław Ołdziej, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Simulation of the opening and closing of Hsp70 chaperones by coarse-grained molecular dynamics.
    ŹRÓDŁO: Journal of Chemical Theory and Computation. - 2012, Vol. 8, iss. 5, s. 1750-1764.
    p-ISSN: 1549-9618

    UWAGI: Bibliogr. 44 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 5.389
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 5.936
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • chaperones
  • Hsp70
  • coarse-grained
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    18/34
    AUTORZY: Krzysztof Brzozowski, Emilia Sikorska, Hanna Miecznikowska, Katarzyna Konecko, Rafał Ślusarz, Jolanta Kumirska, Witold Mozga, Jacek Olczak, Janusz Zabrocki, Sylwia Rodziewicz-Motowidło, Zbigniew Kaczyński.
    TYTUŁ: Conformational studies of [11Ψ12(CN4)]ScyII and [15Ψ16(CN4)]ScyII - two scyliorhinin II analogues by means of 2D NMR spectroscopy and theoretical methods
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Research & Therapeutics, [dokument elektroniczny]. - 2013, Vol. 2, iss. 1, art. no. 109, s. 1-6
    TRYB DOSTĘPU: http://www.omicsgroup.org/journals/Conformational-Studies-of-Two-Scyliorhinin-Analogues-by-means-of-NMR-Spectroscopy-and-Theoretical-Methods-2167-7956.1000109.pdf [dostęp 08.01.2014]
    e-ISSN: 2167-7956

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • conformational studies
  • tachykinins
  • scyliorhinin II
  • NMR spectroscopy
  • conformational analysis
  • molecular dynamics

    Adres url:
    DOI:
    19/34
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Emilia Sikorska, Alina Marcinkowska, Jerzy Ciarkowski.
    TYTUŁ: Conformational studies of neurohypophyseal hormones analogues with glycoconjugates by NMR spectroscopy
    ŹRÓDŁO: Journal of Peptide Science. - 2014, Vol. 20, iss. 6, s. 406-414
    p-ISSN: 1075-2617

    UWAGI: Bibliogr. 77 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.546
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.705
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • glycosylated analogues
  • neurohypophyseal hormones
  • oxytocin
  • vasopressin
  • NMR spectroscopy
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    20/34
    AUTORZY: Mariusz Makowski.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Physics-based modeling of side chain - said chain interactions in the UNRES force field
    ŹRÓDŁO: W: Computational methods to study the structure and dynamics of biomolecules and biomolecular processes : from bioinformatics to molecular quantum mechanics / ed. Adam Liwo
    ADRES WYDAWNICZY: Heidelberg [etc.] : Springer, 2014
    SERIA: Springer Series in Bio-/Neuroinformatics, 2193-9349, vol. 1
    OPIS FIZYCZNY: S. 81-107
    ISBN: 978-3-642-28553-0
    ISBN: 978-3-642-28554-7 (eBook)
    UWAGI: Bibliogr. 68 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • amino acid side chains
  • model of side-chain - side-chain interactions
  • potential of mean force
  • hydrophobic interactions
  • temperature dependence
  • molecular dynamics
  • umbrella sampling

    DOI:
    21/34
    AUTORZY: Magdalena A. Mozolewska, Paweł Krupa, Bakhtiyor Rasulev, Adam Liwo, Jerzy Leszczynski.
    TYTUŁ: Preliminary studies of interaction between nanotubes and toll-like receptors
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 351-355
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 7 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • CNTs
  • toll-like receptors
  • molecular dynamics

    22/34
    AUTORZY: Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Bakhtiyor Rasulev, Cezary Czaplewski, Jerzy Leszczynski.
    TYTUŁ: Towards mechanisms of nanotoxicity - interaction of gold nanoparticles with proteins and DNA
    ŹRÓDŁO: TASK Quarterly. - 2014, Vol. 18, nr 4, s. 337-341
    p-ISSN: 1428-6394

    UWAGI: Bibliogr. 5 poz.
    UWAGI: Tytuł nru: From computational biophysics to systems biology, pt. II
    Typ publikacji: PAC
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 10.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • gold nanoparticles
  • proteins
  • DNA
  • molecular dynamics

    23/34
    AUTORZY: Adam Liwo, Antti Niemi, Xubiao Peng, Adam K. Sieradzan.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: A novel coarse-grained description of protein structure and folding by UNRES force field and discrete nonlinear Schrödinger equation
    ŹRÓDŁO: W: Frontiers in Computational Chemistry, vol. 1 / ed. by Zaheer-ul-Haq & J. D. Madura
    ADRES WYDAWNICZY: [S.l.] : Bentham Science Publishers, 2015
    OPIS FIZYCZNY: S. 257-289
    ISBN: 978-1-60805-865-5
    ISBN: 978-1-60805-864-8 (e-ISBN)
    UWAGI: Bibliogr. 108 poz.
    Typ publikacji: ZMR
    Język publikacji: ENG
    Punktacja MNiSW: 5.000
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • UNRES
  • force-field
  • Davydov soliton
  • dark soliton
  • molecular dynamics
  • energy landscape
  • Landau Hamiltonian
  • gauge inverse
  • physics-based
  • cumulant-cluster expansion
  • mean-force potentials
  • loop structures
  • wave-analysis physics
  • protein flexibility
  • kink formation
  • kink disappearance
  • kink movement
  • folding pathways
  • local interactions

    DOI:
    24/34
    AUTORZY: Ewa I. Gołaś, Cezary Czaplewski, Harold A. Scheraga, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Common functionally important motions of the nucleotide-binding domain of Hsp70
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioformatics. - 2015, Vol. 83, iss. 2, s. 282-299
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 40 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.499
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.725
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular chaperones
  • molecular dynamics
  • principal component analysis

    Adres url:
    DOI:
    25/34
    AUTORZY: Agnieszka G. Lipska, Adam K. Sieradzan, Paweł Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Sabato D'Auria, Adam Liwo.
    TYTUŁ: Studies of conformational changes of an arginine-binding protein from Thermotoga maritima in the presence and absence of ligand via molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Modeling. - 2015, Vol. 21, no. 3, art. no. 64, s. 1-11
    p-ISSN: 1610-2940
    e-ISSN: 0948-5023

    UWAGI: Bibliogr. 36 poz.
    Tytuł-nazwa konferencji: 6th Conference on Modeling and Design of Molecular Materials
    Organizator konferencji: MDMM 2014
    Miejsce konferencji: Kudowa Zdrój
    Kraj: PL
    Od dnia: 2014.06.29
    Do dnia: 2014.07.03
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 1.438
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.508
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • arginine-binding protein
  • domain motion
  • molecular dynamics
  • UNRES force field

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Scopus
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    26/34
    AUTORZY: Rafał Ślusarz, Illia Serdiuk, Milena Reszka, Alexander Roshal, Janusz Madaj, Beata Liberek.
    TYTUŁ WYSTĄPIENIA: Conformational flexibility and bound states of selected flavonols
    NAZWA KONFERENCJI: Second Polish - Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    MIEJSCE: Leźno, Gdańsk, Poland, 28 May - 1 June 2016
    ORGANIZATOR KONFERENCJI: KIAS ; University of Gdańsk
    Typ publikacji: ZXP
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • flavonols
  • parametrization
  • molecular dynamics
  • docking

    Adres url:
    27/34
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Dorota Żurawa-Janicka, Mirosław Jarząb, Tomasz Wenta, Przemysław Golik, Grzegorz Dubin, Barbara Lipińska, Jerzy Ciarkowski.
    TYTUŁ: Distinct 3D architecture and dynamics of the human HtrA2(Omi) protease and its mutated variants
    ŹRÓDŁO: PLoS One, [dokument elektroniczny]. - 2016, Vol. 11, iss. 8, e.0161526, s. 1-19
    TRYB DOSTĘPU: http://journals.plos.org/plosone/article/asset?id=10.1371/journal.pone.0161526.PDF [dostęp 11.10.2016]
    e-ISSN: 1932-6203

    UWAGI: Bibliogr. 63 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.806
    Punktacja MNiSW: 40.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.394
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • HtrA2
  • high-temperature requirement A2 protease
  • molecular dynamics
  • crystal structure

    Inne bazy podające opis:
  • Medline
  • Web of Science

    Adres url:
    DOI:
    28/34
    AUTORZY: Emilia A. Lubecka, Adam Liwo.
    TYTUŁ [ROZDZIAŁU, FRAGMENTU]: Determination of the potentials of mean force for rotation about the O ˇ ˇ ˇ O virtual bonds in O(1->3)-bonded polyglucose chains
    ŹRÓDŁO: W: Coarse graining of biomolecules and beyond Molecular modeling workshop Saturday, 7 October 2017 : book of abstracts
    OPIS FIZYCZNY: S. 37
    UWAGI: Bibliogr. 6 poz.
    Typ publikacji: ZSZ
    Język publikacji: ENG
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • SUGRES-1P force field
  • coarse-grained model
  • 1-3-glucosyl polysaccharides
  • potentials of mean force
  • molecular dynamics

    Adres url:
    29/34
    AUTORZY: Rafał Ślusarz, Justyna Samaszko-Fiertek, Barbara Dmochowska, Janusz Madaj.
    TYTUŁ: Molecular dynamics study on the influence of C-terminal sugar substitution on dynamics and conformation of vancomycin derivatives
    ŹRÓDŁO: Journal of Carbohydrate Chemistry. - 2017, Vol. 36, no. 1, s. 45-58
    p-ISSN: 0732-8303
    e-ISSN: 1532-2327

    UWAGI: Bibliogr. 37 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 0.629
    Punktacja MNiSW: 20.000
    5-letni Impact Factor ISI: 0.983
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • vancomycin
  • vancomycin derivatives
  • molecular dynamics
  • root mean square deviation
  • conformational analysis

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    DOI:
    30/34
    AUTORZY: Joanna Makowska.
    TYTUŁ: Physicochemical and structural studies on shaping of β-hairpin in proteins as a first stage of amyloid formation
    ŹRÓDŁO: Current Protein & Peptide Science. - 2017, Vol. 18, no. 12, s. 1244-1253
    p-ISSN: 1389-2037
    e-ISSN: 1875-5550

    UWAGI: Bibliogr. 64 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.696
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.105
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • acid-base equilibria
  • conformational ensembles
  • molecular dynamics
  • protein folding
  • β-hairpin formation

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    DOI:
    31/34
    AUTORZY: Artur Giełdoń, Maciej Bobrowski, Aleksandra Bielicka-Giełdoń, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Theoretical calculation of the physico-chemical properties of 1-butyl-4-methylpyridinium based ionic liquids
    ŹRÓDŁO: Journal of Molecular Liquids. - 2017, Vol. 225, s. 467-474
    p-ISSN: 0167-7322
    e-ISSN: 1873-3166

    UWAGI: Bibliogr. 75 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 4.513
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 3.929
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • molecular dynamics
  • ionic liquids
  • 1-butyl-4-methylpyridinium
  • ([b4mpy][BF4])
  • ([b4mpy][Cl])
  • charge distribution
  • density calculation
  • melting point calculation

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    32/34
    AUTORZY: Ferenc Zsila, Sergey A. Samsonov.
    TYTUŁ: Molecular interactions of the anticancer agent ellipticine with glycosaminoglycans by in silico analysis
    ŹRÓDŁO: Carbohydrate Research. - 2018, Vol. 462, s. 28-33
    p-ISSN: 0008-6215
    e-ISSN: 1873-426X

    UWAGI: Bibliogr. 39 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.074
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 1.921
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • glycosaminoglycans
  • ellipticine
  • molecular dynamics
  • protonation state

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    33/34
    AUTORZY: Agnieszka Karczyńska, Magdalena Mozolewska, Paweł Krupa, Artur Giełdoń, Adam Liwo, Cezary Czaplewski.
    TYTUŁ: Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
    ŹRÓDŁO: Proteins : Structure, Function and Bioinformatics. - 2018, Vol. 86, spec. iss. S1, s. 228-239
    p-ISSN: 0887-3585
    e-ISSN: 1097-0134

    UWAGI: Bibliogr. 57 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 2.274
    Punktacja MNiSW: 30.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.328
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • coarse-grained force fields
  • maximum likelihood principle
  • molecular dynamics
  • protein structure prediction
  • small-angle X-ray scattering

    Inne bazy podające opis:
  • Web of Science
  • Medline
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
    34/34
    AUTORZY: Pravin Ambure, Jyotsna Bhat, Tomasz Puzyn, Kunal Roy.
    TYTUŁ: Identifying natural compounds as multi-target-directed ligands against Alzheimer's disease: an in silico approach
    ŹRÓDŁO: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2019, Vol. 37, iss. 5, s. 1282-1306
    p-ISSN: 0739-1102

    UWAGI: Bibliogr. 68 poz.
    Typ publikacji: ZAC
    Język publikacji: ENG
    Wskaźnik Impact Factor ISI: 3.107
    Punktacja MNiSW: 25.000
    5-letni Impact Factor ISI: 2.443
    Słowa kluczowe w j. ang.:
  • Alzheimer's disease
  • multi-target drug design
  • natural compounds
  • data curation
  • Big Data
  • linear discriminant analysis
  • molecular docking
  • molecular dynamics

    Inne bazy podające opis:
  • Scopus

    Adres url:
    DOI:
      Wyświetl ponownie stosując format:
  • Wyświetl/ukryj etykiety | Wyświetlenie wyników w wersji do druku | | Nowe wyszukiwanie | Biblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego